Первым идею о необходимости рассмотрения звуков языка как составляющих морфем высказал И. А. Бодуэн де Куртенэ

2.2. Варианты и вариации фонем
Среди реализаций фонемы последователи МФШ различают её основной вариант (доминанту) и модификации. Существуют модификации двух типов: варианты и вариации фонем. Под вариантом фонемы понимается модификация, выступающая в позиции нейтрализации двух или более фонем (фонетически вариант может совпадать или не совпадать с основным представителем одной из нейтрализующихся фонем: так, в рус. вода в первом слоге выступает вариант [ʌ], не совпадающий с основными представителями <о> и <а>, в то время как в вод [t], выступающий в конечной позиции, совпадает с основным вариантом фонемы <т>). Вариации фонем представлены в позициях, где не происходит нейтрализация фонемных противопоставлений; примерами вариации могут служить изменение ряда (упереднение) задних гласных русского языка в положении между мягкими согласными, не приводящее к их совпадению с гласными переднего ряда: вёл [v''о'l], и озвончение непарных глухих согласных: дровец бы [ʣ]^[24].
2.3. Теория позиций
МФШ детально разработала теорию позиций — условий употребления и реализации фонем в речи. В рамках теории различаются фонологические и морфологические позиции; в первых чередуются звуки, образующие одну фонему, во вторых — фонемы, составляющие морфонему^[3].
Другая классификация позволяет выделить сильные и слабые фонетические позиции. В сильных позициях функции фонемы не ограничены, в слабых подвергаются ограничению^[3]. В соответствии с функциями фонемы различают перцептивные и сигнификативные позиции^[25]. В сигнификативно и перцептивно сильной позиции, называемой иначе абсолютно сильной, где звук, реализующий фонему, не испытывает редукции и воздействия соседних звуков, выступает основной вариант фонемы^[3][25]. В перцептивно слабой позиции восприятие фонемы затруднено вследствие отклонения её реализации от основного представителя, однако нейтрализации данной фонемы с какой-либо другой не происходит. В перцептивно слабых позициях выступают вариации фонем^[24].
В сигнификативно сильной позиции фонема отличается от прочих фонем, поскольку реализуется особым звуком^[25]; в сигнификативно слабой позиции фонема ограничена в способности различать значимые единицы языка (морфемы и слова), поскольку количество противопоставленных фонем сокращено вследствие нейтрализации. В сигнификативно слабых позициях выступают варианты фонем^[24].