Makromolekulyar tuzilmalar

Molekulyar modellashtirish ma'lumotlar bazasining foydali xususiyatlari
3D tuzilma ma'lumotlari bo'yicha hisoblashni osonlashtirish 
3D tuzilmalari ma'lumotlarini bir xilda qayta ishlash va tasdiqlash 3D tuzilmalarining muhim xususiyatlarini va ular o'rtasidagi munosabatlarni aniqlash uchun alohida tuzilma yozuvlari va to'liq MMDB ma'lumotlar bazasida turli xil hisoblash tahlillarini o'tkazish imkonini beradi.
Tahlil natijalari, tuzilma yozuvlarini butun Entrez tizimidagi bog'langan ma'lumotlarga ulash bilan bir qatorda, ma'lum atributlarga ega bo'lgan ma'lumotlar to'plamlarini, shuningdek, hali 3D tuzilmalari bilan hal qilinmagan oqsillarni bog'lash imkonini beradi. qil. Masalan, MMDB da quyidagilarni amalga oshirish mumkin:
Qiziqarli gen/oqsil mahsuloti yoki uning gomologlari uchun tuzilmalarni toping.

• 
  Muayyan kimyoviy (masalan, aspirin) bilan bog'langan 3D tuzilmalarni toping.
  
• 
  So'rov oqsilini 3D strukturasidagi o'xshash ketma-ketlikka tekislang va ketma-ketlik/tuzilma munosabatlarini interaktiv tarzda ko'ring.
  
• 
  Ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketlik o'xshashlik darajasidan qat'i nazar, bir-biriga o'xshash tuzilmalarni aniqlang.
  
• 
  va boshqalar...
  

Shaxsiy tuzilmalar va ular o'rtasidagi munosabatlarni tahlil qilish 
MMDB ma'lumotlarini qayta ishlash jarayonida alohida 3D tuzilmalarining muhim xususiyatlarini aniqlash va ma'lumotlar bazasidagi tuzilmalar o'rtasidagi munosabatlarni aniqlash uchun turli xil hisoblash tahlillari amalga oshiriladi:
3D tuzilmalar ichidagi biologik va geometrik xususiyatlar

3D struktura yozuvlarining asosiy mazmuni strukturadagi har bir atomning fazoviy (x,y,z) koordinatalaridir. NCBI ma'lumotlarini qayta ishlash protsedurasi ushbu ma'lumotni aniqlash uchun tahlil qiladi: (1) strukturadagi alohida biologik birliklar ; (2) uning molekulyar komponentlari o'rtasidagi o'zaro ta'sirlar ; va (3) ikkilamchi tuzilmalar ( alfa spirallari , beta iplari ), shuningdek, alohida oqsil molekulalari ichidagi 3D domenlari . Keyinchalik bu ma'lumotlar 3D tuzilmalar orasidagi evolyutsion munosabatlar va funktsional munosabatlarni aniqlash uchun keyingi tahlillarda qo'llaniladi .
Konservalangan protein domeni izohlari
3D strukturadagi har bir oqsil ketma-ketligi oqsil ichidagi saqlangan domenlarni aniqlash va shuning uchun uning funksiyasini aniqlash uchun CD-Search ( RPS-BLAST ) vositasidan foydalangan holda Konservalangan domen ma'lumotlar bazasi bilan taqqoslanadi. Tuzilish ma'lumotlari, shuningdek , iloji bo'lsa, bir nechta ketma-ketliklarni moslashtirishdan olingan ma'lumotlarni biz uch o'lchovli tuzilma va uch o'lchovli tuzilma superpozitsiyasidan xulosa qilishimiz mumkin bo'lgan narsalarni birlashtirish va qoldiq shakllarini tushunish uchun NCBI tomonidan tanlangan konservatsiyalangan domenlarga kiritiladi. oqsillar oilasida saqlanish va divergensiya funktsional xususiyatlarga bog'liq. Ushbu ketma-ketlik-tuzilma assotsiatsiyalari ham imkon beradi