Elektron mikroskopiya ma'lumotlar bazasida emdb

Ligandlar bilan bog'lanish joylari
Makromolekulalar va kichik molekulalar o'rtasidagi o'zaro ta'sir ko'pincha ko'milgan faol joylarda sodir bo'ladi; Bular oqsil-oqsil o'zaro ta'sirini buzadigan yoki barqarorlashtiradigan katalitik faol joylar, allosterik joylar yoki saytlar bo'lishi mumkin. Hozirgi vaqtda PDB 10 000 ga yaqin turli xil ligand molekulalarini o'z ichiga olgan 37 000 dan ortiq bog'lanish joylarini o'z ichiga oladi. Yakuniy foydalanuvchi tomonidan berilgan savollarga qarab, ushbu saytlarni tavsiflash va vizualizatsiya qilish uchun bir qator usullar mavjud.
Annotatsiya va ta'kidlash. Bog'lanish joyidagi atomlarning o'zaro ta'siri haqida dastlabki ma'lumotga ega bo'lish uchun ligandlarni to'p va tayoq shaklida ko'rsatish va faqat oqsil yoki nuklein kislotaning asosiy atomlarini ko'rsatish foydali bo'ladi, to'g'ridan-to'g'ri aloqada bo'lgan qoldiqlar bundan mustasno. Kichik molekulalar bilan ishlashni qo'llab-quvvatlash uchun ko'plab molekulyar grafik vositalar ishlab chiqilgan (masalan, DS Visualizer, MOE, PMV 25 , PyMOL, STRAP 19 , Swiss-PdbViewer 20 , SYBYL, VMD 26 , WHAT IF 42 , Yasara;) Deyarli har bir kishi bunday ko'rinishlarni amalga oshirishi mumkin va skript yaratish qobiliyatiga ega bo'lganlar ko'pincha talabga binoan ushbu ko'rinishni qayta yaratish uchun dasturlashtirilishi mumkin.
Bundan tashqari, ko'pgina PDB yozuvlari yoki tegishli fayllar (masalan, UniProt) qaysi qoldiqlar bog'lash joyini tashkil etganini ko'rsatadigan izohlarga ega. Ushbu izohlarni to'g'ridan-to'g'ri uch o'lchovli tuzilmalarda ko'rsatish juda foydali bo'lishi mumkin va ko'plab molekulyar grafik vositalar bunday displeylarni (masalan, JenaLib, PDBsum, ProSAT2, SRS 3D 7 va RCSB PDB'dagi Ligand Explorer kabi ko'rsatishga imkon beradi).
Yuzaki yondashuvlar. Bog'lanish joylarining strukturaviy tafsilotlari dori vositalarini oqilona loyihalashda keng qo'llaniladi, odatda skrining uchun birikmalar sinflari uchun g'oyalarni yaratish uchun . Ma'lum bir bog'lanish joyiga qanday turdagi kichik molekulalar bog'lanishi mumkinligi haqidagi savol keng tarqalgan. Ko'pgina molekulyar grafik tomoshabinlar sirtni vodorod bog'lanish qobiliyati, hidrofobiklik yoki elektrostatiklik kabi mahalliy xususiyatlar bilan ranglash imkonini beradi, bu esa kimyoviy moddalarni qo'shimcha ravishda o'rganish imkonini beradi. Sirtning mahalliy egriligi sterikni to'ldiruvchi tarzda baholash uchun ham ishlatilishi mumkin.