2-kurs 321-guruh talabasi Raxmatova Fayoza Mavzu: ngs(Next-Generation Sequencing) sekvenirlash

Ion Torrent Sequencing

Asosiy maqola: Ion semiconductor sequencing
Usul kimyoviy va raqamli ma'lumotlar o'rtasidagi bog'liqlikka asoslangan; ushbu texnologiya pH tomonidan qo'zg'atilgan ketma-ketlik deb ham ataladi. Jarayon DNK zanjirini yon mahsulot sifatida sintez qilish natijasida hosil bo'lgan protonlarni aniqlashga asoslangan. Natijada eritmaning pH qiymati o'zgaradi, uni aniqlash mumkin^[25].
Ion Torrent platformasi boshqa ketma-ketlik texnologiyalaridan farq qiladi, chunki u o'zgartirilgan nukleotidlar va optik usullardan foydalanmaydi. Ion Torrent usuli transkriptomlarni, kichik RNKlarni tekshirishga, ChIP-seqni o'tkazishga imkon beradi. Bundan tashqari, u mikrobial jamoalarning genomlarini o'rganish uchun ishlatilishi mumkin^[25].

NANOPOR ketma-ketligi usulida DNK molekulasining nanopora orqali o'tishi paytida elektr signalini yaratish jarayonini tasvirlash.

Tinch okeani Biosciences Real vaqt rejimida bitta molekulali ketma-ketlik]

Asosiy maqola: Real vaqtda bitta molekulali ketma-ketlik
Real vaqtda bir molekulyar sekvensiyalash usulining paydo bo'lishi (ingl. Single molecule real time sequencing, SMRT) sintez qilinadigan zanjirni hosil qiluvchi DNK polimeraza ishini Real vaqtda kuzatish imkonini berdi. Usulning mohiyati genomik DNK fragmentlarining nukleotidlar ketma-ketligini ularning uchlariga bog'langan, keyinchalik ketma-ketlik uchun zarur bo'lgan o'ziga xos DNK adapterlari bilan aniqlashdir. SMRT ketma-ketligining ma'nosi ilgari tavsiflangan usullarga o'xshaydi NGS — DNK polimeraza yuqori aniqlikdagi konfokal mikroskop yordamida qayd etilgan turli lyuminestsent belgilar bilan belgilangan nukleotidlar yordamida o'rganilayotgan DNK molekulasining ikkinchi zanjirini yakunlaydi^[26].

Nanopor ketma-ketligi

Asosiy maqola: Nanopor ketma-ketligi
Usul o'tkazuvchan bo'lmagan membranadagi bitta nanopora orqali ion oqimini o'lchashga asoslangan. Nukleotidlarning bu teshikdan o'tishi bilan oqim pasayadi. Ion oqimining o'zgarishi vaqti va bu pasayishning kattaligi hozirgi vaqtda qaysi nukleotid teshik ichida bo'lishiga bog'liq^[27].