Makromolekulyar tuzilmalar

Molekulyar modellashtirish ma'lumotlar bazasining mazmuni.
Manba ma'lumotlar bazasi 
Molekulyar modellashtirish ma'lumotlar bazasi (MMDB) eksperimental ravishda aniqlangan uch o'lchamli biomolekulyar tuzilmalar ma'lumotlar bazasi bo'lib, u Entrez Structure ma'lumotlar bazasi deb ham ataladi . Bu nazariy modellar bundan mustasno , RCSB Protein Data Bank (PDB) dan olingan uch o'lchovli tuzilmalarning kichik to'plamidir . NCBIda ma'lumotlarni qayta ishlash jarayoni ma'lumotlar bo'yicha hisoblashni osonlashtiradigan va ularni Entrez tizimidagi ko'plab boshqa ma'lumotlar turlari bilan bog'laydigan bir qator foydali xususiyatlarni qo'shishga olib keladi. Har bir MMDB yozuvi u olingan manba PDB yozuviga (ya’ni, MMDB xulosa sahifasi ) o‘zaro havola qiladi.

struktura uchun uning MMDB identifikatori va mos keladigan PDB identifikatori ko'rsatiladi ). Agar MMDB yozuvi ikki yoki undan ortiq PDB bo'lingan fayllaridan birlashtirilgan tuzilmani ifodalasa , u holda xulosa sahifasida birlashtirilgan tuzilmani tashkil etuvchi barcha manba PDB yozuvlarining PDB identifikatorlari ko'rsatiladi.

MMDB turli xil rekord turlarini o'z ichiga oladi, ular rentgen kristallografiyasi va yadro magnit-rezonansi (NMR) kabi turli xil eksperimental metodologiyalarni va oqsillar, DNK va RNK kabi kimyoviy moddalar bilan yoki bog'lanmagan turli xil molekula turlarini aks ettiradi.
Individual tuzilma yozuvining mazmuni jo'natuvchi tomonidan taqdim etilgan ma'lumotlarni aks ettiradi va tuzilma yozuvi bilan bog'liq adabiyotlar bu haqda batafsilroq ma'lumot beradi. E'tibor bering, turli xil ma'lumotlarni topshiruvchilar bir xil gen yoki oqsilni tavsiflash uchun turli atamalardan foydalanishi mumkin (masalan, ba'zilari "bostiruvchi" atamasini ishlatishi mumkin, boshqalari esa "ingibitor" atamasini ishlatishi mumkin), shuning uchun qisqartmalar kabi sinonimlarni kiritish foydali bo'ladi. , to'liq imlo va kasallik nomlari, agar kerak bo'lsa, ma'lumotlar bazasini qidirishda ( qidirish bo'yicha maslahatlarga qarang ).
NCBIda ma'lumotlar qanday qayta ishlanadi? 
| tasdiqlash | depozit ketma-ketligi va kimyoviy ma'lumotlar | biologik birliklarni aniqlang (oligomerik holatlar , misol: gemoglobin ) | PDB bo'lingan fayllarni birlashtirish (masalan: virusli kapsid , kalamush jigari ombori , ribosoma ) | o'zaro ta'sirlarni aniqlash | geometrik xususiyatlarni aniqlash | har bir oqsilga mos keladigan genni aniqlang | 3D tuzilmalar orasidagi munosabatlarni aniqlash | bog'langan ma'lumotlarga havolalar yaratish |
Kontentni tekshirish :
PDB tuzilmasi yozuvlari MMDB ga import qilinganda, har bir tuzilma yozuvidagi ma'lumotlar kimyo va makromolekulalarning uch o'lchovli tuzilishi o'rtasida o'zaro bog'lanish imkonini beradigan tarzda qayta tashkil qilinadi va tasdiqlanadi. PDB ma'lumotlar modeli kristall strukturaning oqlangan va qisqacha tavsifini taqdim etsa-da, kimyoviy ma'noda sayt, struktura va atom o'rtasida birma-bir moslik mavjud emas. MMDB ushbu kimyoviy ma'lumotni aniq tarzda taqdim etadi. Uning ma'lumotlar spetsifikatsiyasiga biopolimerning fazoviy tuzilishi tavsifi, uning kimyoviy jihatdan qanday tashkil etilganligi tavsifi va ikkalasini bog'laydigan ko'rsatkichlar to'plami kiradi.

• 
  MMDB yaratishda birinchi qadam PDB dagi atom sayt koordinatalariga mos keladigan aniq ketma-ketlikni olishdir. Masalan:
  
  • 
    Asl PDB faylidagi SEQRES yozuvlari odatda tozalangan, kristallangan va o'lchangan molekulani ifodalash uchun mo'ljallangan. Biroq, ba'zi tuzilmalardagi barcha aminokislotalarning atom koordinatalarini, ayniqsa, N- va C- terminallari kabi oqsillarning moslashuvchan hududlarida eksperimental ravishda hal qilishning iloji bo'lmasligi mumkin edi. Bundan tashqari, ba'zida atom koordinatalari SEQRES yozuvlarida ko'rsatilmagan qo'shimcha qoldiqlar mavjudligini ko'rsatishi mumkin. Ikkinchi holda, MMDB biopolimer ketma-ketligini dastlabki SEQRES yozuvlaridan emas, balki atom koordinatalaridan oladi. Keyin olingan biopolimer ketma-ketligi MMDB yozuvida va MMDB ma'lumotlar bazasidan saqlangan PDB formatlangan faylning SEQRES yozuvlarida paydo bo'ladi.
    
  • 
    Ba'zi PDB yozuvlarida bo'sh matn maydonida mavjud bo'lgan uzluksiz qoldiq raqamlari bo'lishi mumkin. MMDB raqamli ma'lumotlar maydonidan foydalanib, biopolimerlardagi qoldiqlarga ketma-ket musbat butun sonlarni belgilaydi. Bu struktura faylidagi qoldiq raqamlari va tegishli oqsil va/yoki nukleotidlar ketma-ketligi yozuvlaridagilar o'rtasidagi muvofiqlikni ta'minlaydi.
    
• 
  Ikkinchi qadam - molekula uchun barcha bog'lanishlar va xirallikni ifodalovchi to'liq kimyoviy grafikni yaratish. Ushbu ikkinchi bosqichning muhim komponenti PDB tomonidan belgilangan aminokislotalar va nukleotid guruhlari bilan barcha aloqa va atom turlarini belgilaydigan lug'atga mos keladi.
  
• 
  Uchinchi va oxirgi bosqich - tuzilmadagi tartibsizlik ma'lumotlarini tiklash.
  

(Eslatma: Ma'lumotlarni qayta ishlash jarayonida bunday o'zgarishlar yuz berishi mumkinligi sababli, MMDB ma'lumotlar bazasidan saqlaydigan PDB formatlangan faylning mazmuni asl PDB faylidan farq qilishi mumkin. )