Elektron mikroskopiya ma'lumotlar bazasida emdb

Hajmga asoslangan yondashuvlar. Muqobil yondashuv - maqsadli molekula atrofidagi bo'shliqni tahlil qilish, kichik molekulalar bilan kuchli ta'sir o'tkazishi mumkin bo'lgan hududlarni ajratib ko'rsatish. Ba'zi asboblar (masalan, AutoLigand) ​​uglerod atomlari yoki kislorod atomlari kabi prob atomlarini butun fazoda skanerlash va problarning molekula bilan o'zaro ta'sir qilish energiyalarini baholash imkonini beradi. Olingan uch o'lchovli ma'lumotlar to'plami keyinchalik eng qulay o'zaro ta'sir sohalarini ko'rsatish uchun ko'rsatiladi. Yaqinda atom zondlari atomga yaqinlik xaritalarini yaratish uchun ishlatilgan. Bular izokonturlar, matnli kesish tekisliklari yoki hajmni ko'rsatish. Ko'pgina tadqiqotchilar hozirda ushbu hajmli ma'lumotlar to'plamlarini maksimal yaqinlikning ligand o'lchamli hududlarini aniqlash va vizualizatsiya qilish uchun tahlil qilmoqdalar.
Ketma-ket profilli yondashuvlar. Ligandni bog'lash joylarini aniqlashning yana bir yondashuvi uch o'lchovli tuzilmalarga ko'rsatilgan bir nechta ketma-ketlik hizalamalaridan foydalanadi . Ushbu yondashuv bog'lanish joyining qoldiqlari boshqa pozitsiyalarga qaraganda ko'proq saqlanib qolishini kuzatishga asoslanadi, shuning uchun u oqsil haqida kam ma'lumotga ega bo'lsa, ayniqsa foydali bo'lishi mumkin. Hatto yaxshi o'rganilgan oqsillar uchun ham, bu usullar ba'zida ilgari sezilmagan bog'lanish joylarini topadi. Bunday xizmatlarning ba'zi misollari TraceSuite, ETV va boshqalar.
Ko'p ligandlar. Uch o'lchovli struktura bitta holatning suratini beradi; ammo, ba'zi hollarda, bir xil oqsilning bir nechta turli tuzilmalari turli ligandlar bilan mavjud. Biz ushbu ma'lumotlardan tizimda mavjud bo'lgan konformatsiyalarni o'rganishga yordam berishimiz mumkin. Misol uchun, bunday taqqoslashlar barcha ma'lum bo'lgan bog'lovchi sheriklar uchun umumiy bo'lgan o'zaro ta'sirlarni ajratib ko'rsatishi mumkin, bu esa keyingi mumkin bo'lgan majburiy sheriklarni qidirishga yordam beradi. Bunday taqqoslash uchun superpozitsiya uchun turli atomlar to'plamini sinab ko'rish foydali bo'lishi mumkin - masalan, faqat ligand yoki bog'lanish joyida ishtirok etgan barcha atomlar. Ushbu superimpozitsiyalarning har biri konformatsion farqlarning turli tomonlarini ajratib ko'rsatishi mumkin.
Ko'pincha, docking vositalari (masalan, FlexX, AutoDock) yordamida olingan bir nechta ligandlar bilan tuzilmalarni solishtirish qiziqish uyg'otadi. Istiqbolli birikmalarni oldindan tanlash uchun kimyogarlar dori-darmonga o'xshash molekulalarning katta kutubxonalarini skanerlashi va oqsil nishonining bog'lanish joyiga "urilishlar" ni o'rnatishi mumkin . Keyinchalik, bog'lanishning taxminiy kuchini oshirish yo'llarini topish uchun docked tuzilmalarni vizual tekshirish mumkin. Ba'zi o'rnatish vositalari endi kirish tuzilmalarini tayyorlash va natijalarni tahlil qilish uchun grafik interfeyslarni (masalan, FlexV va AutoDockTools) taqdim etadi. Bu asboblar turli ligandlarning o'zaro ta'sir geometriyalarini bir xil oqsil bilan solishtirish imkonini beradi.
