Ildizli va ildizsiz daraxtlar ham etiketli, ham yorliqsiz bo'lishi mumkin. Belgilangan daraxt barglariga o'ziga xos qiymatlarga ega, yorliqsiz daraxt, ba'zan daraxt shakli deb ataladi, faqat topologiyani belgilaydi. Phylotree kabi kichik genomik lokusdan qurilgan ba'zi ketma-ketlikka asoslangan daraxtlar, ajdodlarning gaplotiplari bilan belgilangan ichki tugunlarga ega.
Daraxtlarni sanash tahrirlash
Barg tugunlarining ma'lum soni uchun mumkin bo'lgan daraxtlar soni daraxtning o'ziga xos turiga bog'liq, lekin ular har doim etiketlanmagan daraxtlarga qaraganda ko'proq etiketli, ikkilamchi daraxtlarga qaraganda ko'proq va ildizsiz daraxtlarga qaraganda ko'proq ildiz otgan. Oxirgi farq, u paydo bo'ladigan eng biologik ahamiyatga ega, chunki ildiz olmagan daraxtda ildiz qo'yish uchun ko'p joylar mavjud. Ikkilamchi yorliqli daraxtlar uchun ildiz otgan daraxtlarning umumiy soni:
Ikkilamchi yorliqli daraxtlar uchun ildizsiz daraxtlarning umumiy soni:
Daraxtlarni hisoblash.
Belgilangan
barglari
|
Ikkilik
ildizsiz daraxtlar
|
Ikkilik
ildiz otgan daraxtlar
|
Ko'p qirrali
ildiz otgan daraxtlar
|
Hammasi mumkin
ildiz otgan daraxtlar
|
1
|
1
|
1
|
0
|
1
|
2
|
1
|
1
|
0
|
1
|
3
|
1
|
3
|
1
|
4
|
4
|
3
|
15
|
11
|
26
|
5
|
15
|
105
|
131
|
236
|
6
|
105
|
945
|
1,807
|
2,752
|
7
|
945
|
10,395
|
28,813
|
39,208
|
8
|
10,395
|
135,135
|
524,897
|
660,032
|
9
|
135,135
|
2,027,025
|
10,791,887
|
12,818,912
|
10
|
2,027,025
|
34,459,425
|
247,678,399
|
282,137,824
|
Dendrogramma filogenetik bo'ladimi yoki yo'qmi, daraxtning umumiy nomi, shuning uchun ham filogenetik daraxtning diagrammaviy tasviri.
Kladogramma tahriri
Kladogramma faqat shoxlanish naqshini ifodalaydi, ya'ni uning shoxlari uzunligi vaqtni yoki xarakter o'zgarishining nisbiy miqdorini bildirmaydi va uning ichki tugunlari ajdodlarni ifodalamaydi.
Filogramma - bu filogenetik daraxt bo'lib, uning uzunligi xarakter o'zgarishiga mutanosib bo'ladi. Xronogramma filogenetik daraxt bo'lib, uning shoxlari uzunligi orqali vaqtni aniq ifodalaydi.
Dahlgrenogramni tahrirlash
Dahlgrenogramma - filogenetik daraxtning ko'ndalang kesimini ifodalovchi diagramma
Filogenetik tarmoq tahrirlash
Filogenetik tarmoq to'g'ridan-to'g'ri daraxt emas, balki ildiz otgan tarmoqlarda umumiyroq yoki yo'naltirilgan asiklik grafikdir. Ular daraxtlarga xos bo'lgan ba'zi cheklovlarni bartaraf etish uchun ishlatiladi.
Shpindel diagrammasi tahrirlash
Shpindel diagrammasi yoki qabariq diagrammasi amerikalik paleontolog Alfred Romer tomonidan ommalashganidan keyin ko'pincha romerogram deb ataladi. U turli taksonlar koʻpligining vaqt boʻyicha oʻzgarishini aks ettirish uchun geologik vaqtga (vertikal oʻq) nisbatan taksonomik xilma-xillikni (gorizontal kenglik) ifodalaydi. Biroq, shpindel diagrammasi evolyutsion daraxt emas: taksonomik shpindellar ota-taksonning qiz takson bilan haqiqiy munosabatlarini yashiradi va ota-ona guruhining parafiliyasini jalb qilishning kamchiliklari bor. Ushbu turdagi diagramma endi dastlab taklif qilingan shaklda ishlatilmaydi.
Hayot marjoni Tahrirlash
Darvin ham aytib o'tgan marjon dan ko'ra mosroq metafora bo'lishi mumkin daraxt. Darhaqiqat, filogenetik mercanlar o'tmish va hozirgi hayotni tasvirlash uchun foydalidir va ular daraxtlarga nisbatan ba'zi afzalliklarga ega (anastomozlarga ruxsat berilgan va hokazo).
Ko'p sonli kirish ketma-ketliklaridan tashkil topgan filogenetik daraxtlar hisoblash filogenetik usullari yordamida qurilgan. Bir nechta ketma-ketlik hizalamalaridan genetik masofani hisoblaydigan qo'shni qo'shilish yoki UPGMA kabi masofaviy matritsa usullarini amalga oshirish eng oson, ammo evolyutsion modelga murojaat qilmaydi. ClustalW kabi ko'plab ketma-ketlikni moslashtirish usullari, shuningdek, daraxtlarni qurishning oddiy algoritmlaridan (ya'ni, masofaga asoslangan) yordamida daraxtlar yaratadi. Maksimal parsimoniya - filogenetik daraxtlarni baholashning yana bir oddiy usuli, ammo evolyutsiyaning yashirin modelini (ya'ni parsimoniyani) nazarda tutadi. Ko'proq ilg'or usullar maksimal ehtimollikning optimallik mezonidan foydalanadi, ko'pincha Bayes doirasi ichida va filogenetik daraxtlarni baholashda evolyutsiyaning aniq modelini qo'llaydi. Ushbu usullarning ko'pchiligi yordamida optimal daraxtni aniqlash NP-qiyin, shuning uchun evristik qidiruv va optimallashtirish usullari ma'lumotlarga mos keladigan yaxshi daraxtni aniqlash uchun daraxtni baholash funktsiyalari bilan birgalikda qo'llaniladi.
Daraxt qurish usullarini bir necha mezonlar asosida baholash mumkin:
samaradorlik (javobni hisoblash uchun qancha vaqt ketadi, qancha xotira kerak?
quvvat (ma'lumotlardan unumli foydalanadimi yoki ma'lumot behuda sarflanadimi?
izchillik (har safar bir xil model muammosi uchun turli ma'lumotlar berilsa, u bir xil javobga qayta-qayta yaqinlashadimi?
mustahkamlik (asosiy modelning taxminlarini buzish bilan yaxshi kurashadimi?
soxtalashtirish (foydalanish yaxshi bo'lmaganda, ya'ni taxminlar buzilganda bizni ogohlantiradimi?
Daraxt qurish texnikasi ham matematiklarning e'tiborini tortdi. Daraxtlar ham T-nazariyasi yordamida qurilishi mumkin.
Do'stlaringiz bilan baham: |
