Kurs ishi mavzu: biologik ketma-ketliklarni taqqoslash asoslari

Katta hajmdagi ketma-ketlik va de novo ketma-ketlik

Genomik DNK tasodifiy qismlarga bo'linadi va bakteriyalar kutubxonasi sifatida klonlanadi. Ayrim bakterial klonlarning DNKlari ketma-ketlikda va ketma-ket DNK mintaqalari yordamida yig'iladi.

Keng ko'lamli sekvensiya ko'pincha juda uzun DNK bo'laklarini, masalan, butunligini ketma-ketlashtirishga qaratilgan xromosomalar, ammo keng ko'lamli ketma-ketlikda juda ko'p sonli qisqa ketma-ketlikni yaratish uchun ham foydalanish mumkin faj displeyi. Xromosomalar kabi uzoqroq maqsadlar uchun umumiy yondashuvlar kesishdan iborat (bilan cheklash fermentlari) yoki DNKning katta qismlarini (mexanik kuchlar bilan) qisqaroq DNK bo'laklariga qirqish. Keyin parchalangan DNK bo'lishi mumkin klonlangan ichiga DNK vektori va kabi bakterial xujayrada kuchaytirilgan Escherichia coli. Alohida bakterial koloniyalardan tozalangan qisqa DNK qismlari alohida-alohida ketma-ketlikda va elektron shaklda yig'iladi uzoq, bir-biriga yaqin ketma-ketlikka. Tadqiqotlar shuni ko'rsatdiki, bir xil o'lchamdagi DNK bo'laklarini yig'ish uchun o'lchamlarni tanlash bosqichini qo'shish genom majmuasining ketma-ketligi samaradorligini va aniqligini oshirishi mumkin. Ushbu tadqiqotlarda avtomatlashtirilgan o'lchamlar qo'lda gel o'lchamiga qaraganda takrorlanadigan va aniqroq ekanligini isbotladi.

Atama "de novo sekvensiya "xususan ilgari ma'lum bo'lmagan ketma-ketlik bilan DNKning ketma-ketligini aniqlash uchun ishlatiladigan usullarni nazarda tutadi. De novo lotin tilidan "boshidan" deb tarjima qilinadi. O'rnatilgan ketma-ketlikdagi bo'shliqlar to'ldirilishi mumkin primer yurish. Turli xil strategiyalar tezligi va aniqligi bo'yicha turli xil savdo-sotiqlarga ega; ov miltig'i usullari ko'pincha katta genomlar ketma-ketligi uchun ishlatiladi, ammo uni yig'ish murakkab va qiyin, ayniqsa ketma-ketlik takrorlanadi ko'pincha genom yig'ilishidagi bo'shliqlarni keltirib chiqaradi.
Aksariyat tartiblashtirish yondashuvlari in vitro individual DNK molekulalarini kuchaytirish uchun klonlash bosqichi, chunki ularni molekulyar aniqlash usullari bitta molekulalarni sekvensiyalash uchun yetarli darajada sezgir emas. Emulsiya PCR individual DNK molekulalarini yog 'fazasi ichidagi suvli tomchilarda primer bilan qoplangan boncuklar bilan ajratib turadi. A polimeraza zanjiri reaktsiyasi (PCR) har bir munchoqni DNK molekulasining klon nusxalari bilan qoplaydi, so'ngra keyinchalik sekvensiya uchun immobilizatsiya qilinadi. Emulsion PCR Marguilis va boshqalar tomonidan ishlab chiqilgan usullarda qo'llaniladi. (tomonidan tijoratlashtirilgan 454 Hayot fanlari), Shendure va Porreca va boshq. (shuningdek, nomi bilan tanilgan "poloniyalar ketma-ketligi") va SOLiD ketma-ketligi, (tomonidan ishlab chiqilgan Agencourt, keyinroq Amaliy biosistemalar, hozir Hayotiy texnologiyalar). Emulsiya PCR tomonidan ishlab chiqilgan GemCode va Chromium platformalarida ham qo'llaniladi 10x Genomika.