Oqsillarni identifikatsiyalash resursi (Protein Identification Resource,pir) Reja Kirish Asosiy qism. I-bob Oqsillarni identifikatsiyalash resursi

1.5.PIR Tarix
PIR 1984 yilda Milliy Biotibbiyot Tadqiqot Jamg'armasi tomonidan tadqiqotchilar va mijozlarga oqsil ketma-ketligi ma'lumotlarini aniqlash va talqin qilishda yordam berish uchun manba sifatida tashkil etilgan . Bungacha jamg'arma 1964 yildan 1974 yilgacha Margaret Dayhoff muharriri ostida nashr etilgan Proteinlar ketma-ketligi va tuzilishi atlasida makromolekulyar ketma-ketliklarning birinchi to'liq to'plamini tuzdi . Dayhoff va uning tadqiqot guruhi oqsil ketma-ketliklarini taqqoslash, ketma-ketliklar ichida uzoqdan bog'langan ketma-ketliklar va dublikatsiyalarni aniqlash va oqsil ketma-ketliklarining hizalanishidan evolyutsiya tarixini xulosa qilish uchun kompyuter usullarini ishlab chiqishda kashshof bo'ldi. Uinona Barker va Robert Ledli 1983 yilda Dayhoff vafotidan keyin loyiha rahbariyatini o'z zimmalariga olishdi. 1999 yilda Keti X. Vu Milliy biotibbiyot tadqiqotlari jamg'armasiga, keyinroq Jorjtaun universiteti tibbiyot markaziga PIRning bioinformatika bo'yicha sa'y-harakatlariga rahbarlik qilish uchun qo'shildi. dastlab bosh tergovchi, 2001 yildan esa direktor lavozimlarida ishlagan. [ iqtibos kerak ]Qirq yil davomida PIR ilmiy hamjamiyat uchun erkin foydalanish mumkin bo'lgan ko'plab protein ma'lumotlar bazalari va tahlil vositalarini taqdim etdi, shu jumladan Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi, birinchi xalqaro ma'lumotlar bazasi (PIR-Xalqaroga qarang), bu proteinlar ketma-ketligi va tuzilishi atlasi asosida yaratilgan. [ iqtibos kerak ]2002 yilda PIR o'zining xalqaro hamkorlari, Yevropa bioinformatika instituti va Shveytsariya bioinformatika instituti bilan birgalikda Protein axborot resursi-oqsilni birlashtirib, oqsillar ketma-ketligi va funksiyasining butun dunyo bo'ylab yagona ma'lumotlar bazasi bo'lgan UniProtni yaratish uchun NIH grantiga sazovor bo'ldi. Sequence Database, Swiss-Prot va TrEMBL ma'lumotlar bazalari. 2010 yildan boshlab , II-II- II-Bob: Protein axborot resursi (PIR) genomik va proteomik tadqiqotlar va ilmiy kashfiyotlar.
2.1.(PIR) veb sayitlari.
PIR asosan oqsil annotatsiyasini ko'paytirish va standartlashtirishga yo'naltirilgan turli xil resurslarni taklif qiladi: PIRSF, iProClass va iProLINK. Protein Ontologiyasi Protein Axborot Resursi tomonidan chiqarilgan yana bir mashhur ma'lumotlar bazasini qo'llab-quvvatlaydigan protein informatikasining integratsiyalashgan davlat resursidir. PIR butun taksonomik diapazonni qamrab oluvchi 283 000 dan ortiq ketma-ketlikni o'z ichiga olgan izohli oqsil ma'lumotlar bazasini (PSD) saqlaydi. Oila tasnifi nozik identifikatsiya qilish, izchil izohlash va izoh xatolarini aniqlash uchun ishlatiladi. Superfamily kuratsiyasi imzo domeni arxitekturasini belgilaydi va avtomatlashtirilgan tasnifni yaxshilash uchun aʼzoliklarni toifalarga ajratadi. Eksperimental izohlar miqdorini oshirish uchun PIR adabiyotlarni qidirish, xaritalash va foydalanuvchilarni topshirish uchun bibliografiya tizimini ishlab chiqdi va eksperimental xususiyatlar uchun iqtiboslarning retrospektiv atributini