Elektron mikroskopiya ma'lumotlar bazasida emdb

2.2. Elektron mikroskopiyadan olingan makromolekulyar tuzilmalar.
Elektron mikroskopiya ma'lumotlar bazasida (EMDB, http://emdatabank.org/ ) hozirda 700 ga yaqin yozuvlar mavjud bo'lib, ular asosan makromolekulyar va hujayrali tuzilmalarning uch o'lchovli elektron zichligi xaritalari (EDMs). Ushbu yozuvlarning taxminan 250 tasi uchun atom modeli, odatda, rentgen kristalli strukturasini o'rnatish orqali hisoblab chiqilgan (masalan,5b-rasm): bu atom-tafsilotli modellar PDBdagi bog'langan yozuvlarga saqlanishi mumkin, bu erda ular PDB yozuvlarining taxminan 0,4% ni tashkil qiladi.



5-rasm. RNK tuzilishini bir, ikki va uch o'lchovda vizualizatsiya qilish.

Ikki va uch o'lchovli tasvirlar bilan bir vaqtning o'zida bir nechta ketma-ketlikni moslashtirishni ko'rish ikki o'lchovli tuzilish va tushunish funktsiyasini belgilashda katta yordam beradi. Ushbu jarayon uchta ko'rinishdagi ranglarni sinxronlashtirish orqali yordam beradi. Ko'rsatilgan RNK tuzilishi SARS virusidan olingan va tasvir PyMOL bilan S2S Assemble yordamida yaratilgan .

Elektron mikroskopning strukturasini aniqlashning muhim afzalligi shundan iboratki, u katta, tartibli yig'ilishlardan spiral massivlar kabi izolyatsiyalangan komplekslar (yagona zarrachalar) va hujayralar kabi tartibsiz ob'ektlargacha bo'lgan keng turdagi namunalarni o'rganish uchun ishlatilishi mumkin. yoki subhujayra komponentlari. Yuqori o'lcham chegarasi asosan namunaning qalinligi (bir necha yuz nanometrgacha). X-nurlari va NMR tuzilmalari bilan solishtirganda, elektron mikroskopiya deyarli har doim past aniqlikda bo'ladi. Uch o'lchovli xaritalar tegishli zichlik chegara qiymatini tanlash orqali ko'riladi, odatda u to'g'ri molekulyar hajmni o'rab turgan va izosurfani ko'rsatadigan sirtni beradi (masalan, Chimera 16 bilan).). EMDB ikkita xaritani ko'rish vositasini taqdim etadi, ulardan OpenAstexViewer 18 ni tavsiya qilamiz, chunki u sirtlarni yaxshi ko'rsatadi va foydalanuvchiga chegara darajasini o'zgartirish imkonini beradi.
Transmissiya elektron mikroskopi tasvirlari proyeksiyalar bo'lib, uch o'lchamli strukturani aniqlash ob'ektning turli proektsiyalarini (ko'rinishlarini) yig'ish va birlashtirishni o'z ichiga oladi. Asosiy vazifa odatda qarashlar to'plamining nisbiy pozitsiyalari va yo'nalishlarini aniqlashdir. Kristallografiya yordamida aniqlangan kattaroq birikmalardagi komponentlarning atom tuzilmalari elektron mikroskop xaritasiga joylashtirilishi mumkin. Ko'pincha kristall panjara va eritmadagi struktura o'rtasida konformatsion o'zgarishlar bo'ladi. Moslashuvchan o'rnatish moslamadagi o'zgarishlarni, masalan, menteşelarning aylanishini hisobga olish imkonini beradi. Eng qulay holatlarda, makromolekulyar elektron mikroskop tuzilmalarining ruxsati taxminan 3 Å ga yetishi mumkin, ammo hujayra yoki to'qima bo'limlari uchun radiatsiya shikastlanishi ruxsatni >> 30-40 Å gacha cheklaydi.129 rentgen kristallografiyasidagi kabi asboblar bilan.
Biroq, rezolyutsiyani aniqlash va kristalli bo'lmagan namunalar uchun tekshirishda noaniqliklar mavjud. Agar elektron mikroskopiya strukturasining istalgan qismiga mos keladigan atom detalli tuzilmalar ma'lum bo'lsa, atom koordinatalarini xaritaga joylashtirish ishonchlilikning mustaqil sinovini ta'minlaydi. Ikkita zichlik xaritasini ularning oʻzaro bogʻliqligini maksimallashtirish orqali solishtirish mumkin (masalan, Chimera yordamida) va taqqoslash yarim shaffof va qattiq yoki simli toʻrli displeylar yordamida tasvirlanishi mumkin. Tomografik rekonstruksiya qilish va bo'limlarni uch o'lchovli rekonstruksiya qilish uchun odatda IMOD 109 ishlatiladi.