Первым идею о необходимости рассмотрения звуков языка как составляющих морфем высказал И. А. Бодуэн де Куртенэ

2. Положения школы
2.1. Понятие фонемы
Фонемами в учении МФШ называются самостоятельные звуковые различия, служащие знаками различения слов языка^[21], иначе говоря, минимальные составляющие звуковых оболочек минимальных знаковых единиц — морфем. Поскольку морфема понимается как множество чередующихся морфов, фонема предстаёт множеством звуков, чередующихся в составе морфов по фонетическим правилам. Если чередование обусловлено не фонетически, а морфологически (как в рус. водит — вожу) или лексически, чередующиеся элементы входят не в состав фонемы, а в состав морфонемы (морфофонемы)^[22]. Следует отметить, что за морфонемами не признаётся статус самостоятельных языковых единиц, а морфонология считается не отдельным уровнем языка, а особой сферой, входящей как в фонологию, так и в морфологию; от явлений первой её отличает обусловленность морфологическими условиями вместо фонетических позиций, от явлений второй — отсутствие значимостей, присущих морфемам^[23].
Каждая фонема реализуется в определённых разновидностях, каждая из которых выступает в определённых фонетических условиях; в одной и той же позиции всегда выступает одна и та же разновидность, в различных позициях — разные^[21].
Как следует из определения фонемы как ряда позиционно чередующихся звуков (возможно, включающего и нуль звука), для отнесения разных звуков к одной фонеме необходимо и достаточно, чтобы звуки находились в дополнительном распределении (дистрибуции) в зависимости исключительно от фонетических позиций и занимали одно и то же место в одной и той же морфеме. Фонетическая близость звуков не играет роли в их отнесении к той или иной фонеме. Такой критерий называется морфологическим^[3].
2.1.1. Функции фонемы
Согласно учению МФШ, фонема осуществляет две основных функции^[3]:

• 
  перцептивную — способствовать отождествлению значимых единиц языка — слов и морфем;
  
• 
  сигнификативную — способствовать различению значимых единиц.
  

Применение морфологического критерия опирается как на перцептивную (по мнению сторонников МФШ, опознавание и отождествление говорящими слов и заметно видоизменяющимися в зависимости от контекста морфем основано не только на единстве значения, но и на тождестве фонемного состава), так и на сигнификативную функцию фонем (позиционно чередующиеся звуки не участвуют в смыслоразличении)^[3].