2-kurs 321-guruh talabasi Raxmatova Fayoza Mavzu: ngs(Next-Generation Sequencing) sekvenirlash

Ma'lumotlarga Asoslangan Yig'ilish

Xaritalash montajchilari ma'lumot genomiga qisqa o'qishlarni yig'ish uchun ma'lumot genomidan foydalanadi.Bu saraton genomlarini tadqiq qilishda individual odamdan ketma-ketliklarni yig'ish uchun foydalidir. Birinchi qadam kesilgan FASTQ fayllarini mos yozuvlar genomiga moslashtirishdir. Hizalama dasturi Boutie yoki Boutie2, ehtimol, eng taniqli tekislash dasturidir. 2009 yilda Langmead va boshqalar tomonidan tasvirlangan Burrous-g'ildirakli indekslash yondashuvidan foydalangan holda tez tezlik bilan maqbul ishlab chiqaradi. Yana bir mashhur dastur bva, shuningdek, 2009 yilda li va Durbin tomonidan tasvirlangan Burrous-Uiler indeksatsiya yondashuvidan foydalanadi. Bva yoki kamon ishlatilishi mumkin bo'lsa-da, ikkalasini tanlash odatda foydalanuvchi xohishiga bog'liq. Va nihoyat, Burrous-g'ildirakli indekslash yondashuvidan foydalanadigan yangi dastur mavjud: HISAT. Tez orada ushbu dastur 2015 yilda kim, Langmead va Salzberg tomonidan ta'riflanganidek, past xotiradan foydalanish va quyi oqimlarni tahlil qilish bosqichlari bilan interfeys qilish uchun o'rnatilgan funktsiyalari bilan yangi sevimliga aylanmoqda. Bu erda aytib o'tilgan barcha uchta hizalama dasturlari Galaxy-da ham mavjud! Odatda, ko'pchilik o'qishlar mos yozuvlar genomiga mukammal darajada mos keladi, ammo o'qish uzunligiga qarab nomuvofiqliklar soni bilan bir qator nomuvofiqliklar bilan bog'liq ko'plab o'qishlar bo'ladi.

Ushbu nomuvofiqliklar har doim ham xato emas - xatolarni bartaraf etish va sifat nazorati operatsiyalarini bajarish usullari mavjud. O'qish turli sabablarga ko'ra mos yozuvlar genomiga mos kelmasligi mumkin. Buning sabablaridan biri shunchaki ketma - ketlikdagi xato-bu erda ketma-ketlik paytida noto'g'ri baza chaqirilgan. Sekvensiya xatosining tezligi va turlari asosan ishlatilgan sekvensiya platformasiga bog'liq bo'lib, bir yoki bir nechta o'qishlarda mos yozuvlar genomidagi joyga moslashtirilganda xatolar borligi aniqlangan. Yana bir sabab heterozigotli Snplarning mavjudligi bo'lishi mumkin, ular ba'zi o'qishlar joyida mos keladigan ketma-ketliklardir, lekin boshqalarida emas. Bu SNP ning boshqa xromosomada emas, balki bitta xromosomada mavjudligi bilan bog'liq. Aksincha, gomozigota Snplarning mavjudligi ma'lum bir joyda ketma-ketliklarga to'liq mos kelmaydi, chunki ikkala xromosomada ham SNP mavjud. Ushbu nomuvofiqliklar shaxsda tabiiy ravishda mavjud bo'lgan SNP va variantlarni aks ettiradi. Texnik bilan bog'liq ba'zi xatolarga PCR kuchaytirish xatolari kiradi. PCR paytida o'qishlarga erta kiritilgan xatolar bitta xatodir, ammo jarayon davomida tarqalishda davom etadi va xatoning bir nechta nusxalarini ishlab chiqaradi. Bu variantlarni aniqlashda variantlarni chaqirish dasturlari uchun muammo tug'diradi (keyinroq muhokama qilinadi). Umuman olganda," chuqurroq " kutubxona tartiblangan bo'ladi, yana o'qiydi ishlab chiqarilgan bo'ladi va holati uchun katta qamrov bo'ladi. Bu mos kelmaslik variantlari yoki ular haqiqiy xatolar ekanligini aniqlashga yordam beradi. Masalan, agar heterozigotli SNP mavjud bo'lsa, u o'qishlarning taxminan 50% mos kelmasligini va o'qishlarning taxminan 50% ushbu joy uchun mos kelganligini ko'rsatadi. Xuddi shu kontseptsiya bilan homozigotli Snplar hizalama paytida ushbu SNP joylashgan joyda barcha o'qishlarning mos kelmasligini ko'rsatadi.