Elektron mikroskopiya ma'lumotlar bazasida emdb

Sxematik tasvirlar. Taqdimotlar va bosma nashrlar uchun LIGPLOT, PoseView va Ligand: Proteinlar bilan oʻzaro taʼsir diagrammasi (MOE qismi) kabi vositalar tomonidan yaratilgan soddalashtirilgan sxematik rasmlardan foydalanib, bogʻlash joyidagi asosiy oʻzaro taʼsirlarni ajratib koʻrsatish foydali boʻlishi mumkin. Ushbu rasmlar tekislikda "tekislangan" ligand va o'zaro ta'sir qiluvchi oqsil yon zanjirlarini ko'rsatadi va tegishli vodorod aloqalarini, kovalent aloqalarni, bog'lanmagan kontaktlarni va suv vositachiligidagi vodorod aloqalarini ko'rsatadi. Turli komplekslarni solishtirish uchun LIGPLOT va MOE foydalanuvchiga bir xil yoki turli ligandlarni bog'laydigan tegishli oqsillar uchun bir qator chizmalarni yaratishga imkon beradi. Har bir uchastkaning ekvivalent komponentlari bir xil nisbiy joyda chiziladi, shuning uchun ba'zi tuzilmalarda mavjud bo'lgan, ammo boshqalarida etishmayotgan qoldiqlar va o'zaro ta'sirlarni ta'kidlaydi.
RNK tuzilmalari
4000 dan ortiq nuklein kislotalarning uch o'lchamli tuzilmalari Nuklein kislotalari ma'lumotlar bankida (NDB) saqlanadi, asosan RNK tuzilmalari eksperimental yoki ab initio bashorati bilan aniqlanadi. NDB shuningdek, PDB 1 bilan sinxronlashtiriladi va RNK tuzilmalari hozirda PDB yozuvlarining deyarli 8% ni tashkil qiladi. RNKning uch o'lchovli tuzilmalarini vizualizatsiya qilishning ko'plab standart jihatlari PyMOL va Swiss-PdbViewer kabi oqsillar uchun mo'ljallangan molekulyar grafik vositalar yordamida to'liq bajarilishi mumkin.
RNK molekulasining ikkilamchi tuzilishini bilish ko'pincha oqsilning ikkilamchi tuzilishiga qaraganda, uning funktsiyasi haqida sezilarli ma'lumot beradi. Ikkilamchi RNK strukturasi ketma-ketlikni bir nechta hizalamalardan yoki termodinamik bashoratlardan kelib chiqishi mumkin, ammo bu jarayon oqsillarni tekislash yoki tuzilmalarni vizualizatsiya qilish uchun ko'pgina vositalarda mavjud bo'lmagan maxsus xususiyatlar va imkoniyatlarni talab qiladi. Bir nechta ketma-ketlikni moslashtirish RNK ​​tadqiqotlarida ayniqsa muhimdir; Nukleotidlarning joylashuvi o'rtasidagi kovariatsiyalarni topish uchun hizalamalardan foydalanish mumkin, keyin ular ikkita nukleotid pozitsiyasi o'rtasidagi aloqa uchun dalil sifatida qabul qilinadi va bu kontaktlar o'z navbatida ikkilamchi tuzilmani belgilaydi.
Ushbu maxsus maqsadli talablar tufayli RNK hamjamiyati RNKning ikkilamchi tuzilishini ko'rish uchun o'zining maxsus vizualizatsiya vositalarini ishlab chiqdi. Ushbu RNK vositalarining ba'zilari (masalan, S2S Assemble) bir nechta ketma-ketliklarni, intramolekulyar kontaktlarni va RNKning uch o'lchovli tuzilmalarini interaktiv ravishda vizualizatsiya qilish uchun integratsiyalashgan muhitni ta'minlaydi. Eng foydali vositalar ikki o'lchovli kontaktlarni qo'lda tahrirlash imkoniyatini beradi, bu nafaqat elementlarning yo'nalishini o'zgartirishga, balki nukleotidlarni yoki butun elementni, masalan, spiralni o'chirish va qo'shish imkonini beradi.
Hozirgi vaqtda RNK vizualizatsiyasining ikkita asosiy muammosi quyidagilardan iborat: birinchidan, RNK ko'pincha eksperimental sharoitga qarab bir nechta tuzilmalarni qabul qiladi va mavjud vositalarning hech biri buni to'g'ri hal qila olmaydi. Ikkinchidan, RNK in vivo odatda oqsillar bilan kompleksda bo'ladi, ammo RNKga xos vositalar bunday komplekslarni hali boshqara olmaydi. RNK tadqiqotchilari bunday komplekslarni ko'rish uchun standart molekulyar grafik asboblardan foydalanishlari mumkin, ammo bu, albatta, RNKga xos xususiyatlar va imkoniyatlarni yo'qotish demakdir.