o'tkazdi. PIR, shuningdek, NREF, ortiqcha bo'lmagan ma'lumotlar bazasini saqlaydi, va iProClass, oqsillar oilasi, funktsiyasi va tuzilishi haqidagi ma'lumotlarning integratsiyalashgan ma'lumotlar bazasi. PIR-NREF hozirda PIR-PSD, SWISS-PROT, TrEMBL, RefSeq, GenPept va PDB dan 1 000 000 dan ortiq yozuvlardan iborat bo'lgan oqsil ketma-ketliklarining o'z vaqtida va keng qamrovli to'plamini taqdim etadi. PIR veb-sayti (http://pir.georgetown.edu) interaktiv so'rovlar, ketma-ketlik va matn qidirish kombinatsiyasi, qidiruv natijalarini saralash va vizual o'rganish funktsiyalari bilan ma'lumotlarni tahlil qilish vositalarini ma'lumot olish va bilimlarni kashf qilish uchun asosiy ma'lumotlar bazalari bilan bog'laydi. . FTP sayti ikki haftada bir marta PSD va NREF nashrlari va yordamchi ma'lumotlar bazalari va fayllari uchun bepul yuklab olishni ta'minlaydi. hozirda PIR-PSD, SWISS-PROT, TrEMBL, RefSeq, GenPept va PDB dan 1 000 000 dan ortiq yozuvlardan iborat. PIR veb-sayti (http://pir.georgetown.edu) interaktiv so'rovlar, ketma-ketlik va matn qidirish kombinatsiyasi, qidiruv natijalarini saralash va vizual o'rganish funktsiyalari bilan ma'lumotlarni tahlil qilish vositalarini ma'lumot olish va bilimlarni kashf qilish uchun asosiy ma'lumotlar bazalari bilan bog'laydi. . FTP sayti ikki haftada bir marta PSD va NREF nashrlari va yordamchi ma'lumotlar bazalari va fayllari uchun bepul yuklab olishni ta'minlaydi. hozirda PIR-PSD, SWISS-PROT, TrEMBL, RefSeq, GenPept va PDB dan 1 000 000 dan ortiq yozuvlardan iborat. PIR veb-sayti (http://pir.georgetown.edu) interaktiv so'rovlar, ketma-ketlik va matn qidirish kombinatsiyasi, qidiruv natijalarini saralash va vizual o'rganish funktsiyalari bilan ma'lumotlarni tahlil qilish vositalarini ma'lumot olish va bilimlarni kashf qilish uchun asosiy ma'lumotlar bazalari bilan bog'laydi. . FTP sayti ikki haftada bir marta PSD va NREF nashrlari va yordamchi ma'lumotlar bazalari va fayllari uchun bepul yuklab olishni ta'minlaydi. va qidiruv natijalarini saralash va vizual tekshirish. FTP sayti ikki haftada bir marta PSD va NREF nashrlari va yordamchi ma'lumotlar bazalari va fayllari uchun bepul yuklab olishni ta'minlaydi. va qidiruv natijalarini saralash va vizual tekshirish. FTP sayti ikki haftada bir marta PSD va NREF nashrlari va yordamchi ma'lumotlar bazalari va fayllari uchun bepul yuklab olishni t a'minlaydi.
2-jadval
PIR o'zining kelib chiqishidan boshlab, kompleks, sifat nazorati ostida va yaxshi tashkil etilgan protein ketma-ketligi ma'lumot resursini tuzish orqali hisoblash biologiyasi va genomika sohasidagi tadqiqotlarni qo'llab-quvvatlashga intilgan. Resurs 1960-yillarning boshlarida marhum Margaret O. Dayhoffning kashshof ishi bilan paydo bo'lgan. 1988 yildan beri Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi ilmiy ma'lumotlar bazalarini ishlab chiqishda muhim element sifatida xalqaro hamkorlikni rivojlantirishga bag'ishlangan makromolekulyar ketma-ketlik ma'lumotlarini yig'ish markazlari uyushmasi PIR-International tomonidan hamkorlikda olib boriladi. Resurs ishi keng tarqalgan bo'lib, butun dunyo bo'ylab Internetda, FTP, elektron pochta serveri, CD-ROM va magnit tashuvchilar orqali mavjud.