Oqsillarni identifikatsiyalash resursi (Protein Identification Resource,pir) Reja Kirish Asosiy qism. I-bob Oqsillarni identifikatsiyalash resursi

Ma'lumotlar bazasining o'zaro ishlashi: Biomolekulyar va genomik ma'lumotlar bazalarini muammosiz birlashtirish zarurati haqida ko'p munozaralar bo'ldi ( 14-15 ). Sa'y-harakatlar ma'lumotlar bazasining o'zaro ishlashining texnik muammolarini hal qilishga, xususan, turli xil ma'lumotlar modellari va turli xil kompyuter arxitekturalarida ishlaydigan taqsimlangan, heterojen resurslarni integratsiyalashga bag'ishlangan. World Wide Web (WWW) gipermatnli havolalar orqali turli xil, taqsimlangan ma'lumotlar bazalarida ma'lumotlarni bog'lash mexanizmini taqdim etadi. Ushbu strategiyadan so'ng, ma'lumotlar markazining ma'lumotlar bazasining o'zaro ishlashi bo'yicha asosiy vazifasi markazda tayyorlangan ma'lumotlar va boshqa ma'lumotlar markazlarida mavjud bo'lgan ma'lumotlar o'rtasidagi aloqani o'rnatishdan iborat.Genomik va makromolekulyar ketma-ketlik ma'lumotlar bazalaridagi yozuvlar murakkab; atributlar (ma'lumotlar maydonlari) ierarxik tarzda REFERENCE yozuvlari, xususiyatlar va boshqalar kabi ichki ob'ektlarga guruhlangan bo'lib, har bir subent ma'lumotlarning belgilangan sinfini ifodalaydi. GenBank va PIR kabi turli xil ma'lumotlar bazalaridan yozuvlarni (turli xil ichki tuzilishga ega) bog'lashda biz ikki turdagi bog'lanishlarni ajratib ko'rsatishimiz mumkin: bo'shashmasdan va qattiq bog'lanish. Bo'sh havolalar - bu aniqlanmagan atributlarga ega bo'lgan havolalar. Ular bir ma'lumotlar bazasidagi yozuvni boshqasidagi yozuv bilan bog'laydi, lekin bog'lanishning tabiati, u qanday tashkil etilganligi yoki havola qaysi axborot ob'ektlari bilan bog'liqligi haqida kam ma'lumot beradi. Havolalar turli xil usullarda tuzilishi mumkin, har bir yondashuv sezilarli darajada turli xil havolalar to'plamini beradi. Bog'lanish qanday yaratilganligi haqida ma'lumotsiz uning ahamiyati noma'lum va shuning uchun uning foydaliligi cheklangan. Odatda, kutilmagan xatti-harakatlarni ko'rsatadigan haddan tashqari to'liq bog'lanish jadvallarini yaratishga moyil bo'lgan umumlashtirilgan yondashuvlar qo'llaniladi (havolalar o'tkazib yuborilmaydi, lekin havolalar bog'liq bo'lmagan ma'lumotlar bilan bog'lanishi mumkin).Misol uchun, GenBank va PIR yozuvlarini bog'lashning eng oddiy usuli har bir ma'lumotlar bazasidagi umumiy iqtibosga ega bo'lgan barcha yozuvlarni adabiyotga bog'lash bo'lsa-da, bunday havolalar ketma-ketlik ma'lumotlarini bevosita bog'lamaydi. GenBankdagi ketma-ketliklar bir-biriga o'xshash nashr etilgan bir nechta manbalardan va/yoki ma'lumotlarni taqdim etishdan olingan ma'lumotlarni aks ettirishi mumkin. PIR yozuvlari ham bir nechta ma'lumotlar manbalaridan tuzilgan (odatda, mos keladigan GenBank yozuvi bilan bir xil manbalar birikmasi emas). Yozuvlarni adabiyotlar bo'yicha bog'lash ko'p-ko'p munosabatlariga olib keladi. Bundan tashqari, nashrlar ko'pincha bir nechta ketma-ketlikni taqdim etadi, ularning har biri boshqa GenBank yozuvida ifodalanadi; xuddi shunday, bir nechta PIR yozuvlari bir xil ma'lumotnoma bilan bog'lanadi, bu esa PIR va GenBank ketma-ketliklarini umumiy adabiyotlar iqtiboslari orqali bog'lashda kombinatsion muammoga olib keladi. Bundan tashqari,Ushbu noaniqliklarni bartaraf etish uchun PIR qat'iy bog'lanishlarni, ya'ni aniq belgilangan ob'ektlarni identifikatorlari orqali bog'laydigan aniq xususiyatlarga ega bo'lgan havolalarni tuzishni maqsad qiladi. 1-jadvalda hozirda qo'llab-quvvatlanadigan havolalar ro'yxati keltirilgan. Unda PIR ob'ekti va tegishli tashqi ma'lumotlar bazasi ob'ektlari uchun identifikatorlar ro'yxati keltirilgan. Tashqi ma'lumotlar bazalaridagi ob'ektlar turlariga noyob ma'lumotlar bazasi teglari tayinlanadi. Havolalar PIR yozuvlarida ikki qismdan iborat oʻzaro mos yozuvlar sifatida koʻrinadi: maʼlumotlar bazasi yorligʻi va ikki nuqta bilan ajratilgan kirish identifikatori, masalan, TIGR:HI0664. Ma'lumotlar bazasi tegi tashqi ma'lumotlar bazasidagi ob'ekt turini belgilaydi; identifikator ushbu turdagi ma'lum bir misolni bildiradi.Medline va nuklein kislotalar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalariga havolalar ma'lumotlarni qayta ishlash jarayonida to'planadi.