2-kurs 321-guruh talabasi Raxmatova Fayoza Mavzu: ngs(Next-Generation Sequencing) sekvenirlash

2-kurs
321-guruh talabasi
Raxmatova Fayoza

Mavzu:NGS(Next-Generation
Sequencing) sekvenirlash.
NGS sekvensiya texnologiyalari
Keyingi avlod Sekansirovkasi (NGS) mavzusi bilan biz kirishdan to'liq doiraga kelmoqchimiz. Bu erda bioinformatika tomonidan qo'zg'atilgan molekulyar biologiyaning zamonaviy davri debyut qilmoqda. Oxirgi o'n yil ichida NGS texnologiyasidagi o'zgarishlar ketma-ket ma'lumotlarning portlashiga olib keladi. Ammo, avvalgi boblardan taxmin qilganingizdek," yagona " inson genomi yo'q - garchi hozirgi (ushbu yozuv bo'yicha) ma'lumotnoma hg38 bo'lsa ham. "Malumot" populyatsiya genetikasi asosida to'g'ri nukleotid nima bo'lishi kerakligini aniqlaydigan shaxslarning ketma-ketlik ma'lumotlarining jami konsensusi asosida hosil bo'ladi. Yaqinda ketma-ket ma'lumotlar orqali osonroq mavjud butun ekzom sekvensiyasi (Ues), bu butun genom sekvensiyasi (VGS) uchun o'zgaruvchan bo'lib, u faqat shaxsning kodlash ekzonlarini ketma-ketlashtiradi. Uesning foydasi shundaki, shaxs genomining faqat bir qismi ketma-ketlikda bo'ladi, bu esa burilish vaqtini tezroq va narxini pasaytiradi.

Sekvensiya texnologiyalari tarixi birinchi avlod sekvensiyasidan boshlanadi: Sanger sekvensiyasi usuli yoki zanjirni tugatish sekvensiyasi deb ham ataladi. Muqobil nomidan ko'rinib turibdiki, usul o'ziga xos asoslarda cho'zilishni tugatadigan noyob nukleotidlardan foydalanadi va ketma-ketliklar nukleotidlar tartibini aniqlash uchun ushbu turli uzunlikdagi o'qishlarni bir-birining ustiga qo'yishdan kelib chiqadi. Butun jarayon mehnat talab qiladigan va past o'tkazuvchanlikdir. Ikkinchi avlod sekvensiyasi deb ham ataladigan NGS Sanger sekvensiyasining navbatdagi yaxshilanishidir. NGS texnologiyalari cho'zish paytida har bir pozitsiyada kiritilgan nukleotidlarni aniqlash asosida ketma-ketlikni aniqlaydi. NGS platformalariga misollar:

Roche / 454 hayot fanlari (endi ishlatilmaydi), Illumina, Abi SOLiD, Ion Torrent, Pacific Biosciences va Oksford Nanopore. Bu Oksford Nanopore yaqinda bir "uchinchi avlod" tartibida platforma bo'lishi mumkin, eng so'nggi texnologiya ekanligini ta'kidlash uchun qiziqish uyg'otadi. Bu tartibida texnologiyalari haqida qo'shimcha ma'lumot olish uchun, ushbu sahifani tashrif.