Базы и банки данных. Лекция №2

Miqdoriy proteomika

Miqdoriy proteomika - bu namunadagi oqsillar miqdorini aniqlash uchun analitik kimyo usuli.[1][2][3][4] Proteinni aniqlash usullari umumiy (ya'ni, sifatli) proteomikada qo'llaniladigan usullar bilan bir xil, ammo qo'shimcha o'lchov sifatida miqdoriy aniqlashni o'z ichiga oladi. Miqdoriy proteomika ma'lum bir namunada aniqlangan oqsillar ro'yxatini taqdim etish o'rniga, ikkita biologik namuna o'rtasidagi fiziologik farqlar haqida ma'lumot beradi.
Masalan, ushbu yondashuv sog'lom va kasal bemorlarning namunalarini solishtirish uchun ishlatilishi mumkin. Miqdoriy proteomika asosan ikki oʻlchovli gel elektroforezi (2-DE), preparativ bir oʻlchovli gel elektroforezi yoki mass-spektrometriya (MS) yordamida amalga oshiriladi. Biroq, yaqinda ishlab chiqilgan miqdoriy nuqta (QDB) tahlil usuli yuqori o'tkazuvchanlik formatida namunadagi alohida oqsillarning mutlaq va nisbiy miqdorini o'lchashga qodir, bu esa proteomik tadqiqotlar uchun yangi yo'nalish ochadi. Pastki oqim oqsilini identifikatsiyalash uchun MSni talab qiladigan 2-DE dan farqli o'laroq, MS texnologiyasi o'zgarishlarni aniqlashi va miqdorini aniqlashi mumkin.
Funktsional proteomika
Funktsional proteomika proteom miqyosida oqsillar yoki oqsil guruhlari va sinflarining biologik funktsiyasini yoritishga qaratilgan.
Bunga ferment faolligining tavsifi, shuningdek, oqsil/oqsil o'zaro ta'siri va oqsillardagi translatsiyadan keyingi o'zgarishlar kiradi. Texnologiyalarimiz va tajribamizni birlashtirib, biz hujayralarni davolash yoki atrof-muhit sharoitidagi o'zgarishlar natijasida signalizatsiya yo'llaridagi o'zgarishlarni xaritalashimiz mumkin.

ArrayBridge PEP platformasi proteom miqyosidagi funktsiyani tavsiflaydi.

Biz bir nechta BSG boyitish mahsulotini PEP platformamizga yuqori oqimda ishlatdik va ularning barchasi ko'proq ferment xususiyatlarini ishlab chiqarishga yordam beradi. Bu bizning ishimiz uchun muhim, chunki xususiyatlar konstitutsiyasi biomarkerni kashf etishga turtki bo'ladi."
Strukturaviy proteomika - oqsillar kimyosi va zamonaviy massa spektrometrik usullarini oqsil tuzilmalari va birikmalarining tavsifi va oqsil-oqsil o'zaro ta'sirini batafsil aniqlash kabi muammolarga qo'llash. Strukturaviy proteomikada qo'llaniladigan usullar orasida o'zaro bog'lanish, fotoaffinlik belgilari, cheklangan proteoliz, kimyoviy oqsillarni o'zgartirish va vodorod/deyteriy almashinuvi, keyin esa massa spektrometrik tahlil kiradi. Ushbu usullarning hech biri to'liq tizimli ma'lumotni bera olmaydi, biroq bu qo'shimcha yondashuvlarning "kombinatsiyasi" muhim biologik savollarga javob berish uchun etarli ma'lumotni taqdim etish uchun ishlatilishi mumkin. Strukturaviy proteomika, masalan, muhim dori maqsadlari bo'lishi mumkin bo'lgan oqsillar orasidagi interfeyslarning batafsil tuzilishini va oqsillar va ligandlar o'rtasidagi o'zaro ta'sirni aniqlashga yordam beradi.

Strukturaviy proteomika texnikasi

Биоинформатиканинг геномика соҳаси йўналишлари билан ўзаро боғлиқлиги

Structural Genomics
Pharmaco-Genomics
Functional Genomics
Proteomics
Genomics
Bioinformatics

Геномни секвенслаш (нуклеотид кетма-кетлигини аниқлаш)

Генларни ҳариталаш