Kurs ishi mavzu: biologik ketma-ketliklarni taqqoslash asoslari

Maksam-Gilbert ketma-ketligi
Allan Maksam va Valter Gilbert 1977 yilda DNKning kimyoviy modifikatsiyasiga va keyinchalik ma'lum bazalarda bo'linishga asoslangan DNK sekvensiya usulini nashr etdi. Kimyoviy sekvensiya deb ham ataladigan ushbu usul, ikki ipli DNKning tozalangan namunalarini qo'shimcha klonlashsiz ishlatishga imkon berdi. Ushbu usulning radioaktiv yorliqdan foydalanish va texnik jihatdan murakkabligi Sanger usullariga aniqlik kiritilgandan so'ng keng foydalanishni to'xtatdi.
Maksam-Gilbert ketma-ketligi DNKning 5 'uchida radioaktiv yorliqlash va ketma-ketlik uchun DNK fragmentini tozalashni talab qiladi. Keyin kimyoviy ishlov berish to'rt reaktsiyaning har birida (G, A + G, C, C + T) to'rtta nukleotid asosining bittasi yoki ikkitasida kichik tanaffuslar hosil qiladi. O'zgartiruvchi kimyoviy moddalarning konsentratsiyasi DNK molekulasiga o'rtacha bitta modifikatsiyani kiritish uchun nazorat qilinadi. Shunday qilib, har bir molekuladagi radioelementli uchidan birinchi "kesilgan" joyigacha bo'lgan bir qator yorliqlar hosil bo'ladi. To'rt reaktsiyadagi parchalar, o'lchamlarni ajratish uchun akrilamid jellarini denatura qilishda yonma-yon elektroforez qilinadi. Parchalarni tasavvur qilish uchun gelga rentgen plyonkasiga avtoradiografiya ta'sirida ta'sir ko'rsatilib, ularning har biri radioaktiv yorliqli DNK fragmentiga to'g'ri keladigan qator qorong'u bantlar hosil bo'ladi, ulardan ketma-ketlik chiqarilishi mumkin.
Sanger ketma-ketligi
Zanjirni tugatish usuli tomonidan ishlab chiqilgan Frederik Sanger 1977 yilda hamkasblar nisbatan osonlik va ishonchliligi tufayli tez orada tanlov uslubiga aylanishdi. Ixtiro qilinganida, zanjir-terminator usuli Maksam va Gilbert usullariga qaraganda kamroq toksik kimyoviy moddalardan va kam miqdordagi radioaktivlikdan foydalangan. Nisbatan osonligi tufayli Sanger usuli tez orada avtomatlashtirildi va birinchi avlodda qo'llanilgan usul bo'ldi DNK sekvensiyalari.
Sanger ketma-ketligi 1980-yillardan 2000-yillarning o'rtalariga qadar amal qilgan usuldir. O'sha davrda lyuminestsent yorliqlash, kapillyar elektroforez va umumiy avtomatizatsiya kabi texnikada katta yutuqlarga erishildi. Ushbu ishlanmalar ancha samarali ketma-ketlikni ta'minlashga imkon berdi, bu esa arzon narxlarni keltirib chiqardi. Sanger usuli, ommaviy ishlab chiqarish shaklida, uni ishlab chiqaradigan texnologiya birinchi inson genomi 2001 yilda, yoshini boshlagan genomika. Biroq, keyingi o'n yillikda bozorga tubdan farqli yondashuvlar kirib keldi va genom uchun xarajat 2001 yildagi 100 million dollardan 2011 yilda 10000 dollarga tushdi.