Санитарная микробиология занимается изучением микроорганизмов, содержащихся в окружающей нас среде и способных непосредственно или косвенно неблагоприятно влиять на здоровье людей

Бактерии рода Proteus обитают как в кишечнике человека и животных (P. mirabilis), так и в гниющих остатках (P. vulgaris). Присутствие протеев в объектах окружающей среды свидетельствует об их загрязнении разлагающимися субстратами и крайне неблагополучном санитарном состоянии.
Бактерии рода Clostridium. К санитарно-показательным клостридиям относят группу грамположительных, спорообразующих анаэробных палочек, редуцирующих сульфит (почернение среды Вильсона-Блера) при инкубации в условиях 45°С в течение 12—24 ч. Эта группа в основном представлена Cl. perfringens, которые встречаются в кишечнике большинства людей в значительно меньших количествах, чем кишечная палочка. Клостридии более, устойчивы, чем не образующие спор БГКП и энтерококки. Присутствие микроорганизмов рода Clostridium в различных объектах окружающей среды свидетельствует об их фекальном загрязнении, причем как свежем, так и давнем. Определение санитарно-показательных клостридий рекомендуют проводить в почве и воде, а также при выборе новых источников водоснабжения.
Термофильные бактерии представлены полиморфной группой преимущественно спорообразующих бактерий, способных размножаться при 50-70ºС (Streptococcus thermophilus, Lactobacillus lactis и др.). Во внешней среде термофилы обнаруживают на субстратах, загрязненных навозом или компостом, так как в процессе гниения в этих субстратах создается оптимальная температура для роста этих микробов.
Бактериофаги кишечных бактерий – эшерихий, шигелл и сальмонелл – постоянно обнаруживают там, где есть бактерии, к которым они адаптированы. Однако колифаги выживают во внешней среде дольше (8-9 мес.), чем соответствующие бактерии (4-5 мес.), а также способны адаптироваться к другим видам бактерий.
Стафилококки (S. aureus), а также зеленящие и гемолитические стрептококки являются санитарно-показательными микроорганизмами загрязнения воздуха закрытых помещений. Источниками загрязнения патогенными стрептококками и стафилококками являются больные люди, страдающие хронической инфекцией, и здоровые люди – носители. Во внешней среде стрептококки сохраняют жизнеспособность в течение примерно тех же сроков, что и возбудители дифтерии, а стафилококки — даже дольше. Чем большее количество стрептококков обнаруживают в воздушной среде, тем вероятнее возможность заражения человека воздушно-капельными инфекциями. Нарастание обсемененности воздуха S. aureus и частое его обнаружение свидетельствуют о санитарно-эпидемиологическом неблагополучии. В лечебных учреждениях вторичным источником обсеменения воздуха золотистым стафилококком могут быть загрязненные постельные принадлежности, белье, с которых эти микроорганизмы попадают в воздух. Наиболее полную картину воздушно-капельного загрязнения воздуха дает определение и стрептококков, и стафилококков. Однако ввиду того, что стрептококки довольно трудно культивировать, в лабораторной практике ограничиваются выделением S. aureus.