I bob. Bioinformatika

Bioinformatika qo‘llaniladigan eng mashhur dasturlar
ACT – genom tahlilida qo‘llaniladi.
Arlequin – populyatsion-genetik ma’lumotlarni tahlil etishda qo‘llaniladi.
BLAST – nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi xalqaro bazasidan eng yaqin bo‘lgan qarindosh tur ketma-ketlikni aniqlashda qo‘llaniladi.
Clustal – ko‘pgina nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligini o‘zaro o‘xshashlarini aniqlab bir qatorga yig‘ishda qo‘llaniladi.
DnaSP – DNK ketma-ketligidagi polimorfizm holatini tahlil qilish uchun qo‘llaniladi.
FigTree– filogenetik daraxtni tahrir qilishda foydalaniladi.
MEGA – molekulyar-evolutsion genetik tahlillarda foydalaniladi.
Bundan tashqari yuzlab dasturlar mavjud bo‘lib, ular ushbu sohada faoliyat olib boruvchi tadqiqotchiga qulayliklarni yaratadi. Ushbu maqolani yozish davomida hisoblab ko‘rsam men o‘zim ayni vaqtdagi faoliyatim davomida deyarli kuni o‘rtacha 6 ta mana shunday dasturlar bilan ishlatar ekanman.
2.2 Genetik ketma-ketlikni tahlil qilish
Sekvensiyalash orqali olingan juda katta hajmdagi ma’lumotlarni qayta ishlash bioinformatikaning eng muhim vazifalaridan biridir.
1977-yilda Phi -X174 fagi ketma-ketligi aniqlangandan beri ko‘payib borayotgan organizmlarning DNK ketma-ketligi dekodlanadi va ma’lumotlar bazalarida saqlanadi. Ushbu ma’lumotlar oqsil ketma-ketligini va tartibga soluvchi hududlarni aniqlash uchun ishlatiladi. Bir xil yoki turli turlardagi genlarni taqqoslash oqsil funksiyalarida yoki turlar o‘rtasidagi munosabatlarda o‘xshashlikni ko‘rsatishi mumkin (shunday qilib Filogenetik daraxtlarni tuzish mumkin). Ma’lumotlar miqdori ortishi bilan ketma-ketlikni qo‘lda tahlil qilish uzoq vaqtdan beri imkonsiz bo‘lib qoldi. Hozirgi kunda milliardlab juftliklardan iborat minglab organizmlarning genom nukleotidlarini qidirish kompyuter dasturlaridan foydalaniladi. Dasturlar turli turlarning genomlaridagi o‘xshash DNK ketma-ketliklarini noyob tarzda aniqlashi mumkin; ko‘pincha bunday ketma-ketliklar o‘xshash funksiyalarga ega va farqlar kichik mutatsiyalar natijasida yuzaga keladi, masalan, alohida nukleotidlarni almashtirish, nukleotidlarni kiritish va ularning „yo‘qolishi“ (delesiya) larni keltirsak bo‘ladi.