Первым идею о необходимости рассмотрения звуков языка как составляющих морфем высказал И. А. Бодуэн де Куртенэ

1.3. «Дискуссия о фонеме»
В 1952—1953 гг. на страницах журнала «Известия АН СССР. Отделение литературы и языка» развернулась дискуссия по вопросам фонологии. К тому времени стало очевидно, что точка зрения МФШ не может быть согласована с учением ленинградских фонологов; кроме того, существовала тенденция «сводить счёты» с приверженцами марризма. Зачинателем дискуссии выступил С. К. Шаумян со статьёй «Проблема фонемы», выражавшей мнение сторонника строгого разграничения фонетики, использующей методы естественных наук, и фонологии как дисциплины с лингвистической методологией; такое разграничение большинство советских фонологов считало недопустимым, многие рассматривали фонологию как более высокую ступень фонетики. В статье С. К. Шаумян также полемизировал с учением МФШ^[15].
Статья С. К. Шаумяна породила немало критических откликов, одним из которых стала статья С. И. Бернштейна, отразившая самостоятельный взгляд автора на проблемы фонологии (ср. утверждение о том, что щербовское определение фонемы как звукового типа предполагает понимание фонемы как основного варианта с его позиционными модификациями). Среди других откликов была статья «О значении морфологического критерия для фонологии», написанная М. В. Пановым и демонстрирующая недостатки определения фонемы как «звукового типа», в частности невозможность однозначно привести к какому-либо звуковому типу сильной позиции звук, встречающийся лишь в слабых позициях (как рус. [ъ]). М. В. Панов, настаивая на необходимости применения морфологического критерия, утверждал, что даже представители ЛФШ исподволь применяли его^[15].
В дискуссии приняли участие и сторонники ЛФШ: Л. Р. Зиндер, М. И. Матусевич, В. И. Лыткин, А. Н. Гвоздев^[15].
В заключительной редакционной статье дискуссии содержится вывод о том, что обсуждение не вполне оправдало возложенные на него надежды; также авторы статьи высказали сомнение в актуальности самой проблемы фонемы, с чем, с точки зрения А. А. Реформатского, трудно согласиться^[15].