Referati topshirdi: Erkinbayev Doniyor Qabul qildi: Nurmetova Manzura Urganch-2023

Mavzu:Filogenetik daraxtlarni tuzish algoritmlari
Reja:
1. Filogenetik daraxtlar qurilishi.
2. Genetik algoritm.
3. Filogeniyani rekonstruktsiya qilish.
4. Xulosa

Filogenetik daraxtlar qurilishi - bu bioinformatika fanining murakkab va keng o'rganilgan muammosi. NP-Complete xususiyatlaridan kelib chiqqan holda, bu tadqiqotchilar uchun haligacha ochiq muammo. Turlar sonining ko'payishi bilan hisoblashning murakkabligi ham oshadi, uni an'anaviy usullar bilan hal qilib bo'lmaydi (masalan, arifmetik o'rtacha ko'rsatkichlar (UPGMA), Maksimal ehtimollik, Maksimal Parsimoniya). , Ba'zi metaevristik usullar bir qancha tadqiqotchilar tomonidan o'rganilmoqda va filogenetik daraxt qurildi va ba'zi istiqbolli natijalar haqida xabar berdi. Ushbu maqolada filogenetik daraxt rekonstruksiyasini optimallashtirish uchun ishlatilgan chumolilar koloniyasini optimallashtirish (ACO), zarrachalar to'dasini optimallashtirish (PSO) va genetik algoritm (GA) kabi ba'zi metauristik yondashuvlar haqida qisqacha so'rov berilgan.
Filogenetik - bu turli xil tirik organizmlarning evolyutsion tarixini o'rganish usuli, bu erda turlar orasidagi farqlar filogeniya deb nomlanuvchi yo'naltirilgan grafikalar yoki daraxtlar bilan ifodalanadi. Daraxt har xil turlarning molekulyar ketma -ketligi asosida qurilgan. Molekulyar ketma -ketlikning namoyishi genlar filogeniyasi deb nomlanuvchi genlar yoki oqsillar ketma -ketligidan kelib chiqadi, filogeniya turlari esa har xil turlarning evolyutsion yo'lini ifodalovchi jarayon sifatida ta'riflanadi. Gen filogeniyasi turli genlar o'rtasidagi o'zaro bog'liqlikni, ya'ni turli genlar orasidagi genlar ketma-ketligi bir-biri bilan ko'proq yoki kamroq bog'liqligini bilishga yordam beradigan gen evolyutsiyasini va kodlangan gen ketma-ketligini tavsiflovchi mahalliy tavsiflovchi sifatida bo'lishi mumkin. Daraxtlarning asosan ikki turi bor a). ildizli daraxtlar: barcha tugunlar bitta tugundan olingan va b) ildizi yo'q daraxtlar: bitta tugundan hosil bo'lmaganlar.
Tuzilgan daraxt turlar o'rtasidagi munosabatni ifodalash uchun tugunlar turini ifodalovchi grafik nazariya standarti belgisiga amal qilishi kerak. Qolgan maqolalar quyidagicha tartibga solinadi: 2 -bo'limda genetik algoritm, so'ngra GA yordamida filogenetik daraxtni optimallashtirish bo'yicha ishlar olib boriladi. 3 -bo'limda chumolilar koloniyasini optimallashtirishning kiritilishi, 4 -bo'limda filogenetik daraxtni qurishda qo'llaniladigan GA va ACOdan boshqa usullar tasvirlangan. Oxirida 5 -bo'lim. Qog'oz yakunlanadi.