Makromolekulyar tuzilmalar

Entrez Protein , Nukleotid va PubChem ma'lumotlar bazalariga omonat ketma-ketligi va kimyoviy ma'lumotlar :
3D makromolekulyar strukturadagi har bir atomning fazoviy (x,y,z) koordinatalarini taqdim etishdan tashqari, struktura yozuvi har bir komponent nukleotid (DNK, RNK) va/yoki oqsil molekulasi uchun ketma-ketlik maʼlumotlarini oʻz ichiga oladi. MMDB ma'lumotlarini qayta ishlashning bir qismi sifatida har bir molekula uchun ketma-ketlik ma'lumotlari kerak bo'lganda Entrez Nucleotide yoki Entrez Protein ma'lumotlar bazasiga joylashtiriladi. Ushbu ma'lumotlar bazalari uchun ma'lumotlarni qayta ishlash protseduralari, o'z navbatida, 3D tuzilmalaridagi ketma-ketlik ma'lumotlari va ushbu ma'lumotlar bazalaridagi boshqa ketma-ketliklar o'rtasidagi munosabatlarni (ya'ni, o'xshashliklarni) aniqlaydi, oqsillar va boshqa biomolekulalar haqida ko'proq ma'lumot olish uchun 3D tuzilma ma'lumotlaridan foydalanishni osonlashtiradi .
Tuzilish yozuvi bog'langan kimyoviy moddalarni ham o'z ichiga olishi mumkin. Ushbu kimyoviy moddalar bo'yicha ma'lumotlar yozuvlari PubChem Substance ma'lumotlar bazasiga saqlanadi va keyin ortiqcha bo'lmagan, tanlangan PubChem Compound ma'lumotlar bazasidagi tegishli yozuvlar bilan bog'lanadi . Bu, masalan, ma'lum bir kimyoviy (masalan, aspirin) bilan bog'langan 3D oqsil tuzilmalarini topishga imkon beradi , hatto 3D tuzilmalarini topshiruvchilar ma'lum bir kimyoviy uchun turli nomlar yoki qisqartmalardan foydalangan bo'lsalar ham.
Biologik birliklarni (oligomer holatlar) aniqlang :
biologik birlik nima? | assimetrik birlik → biologik birlik (misol: gemoglobin )
biologik birlikni aniqlash uchun protseduralar : muallif/dasturiy ta'minotni aniqlash , kristallografik simmetriyadan o'zgartirishlar , alohida biologik birliklarni aniqlash , birlashtirilgan PDB bo'linish fayllaridagi biologik birliklar haqida eslatma | assimetrik birlik haqida texnik eslatma

Biologik birlik nima?
Biomolekulaning biokimyoviy faol shakli monomerdan (bitta oqsil molekulasi) 100+ oqsil molekulasidan iborat oligomergacha bo'lishi mumkin va qisqalik uchun " biologik birlik " deb ataladi . X-nurli kristallografiya yoki kristallning neytron difraksiyasi orqali hal qilingan tuzilma yozuvlarini taqdim etadigan xom ashyo ko'pincha " assimetrik birlik " deb nomlanadi . Ushbu ma'lumotlar quyidagilardan iborat bo'lishi mumkin: (a) to'liq biologik birlik, (b) biologik birlikning bir qismi yoki (c) inson gemoglobini misollarida bo'lgani kabi, biologik birlikning bir nechta nusxalari
quyida ko'rsatilgan. Tuzilish yozuvlari mualliflari tuzilma yozuvidagi biologik birlikni aniqlash uchun PISA kabi dasturlardan foydalanadilar . Agar biologik birlikning bir nechta talqinlari mavjud bo'lsa, muallif o'z yozuvlarida turli talqinlarga izoh berishni tanlashi mumkin. MMDB ma'lumotlarini qayta ishlash quvur liniyasi strukturaning biologik birlik(lar)ini aniqlash uchun bir nechta protseduralarni qo'llaydi va uni tuzilmaning xulosa sahifasida sukut bo'yicha ko'rsatadi . ( Asimmetrik birlik haqida texnik eslatmaga qarang.)
Asimmetrik birlik x-nurli kristallografiya yoki kristallarning neytron diffraktsiyasi orqali hal qilingan tuzilma yozuvlarining taxminan 60% biologik birlikka ekvivalentdir. Qolgan 40% yozuvlarda assimetrik birlik kristallografik simmetriya yordamida rekonstruksiya qilinishi mumkin bo'lgan biologik birlikning bir qismini ifodalaydi yoki biologik birlikning bir nechta nusxalarini ifodalaydi. Bundan tashqari, ba'zi tuzilmalar PDB fayl formatida nazarda tutilgan o'lcham chegaralaridan oshib ketadi va shuning uchun PDB tomonidan bir nechta fayllarga bo'linadi . Bunday hollarda biologik birlik bir nechta PDB fayllariga tarqalishi mumkin. MMDB ma'lumotlarini qayta ishlash quvur liniyasi bo'lingan fayllarni bitta tuzilish yozuviga birlashtiradi . Bunday hollarda, " assimetrik birlik" bu kristallografik tadqiqotlardan olingan birlashtirilgan PDB bo'lingan fayllarni ko'rsatishning yagona variantidir , chunki to'liq strukturaning biologik birligi PDB manba fayllarida kompyuter o'qishi mumkin bo'lgan tarzda ko'rsatilmagan. Shuning uchun birlashtirilgan kristallografik tuzilma uchun tuzilmaning sarhisob sahifasi shunchaki foydalanadi. Molekulyar grafik ustidagi "assimetrik birlik" yorlig'i , chunki u dastlabki PDB fayllaridan olingan xom ma'lumotlarni birlashtirishni ifodalaydi. Assimetrik birlik strukturaning to'liq biologik birligini, biologik birlikning bir qismini yoki biologik birlikning bir nechta nusxalarini ko'rsatishi mumkin. . Elektron mikroskop (EM) bilan hal qilingan tuzilmalar holatida yokiyadro magnit aks sado (YMR) , "assimetrik birlik" atamasi qo'llanilmaydi va "biologik birlik" atamasi o'sha texnologiyalardan birining birlashtirilgan tuzilishi uchun xulosa sahifasida ko'rsatilgan.