Kurs ishi mavzu: biologik ketma-ketliklarni taqqoslash asoslari

Yuqori samaradorlikni tartiblashtirish (HTS) usullari
1990-yillarning o'rtalarida va oxirlarida DNK sekvensiyasining bir nechta yangi usullari ishlab chiqilgan va tijorat maqsadlarida qo'llanilgan DNK sekvensiyalari 2000 yilga kelib. Ularni avvalgi usullardan ajratib olish uchun birgalikda "keyingi avlod" yoki "ikkinchi avlod" sekanslash (NGS) usullari deb atashdi. Sanger ketma-ketligi. Sventsiyaning birinchi avlodidan farqli o'laroq, NGS texnologiyasi odatda juda keng miqyosli bo'lishi bilan ajralib turadi, bu butun genomni bir vaqtning o'zida ketma-ketligini ta'minlashga imkon beradi. Odatda, bu genomni kichik bo'laklarga ajratish, tasodifiy parcha uchun namuna olish va quyida tavsiflangan turli xil texnologiyalardan biri yordamida tartiblash orqali amalga oshiriladi. Avtomatlashtirilgan jarayonda birdaniga bir nechta fragmentlar ketma-ketligi (unga "massiv parallel" sekanslash nomini berish) tufayli butun genom mumkin.
NGS texnologiyasi tadqiqotchilarga salomatlik haqidagi tushunchalarni izlashga, antropologlarga inson kelib chiqishini tekshirishga juda katta vakolat berdi va "katalizator"Shaxsiylashtirilgan tibbiyot"harakat. Biroq, u xatolarga yo'l ochish uchun eshiklarni ham ochdi. NGS ma'lumotlarini hisoblash tahlilini o'tkazish uchun ko'plab dasturiy vositalar mavjud, ularning har biri o'ziga xos algoritmga ega. Hatto bitta dasturiy ta'minot to'plamidagi parametrlar natijalarni o'zgartirishi mumkin Bundan tashqari, DNKning ketma-ketligi natijasida hosil bo'lgan ma'lumotlarning katta miqdori ketma-ketlikni tahlil qilish uchun yangi usullar va dasturlarni ishlab chiqishni talab qildi.Bu muammolarni hal qilish uchun NGS sohasida standartlarni ishlab chiqish bo'yicha bir necha bor harakat qilindi, ularning aksariyati individual laboratoriyalardan kelib chiqadigan kichik miqyosdagi sa'y-harakatlar.Yaqinda FDA tomonidan moliyalashtirilgan katta va uyushgan harakatlar yakuniga etdi BioCompute standart.
1990 yil 26 oktyabrda, Rojer Tsien, Pepi Ross, Margaret Fahnestok va Allan J Jonston DNK-massivlarida (bloklar va bitta DNK molekulalari) olinadigan 3 'blokerlari bilan bosqichma-bosqich ("baza-baza") ketma-ketlikni tavsiflovchi patent topshirdilar.[48]1996 yilda, Pål Nyrén va uning shogirdi Mostafa Ronagi yilda Qirollik Texnologiya Institutida Stokgolm ularning uslubini nashr etdi pirosekvensiya.
1997 yil 1 aprelda Paskal Mayer va Loran Farinelli Butunjahon intellektual mulk tashkilotiga DNK koloniyalarining ketma-ketligini tavsiflovchi patentlarni topshirdilar.[50] DNK namunasini tayyorlash va tasodifiy sirt -polimeraza zanjiri reaktsiyasi Ushbu patentda tasvirlangan (PCR) massivlash usullari, Rojer Tsiyen va boshqalarning "baza-baza" ketma-ketlik usuli bilan birlashganda, endi IlluminaHi-Seq genomining sekvensiyalari.
1998 yilda Vashington Universitetidan Fil Grin va Brent Evin o'zlarining ta'riflarini berishdi phred sifat ko'rsatkichi sekvenser ma'lumotlarini tahlil qilish uchun, keng tarqalgan bo'lib qabul qilingan va hali ham ketma-ketlik platformasining aniqligini baholash uchun eng keng tarqalgan metrik bo'lgan muhim tahlil texnikasi.
Lynx Therapeutics nashr etilgan va sotilgan ommaviy parallel imzo ketma-ketligi (MPSS), 2000 yilda. Ushbu usul parallellashtirilgan, adapter / ligatsiya vositachiligida, munchoqlarga asoslangan sekvensiya texnologiyasini o'z ichiga olgan va birinchi sotuvda mavjud bo'lgan "yangi avlod" sekanslash usuli bo'lib xizmat qilgan, ammo yo'q DNK sekvensiyalari mustaqil laboratoriyalarga sotildi.