Первым идею о необходимости рассмотрения звуков языка как составляющих морфем высказал И. А. Бодуэн де Куртенэ

2.4. Гиперфонема
В рамках МФШ было выработано понятие гиперфонемы. Первоначально под гиперфонемой понималась единица, выступающая в позициях нейтрализации, а также группа нейтрализующихся в данной позиции фонем. Позднее термин стал обозначать случай реализации в рамках той или иной морфемы звука или ряда позиционно чередующихся звуков, представляющих собой общую часть нейтрализованных в данной позиции фонем и не приводимая в данной морфеме однозначно к одной из этих фонем^[26]. Так, в корне, представленном в рус. собака, собаковод, первый гласный не встречается под ударением (в сильной позиции), а представляющие его чередующиеся звуки могут являться представителями фонемы <о> или <а>. В этом случае считается, что в первом слоге присутствует гиперфонема, что отражается в фонематической транскрипции: <с{о/а}бака>^[27].
2.5. Фонематическая транскрипция
В фонематической транскрипции, применяемой в МФШ, как и в других традиционных фонологических школах, фонема обозначается в транскрипции своим основным вариантом^[22]. Гиперфонема может обозначаться основными вариантами нейтрализованных фонем, записанными через дробь (к примеру, <с{о/а}бака> или <{с/з/с'/з'}тол>^[28]) или тире^[29]. В «Очерке грамматики русского литературного языка» Р. И. Аванесова и В. Н. Сидорова, где вместо гиперфонемы речь идёт о группе фонем^[30][31], предлагается в случае невозможности привести некоторый звук к той или иной фонеме записывать в фонемной транскрипции произносимый звук с числовым индексом, показывающим, какие фонемы или их группы не различаются в данной позиции^[32]:

• 
  для гласных: 1 — неразличение <о> и <а> (<са¹ба́ка>), 2 — <о>, <а> и <э> (), 3 — <о> и <э> (<да́jт’ь³>);
  
• 
  для согласных: 1 — неразличение глухости и звонкости (<с¹по́р>), 2 — твёрдости и мягкости (<п'²е́н'>), 3 — обоих признаков (<з'³д'е́с'>).
  

Фонемная транскрипция МФШ может заключаться в угловые скобки^[33].
Фонемная запись морфемы часто, хотя и не всегда, совпадает с её орфографической записью (ср. рус. <вод>). Следует заметить, что в ряде случаев запись морфемы не совпадает ни с одним из представленных в языке её морфов. Это происходит, когда основные варианты всех входящих в морфему фонем не встречаются в одном слове: такова, к примеру, фонемная запись морфемы <боб>, представленной морфами [боп] (боб) и [бʌб] (бобы)^[22].