Bir nechta ligand tuzilmalarini solishtirish uchun ikkita foydali manba - Relibase va Superligands, ikkalasi ham PDBdagi barcha ligandlar haqida ma'lumotni o'z ichiga oladi va kimyoviy jihatdan to'g'ri atom va bog'lanish turlarini belgilashga alohida e'tibor beradi. Ikkala resurs ham identifikatorlar, shuningdek, kimyoviy quyi tuzilmalar va o'xshashlik qidiruvlari bo'yicha qidirish imkonini beradi; Relibase shuningdek, kalit so'zlarni qidirish va ketma-ketlik o'xshashligini qidirishni taklif qiladi. Tuzilmalar o'rnatilgan tomoshabinlarda ikki yoki uch o'lchamda ko'rsatilishi mumkin. Muayyan oqsilni o'rganayotganda, ayniqsa, shunga o'xshash komplekslarni qidirish foydalidir; Relibase shunga o'xshash oqsillarni tegishli ligandlari bilan sanab o'tadi, ular keyinchalik ustiga joylashtirilishi va o'rnatilgan OpenAstexViewer-da ko'rsatilishi mumkin. Relibase+ ning kengaytirilgan funksiyalari (bu pullik litsenziyani talab qiladi) o'rnatilgan tuzilmalardagi farqlarni tahlil qiladi (oqsillar harakati va ligandlarning o'zaro bog'liqligi).
PDBsum shuningdek, PDBda oqsilning turli strukturaviy modellarini qo'shish va har qanday "ligand klasterlarini" aniqlash orqali bir xil protein bilan bog'langan bir nechta ligandlarni vizualizatsiya qilishga yordam beradi; ya'ni turli tuzilmalardagi ligandlar bir-birining ustiga chiqadigan joylar.
Ko'p oqsillar va ligandlar. Berilgan maqsadga xos xususiyatlarni topish oqsil-ligand o'zaro ta'sirini o'rganishda boshqa murakkablik darajasini oshiradi. Selektivlikni aniqlaydigan xususiyatlarni aniqlash uchun maqsadli bog'lanish joyini o'xshash oqsillarning bog'lanish joylari bilan solishtirish foydali bo'ladi. Relibazning "o'xshash bog'lanish joyi" va "o'xshash ligand" qidiruvi o'xshash protein komplekslarini aniqlash va solishtirishga yordam beradi. Bu erda, yana, Relibase + taqqoslash jadvali, ayniqsa, oqsillarni bog'lash joylari - mutatsiyalar, qo'shimchalar va qoldiq harakatlaridagi farqlarni aniqlash uchun foydalidir. MOE bir nechta ligandlarga bog'langan bir nechta oqsillarni solishtirishga yordam beradigan shunga o'xshash vositani taqdim etadi.
Strukturaviy vizualizatsiya boshqa ma'lum protein tuzilmalari bilan maqsadli bog'lanish joyini solishtirish orqali ma'lum dorilarning nojo'ya ta'sirlarini va "yorliqdan tashqari" foydalanishni bashorat qilish uchun foydali bo'lishi mumkin . Ba'zi grafik vositalar buni qo'llab-quvvatlaydi: masalan, Relibase+ "o'xshash bo'shliqlar" ni qidirishni taklif qiladi, bu erda oqsillarni taqqoslash qoldiqlarga emas, balki fizik-kimyoviy xususiyatlarga asoslanadi, shuning uchun ketma-ketlik o'xshashligidan aniq bo'lmagan uzoq o'xshashliklarni topadi.
Strukturaviy vizualizatsiya ham ko'proq selektiv dorilarni ishlab chiqishda yordam berishi mumkin. Garchi istiqbolli bo'lsa-da, bunday yondashuvlar spekulyativ bo'lib qolmoqda va ularning muvaffaqiyati tubdan cheklangan bo'ladi, chunki PDB barcha bog'lovchi sayt geometriyalarining faqat kichik qismini o'z ichiga oladi. To'ldiruvchi yondashuv uch o'lchovli tuzilma mavjud bo'lmaganda ma'lum bo'lgan oqsil-dori ta'sirining ancha katta to'plamidan foydalanishdir. Masalan, STITCH keng ko'lamli eksperimental ma'lumotlar bazalari, jumladan PDB asosida ma'lum bir dori bilan o'zaro aloqada bo'lgan barcha oqsillarni o'z ichiga olgan tarmoqni ko'rsatish uchun ishlatilishi mumkin. Kelajakda biz bunday yondashuvlar takomillashtirilishini va PDB ma'lumotlarining tarmoq vizualizatsiya usullariga tobora ko'proq kiritilishini kutamiz.