O’zbekstan respublikasi oliy ta’lim,fan va innovaciyalar vazirligi berdaq nomidagi qoraqalpoq davlat universiteti biologiya fakulteti umumiy biologiya va fiziologiya kafedrası Ro’yxatga olindi: “tasdiqlandi”

15-Amaliy mashg’ulot
Auto Dock dasturinda ishlash
AutoDock - bu avtomatlastirilgan o'rnatish vositalarining jamlanmasi. Bu substratlar yoki narkomanlikke nomzodlar siyaqli kichik molekulalar belgili 3 D tuzilishining retseptorlarina qanday baylanisiwin taxmin qiliw uchtalarini mo'ljallangan.
AutoDock 4 tamalinan ikkita tamalǵi dasturdan iborat : autodockper ligandning maqsadli oqsilti tavsiflaytuǵin tarmoqlari kompleksininge soxtaiwin ta'minlaydi ; avtogrid bu tarmoqlardi oldinan hisoblaydi.
AutoDock Vina uchtalarini otom turlarin tanlov va ular uchtalarini to'r xaritalarini oldinan hisoblash taqozo etingmaydi. Buniń ornina u zarur bo'lgan otom turlari uchtalarini o'zlar ichkarisidagi tarmoqlardi hisoblab shiǵadi va buni deyarli bitta tezda ro'yobga asiradi.
Shuning jo'rligida, AutoDockTools yoki qisqasha ADT deb atalgan grafik foydalanuvchi interfeysini ishlab shiǵildi, bu boshqa zotlar satrinda ligandda aylanuvchi sifatida qanday baylanislar o'rnatilishini va docking-ni tahlil etishga yordam beradi. Endi AutoDock dunyo bo'ylab 29000 dan artiq foydalaniwshilarga tarqatildi. U akademikaliq, mamlakat, tijoratliq bo'lmagan va tijorat sharoitinda qollaniladi. 2011 jil yanvar ayinda ISI Citation Index qidiriwinda 2700 dan artiq nashrlarda AutoDock usillariniń tamalǵi hujjatlari keltiritgan. Endi AutoDock GPL ochiq kodli litsenziyasi bo'yinsha tarqatiladi va hamma foydalanishi mumkin. Takroriy taqsimlash maqsadida GPL litsenziyalangan dasturliq ta'minotini boshqa kodlarga kiritishlik mahdudligi sababli, ba'zi kompaniyalar AutoDock-ni bo'lak litsenziya shartnomasi bo'yinsha litsenziyalawdi xohlashlari mumkin. Buni tartibga solish mumkin.

5. 1-rasm. AutiDock dasturinda ishlash ketma ketligi )

AutoDock keng qollanilgan va shu asnoda oniń adabiyotda tabisli qollanilishi haqqinda ko'plab misallar bor. 2006 jilda AutoDock eng ko'p ko'chib kirishlik olingan etilgan docking dastursi edilar. Bu juda tez, ligand konformat-siyasini yo'qlarari sifatli bashorat va prognoz etilgan matumotlar bilan eksperimentallar o'rtasindaǵi yoqsi baylanisti ta'minlaydi. AutoDock shuning jo'rligida, soxtaish joyining joylasiwi noma'lum bo'lgan soqir-kórona o'rnatish uchtalarini ham foydali bo'llarib tabiladi. Bundan tisqari, AutoDock bepul dastur bo'lib, 4-versiya GNU General Public License tomonidan tarqatiladi ; oni olish ham oson.
AutoDock avtomatik o'rnatish vositalari jamlanmasi bo'lib, u substratlar yoki dori nomzodlari kabi kichik molekulalar ma'lumki 3 D tuzilmaning retseptorlari bilan qanday bog'lanishini bashorat uchun mo'ljallangan. Yillar davomida u yangi funksiyalarni qo'shish uchun o'zgartirildi va takomillashtirildi va bitta nechta dvigatellar ishlab chiqildi. AutoDock-ning mavjud tarqatishi ikkita avlod dasturiy ta'minotinan iborat : AutoDock 4 va AutoDock vina. Yaqinda biz AutoDock-GPU, AutoDock4-ning tezlashtirilgan versiyasini ishlab chiqdik, bu asl yagona protsessorli dok kodidan yuzlab marta tezroq. AutoDock 4 asosan ikkita asosiy dasturdan iborat : autodock ligandni maqsadli oqsiltı tavsiflovchi to'r kompleksininge joylashtirmoqni ro'yobga oshirani ; autogrid bu to'rni avvaldan hisoblab chiqadi. Ularni o'rnatish uchun ishlatishdan tashqari, otomga yaqinlik tarmoqlarini ko'rishlik mumkin. Bu, masalan, organik sintetik kimyogarlarga yaxshilash to'qishlarni ishlab chiqishda yordam berishi mumkin. AutoDock vina otom turlarin tanlovni va ular uchun grid xaritalarini avvaldan hisoblashni taqozo etmaydi. Buning o'rniga, u kerakli otom turlari uchun to'rni ichki hisoblab chiqadi va buni deyarli bitta tezda ro'yobga oshirani. Shuning jo'rligida, biz AutoDockTools yoki qisqacha ADT deb atalgan foydalanuvchi grafik interfeysini ishlab chiqdik, bu boshqa zotlar qatorida ligandda qaysi bog'lanishlar aylanuvchan deb hisoblanishini o'rnatishga va o'rnatishlarni tahlil etishga yordam beradi.
AutoDock quyidagi qo'shimchalarga ega :
• rentgen kristallografiyasi;
• dúzılıwga asoslangan dori dizayni ;
• jetekshi optimallashtirish ;
• virtual skrining (HTS);
• kombinat kutubxonasi dizayni ;
• belok -oqsiltı biriktirish ;
• ximiyalıq mexanizmlarni o'rganish

Bu dasturlar orasida AutoDock vina, GOLD va MOE-Dock eng yaxshi ballga ega bo'lgan eng yuqori zinalarni bashorat qildi. GOLD va LeDock to'g'ri ligand bog'lanish pozalarini aniqlay olishdi. Glide (XP) ham, GOLD ham pozalarni 90, 0% aniqlik bilan bashorat etadi. Bu dastur mo'llarekulyar docking protsessleri uchun foydalaniladi.

Mo'llarekulyar docking ikkita yoki undan ortiq mo'llarekulyar tuzilmalariń (masalan, dori va ferment yoki oqsil ) bir-birinie qanday mos kelishin o'rganish dir [50]. Oddiy ta'rifda docking mo'llarekulyar modellashtirish usuli bo'lib, u oqsil (ferment ) ning kichik molekulalar (ligandlar) bilan o'zaro ta'sirini taxmin qilish uchun ishlatiladi. Protein-ligandlarning o'zaro ta'sirini o'rganish va dori-darmonlarni yangi kashf qilish va ishlab chiqish uchun hisoblash uchun docking keng tatbiq qilinadi. Odatda jarayon ma'lumki tuzilmalik dala-dashtilislerdi o'rganadi.
AutoDock vina - mo'llarekulyar o'rnatish uchun shaffof manbali dastur. U hamslep doktor Ueg Trott tomonidan Skripps izlanish institutining Mo'llarekulyar grafika laboratoriyasinda (xozirgi CCSB) ishlab chiqilgan va sodir qilingan. Eng so'nggi versiyalarıda yaratilgan.