1. Fermentlarning umumiy xususiyatlari Tirik organizmlarda fermentativ reaksiyalar tezligining

Fermentlar tuzilishi. Fermentlar oqsil tabiatli bo‘lganligi uchun birlamchi, ikkilamchi, uchlamchi va to‘rtlamchi qurilishga egadir. To‘rt-lamchi qurilishga ega bo‘lgan fermentlar bir necha
protomerlardan tashkil topgan. Katalitik xususiyatga ega bo‘lgan oddiy (ferment-proteinlar) va murakkab (ferment-proteidlar) fermentlarga bo‘linadi. Murakkab fermentlar oqsil qismi (apoferment) va oqsil bo‘lmagan qismi (kofaktor)dan iborat. Kofaktor bo‘lib metall ionlari yoki organik birikmalar bo‘lishi mumkin. Apoferment va kofaktor alohida faol emasdir, ularning birikishi faol fermentni hosil qiladi va uni xoloferment deyiladi. Kofaktorlar termostabil moddalardir, ko‘pchilik fermentlar qizitilganda faolligini yo‘qotadi. Fermentning faol markazi oddiy va murakkab fermentlarning uchlamchi qurilishida ma’lum bir funksiyani bajaruvchi maxsus markazlar mavjud.
Murakkab fermentlarning faol markaziga kofaktor kiradi. Oligomer fermentlarda faol markazlar soni subbirliklar soniga teng, yoki ikkita subbirliklar faol markazni hosil qilishi mumkin. Ba’zi fermentlarda faol markazdan tashqari regulyator – allosterik markaz bo‘lishi mumkin. Bu markaz modifikatorlar bilan birikadi. Modifikatorlar ferment faolligini oshirishi (effektorlar) yoki susaytirishi (ingibitorlar) bo‘lishi mumkin.
Faol markazda kontakt – ya’ni substrat bilan birikuvchi, katalitik – fermentativ reaksiyani katalizlaydigan joy mavjud (36 rasm). Aktiv markaz polipeptid zanjirlarning turli joylaridan o‘rin olgan 12-16 aminokislota qoldiqlaridan hosil bo‘ladi. Polipeptid zanjirining boshqa aminokislota qoldiqlari faol markazni to‘g‘ri fazoviy joylashishini va reaksion holatini belgilaydi. Oddiy fermentlarda faol markazning kontakt va katalitik joylari aminokislotalarning funksional faol guruhlaridan hosil bo‘ladi, murakkab fermentlarda asosiy vazifani kofaktorlar bajaradi.Fermentativ katalizda quyidagi funksional faol guruhlar ishtirok etadi: dikarbon aminokislotalarning COOH va peptid zanjirining C – uchlarining COOH guruhlari; lizinning NH⁺₂ guruhi va polipeptid zanjirining N – uchi NH₃ guruhi; argininnig guanidin; triptofanning indol; gistidinning imidazol, serin va treoninning oltingugurt tutuvchi aminokislotalarning SH-guruhlari, tirozinni fenol guruhlari ishtirok etadi.
Prostetik gruppa – bunda kofaktor apoferment bilan kovalent bog‘lanadi.
Koferment – bunda kofaktor apoferment bilan nokovalent bog‘lanadi va tez dissotsiatsiyalanadi
Kofaktorlar strukturasiga ko‘ra vitaminli va vitamin bo‘lmagan kofaktorlarga bo‘linadi. Vitaminli koferment tiaminli (TMF, TDF, TTF), flavinli (FAD, FMN), pantotenatli (KoA, defosfo-KoA, 1fosfopantotenat), nikotinamidli (NAD, NADF), piridoksinli (PALF, PAMF), flavinli (TGFK), kobamidli (metilkobalamin, dezoksimetilkobalamin), biotinli (karboksibiotin), lipoil (lipoamid), xinonli (ubixinon, plastoxinon) va karnitinli (karnitin)larga bo‘linadi. Vitamin bo‘lmagan kofermentlar o‘z navbatida nukleotidli (UDFGK), fosfomonosaharidli (glyukozo-1,6-difosfat, 2,3-difosfoglitserat), metalloporfirinli (gemlar, xlorofillar) va peptidliga (glutation) bo‘linadi.
Metallar ham ferment tarkibiga kiradi Metallofermentlar keng tarqalgan bo‘lib barcha fermentlarning ko‘p qismini tashkil qiladi. Metallofermentlar 2 guruhga bo‘linadi: fermentlarda faollashtiruvchi vazifasini o‘tovchi metallar (bunday fermentlar metallarsiz ham katalitik vazifani bajaradi) va kofaktorlik vazifani bajaruvchi metallar (metall ionlarisiz ferment faol emas)