Mavzu: Zamonaviy Biologik tadqiqotlarda bioinformatikaning ahamiyati reja

Tadqiqotning asosiy yoʻnalishlari
Evolyutsion biologiya turlarning kelib chiqishi va paydo boʻlishini, shuningdek ularning vaqt oʻtishi bilan rivojlanishini oʻrganadi. Bioinformatika fani evolyutsion biologlarga bir necha usulda yordam beradi:
koʻp sonli organizmlarning evolyutsiyasini nafaqat tuzilishi yoki fiziologiyasi boʻyicha emas, balki ularning DNKsidagi oʻzgarishlarni oʻrganishda ;
butun genomlarni solishtirganda (BLAST), murakkab evolyutsion hodisalarni oʻrganish, masalan: genlarning koʻpayishi, gorizontal gen oʻtkazilishi va bakterial ixtisoslashgan omillarni bashorat qilish;
vaqt oʻtishi bilan tizimning harakatini bashorat qilish uchun populyatsiyalarning kompyuter modellarini yaratish;
koʻp sonli turlar toʻgʻrisidagi maʼlumotlarni oʻz ichiga olgan nashrlarni kuzatish.
Genetik algoritmlardan foydalanadigan boinformatika sohasi koʻpincha hisoblash evolyutsion biologiyasi bilan chalkashib ketadi, ammo bu ikki soha bir-biriga bogʻliq boʻlishi shart emas. Ushbu sohadagi ishlar algoritmlar va hisob-kitoblarni yaxshilash uchun maxsus dasturlardan foydalanadi va replikatsiya, rekombinatsiya yoki mutatsiya orqali diversifikatsiya va tabiiy tanlanish orqali omon qolish kabi evolyutsion tamoyillarga asoslanadi.
Asosiy bioinformatik dasturlar
ACT (Artemis Comparison Tool) Arxivlandi 2011-01-09 Wayback Machine saytida. — genomik tahlil
Arlequin — populyatsiya genetik maʼlumotlarini tahlil qilish
Bioconductor — bu bioinformatika boʻyicha tadqiqotlar uchun koʻplab mustaqil paketlarni taqdim etadigan katta FLOSS loyihasi.
BioEdit — nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta taxrir qilish uchun muharrir.
BioNumerics Arxivlandi 2012-08-19 Wayback Machine saytida. — universal dasturiy taʼminot toʻplami
BLAST — nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi maʼlumotlar bazasida tegishli ketma-ketliklarni qidirish
Clustal — nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini taxrirlash.
DnaSP — DNK ketma-ketligi polimorfizmini tahlil qilish
FigTree — filogenetik daraxtlar muharriri
Genepop — populyatsiya genetik tahlili
Genetix — Populyatsiya genetik tahlili (faqat frantsuz tilida mavjud)
JalView —nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta tekislash uchun muharrir.
MacClade — interaktiv evolyutsion maʼlumotlarni tahlil qilish uchun pulli dasturidir.
MEGA — molekulyar evolyutsion genetik tahlil
Mesquite — qiyosiy biologiya Java dasturi
Muscle — nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligini koʻp taqqoslash. ClustalW ga qaraganda tezroq va aniqroq
PAUP — parsimoniya yordamida filogenetik tahlil
PHYLIP — filogenetik dasturiy taʼminot toʻplami
Phylo_win — filogenetik tahlil. Dastur grafik interfeysga ega.
PopGene —pulyatsiyalarning genetik xilma-xilligini tahlil qilish
Populations — populyatsiya genetik tahlili
PSI Protein Classifier — PSI-BLAST dasturi yordamida olingan natijalarning qisqacha mazmuni
Seaview — Filogenetik tahlil (GUI)
SplitsTree Arxivlandi 2018-03-14 Wayback Machine saytida. — filogenetik daraxtlarni qurish uchun dastur
UGENE — bu rus tilidagi bepul vosita, nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini bir nechta marta taxrirlash, filogenetik tahlil, annotatsiya, maʼlumotlar bazalari bilan ishlash.
ZENBU — natijalar xulosasi
Bioinformatika tuzilishi[tahrir | manbasini tahrirlash]
Strukturaviy bioinformatika oqsillarning fazoviy tuzilishini bashorat qilish uchun algoritmlar va dasturlarni ishlab chiqishni oʻz ichiga oladi. Strukturaviy bioinformatikada tadqiqot mavzulari:
Makromolekulyarlarning rentgen difraksion tahlili (XRD).
XRD maʼlumotlaridan tuzilgan makromolekulyar modelning sifat koʻrsatkichlari
Makromolekulaning sirtini hisoblash algoritmlari
Oqsil molekulasining gidrofobik yadrosini topish algoritmlari
Oqsillarning strukturaviy domenlarini topish algoritmlari
Oqsil tuzilmalarining fazoviy moslashuvi
SCOP va CATH domenlarining strukturaviy tasniflari
Molekulyar dinamika


Xulosa
Bioinformatika mustaqil ravishda amaliy ahamiyatga ega bo‘lgan natijalar beradi va shuningdek biologiyaning turli sohalarida ishlash uchun sharoit bilan ta’minlaydi.