Kirish I bob. Oqsil strukturalarini va uning modellari

II BOB. BIOINFORMATIK TAHLILLAR
2.1. Protein ketma-ketligini o‘z ichiga olgan qo‘shimcha bioinformatik tahlillar
Ushbu bobda oqsil tuzilishi va potensial funktsiyaning ba’zi jihatlarini tahlil qilish va bashorat qilish ko‘rib chiqiladi. Bobda turli xil spirallar, iplar, bobinlar va oqsil tuzilishining boshqa jihatlari muhokama qilinadi. Tuzilish prognozi chiqishi oqsil tuzilishining ushbu jihatlarini hisobga oladi. Ikkilamchi va uchinchi darajali tuzilmalarni bashorat qiluvchi bir qator onlayn vositalar keltirilgan. Tartibsiz oqsillarni tahlil qilish uchun onlayn vositalar ham muhokama qilinadi. Tartibsiz oqsillarni o‘rganish nisbatan yangi sohadir. Protein ketma-ketligiga asoslangan tahlilning yana bir jihati ko‘rib chiqiladi, bu proteinning allergen potentsialini bashorat qilishdir. Protein allergenligini tahlil qilish va bashorat qilish uchun ba’zi onlayn vositalar ham muhokama qilinadi.
Bobda filogenetik tahlil tamoyillari qisqacha ko‘rib chiqiladi. Filogenetik daraxt va uning turli qismlari tushuntiriladi. Filogenetik daraxtni qurish bosqichlari qisqacha ko‘rib chiqiladi. Ba’zi onlayn vositalar foydalanuvchilar o‘zlarining kerakli ketma-ketliklari to‘plamining filogenetik daraxtini qayta tiklash uchun foydalanishlari mumkinligi aytilgan. Filogenetik daraxt qurishning turli usullari, masalan, UPGMA, qo‘shni qo‘shilish va maksimal parsimonlik tasvirlangan. Nihoyat, bootstrapping orqali filogenetik daraxtning ishonchliligini baholash muhokama qilinadi.
Strukturani taqqoslash va tahlil qilish algoritmlari: oqsillarni gomologik modellashtirish
Protein tuzilishini bashorat qilish va tahlil qilish uchun bioinformatika vositalari
Proteomik tahlil uchun bir qator bioinformatika vositalari ExPASy serverida “Tegishli veb-saytlar” bo‘limida taqdim etilgan veb-saytda mavjud. Dasturiy ta’minot vositalari oqsillarni aniqlash va tavsiflash kabi funktsiyalarni o‘z ichiga oladi, masalan: bashorat qilingan izoelektrik nuqta, molekulyar og‘irlik, aminokislotalar tarkibi va bashorat qilingan massa. spektrlar va boshqalar (Gasteiger va boshq., 2003). Qo‘shimcha ravishda naqsh va profil qidiruvlari yordamida o‘xshashlik qidiruvi gomologik yoki strukturaviy o‘xshash protein tuzilmalarini aniqlash uchun ishlatilishi mumkin.
Akademik tadqiqotlar uchun bepul bo‘lgan homologik modellashtirish uchun ikkita mashhur dastur MODELLER (“Tegishli veb-saytlar bo‘limiga qarang”) va SWISS-MODEL (“Tegishli veb-saytlar bo‘limiga qarang”). Modeller dasturidan mustaqil dasturiy ta’minot sifatida foydalanish mumkin, SWISS-MODEL esa Internetga asoslangan to‘liq avtomatlashtirilgan homologik modellashtirish serveridir (Eswar va boshq., 2008; Webb va Sali, 2014). Gomologik modellashtirish maqsadli ketma-ketlikni SWISS-MODEL serverining kirish maydoniga kiritish orqali boshlanadi (Schwede va boshq., 2003). Tizim tomonidan taklif qilingan ro‘yxatdan shablonlarni tanlagandan so‘ng, gomologik modellashtirishning barcha keyingi bosqichlari avtomatik ravishda amalga oshiriladi. SWISS-MODEL-ga ExPASy veb-server orqali yoki DeepView (Shveytsariya PDB viewer) dasturi orqali kirish mumkin. Ushbu serverning maqsadi oqsil modelini butun dunyo bo‘ylab barcha biokimyogarlar va molekulyar biologlar uchun ochiq qilishdir. Shveytsariya PDB ko‘ruvchisi Shveytsariya PDB ko‘rish serveridan (“Tegishli veb-saytlar” bo‘limiga qarang) bepul yuklab olinishi va molekulyar tahlil va vizualizatsiya uchun ishlatilishi mumkin (Guex va Peitsch, 1997). Kirish sifatida dastur shablon tuzilmalari uchun PDB ma’lumotlar bazasidagi oqsil tuzilmalaridan koordinatali fayllardan foydalanadi. Keyin atom koordinatalari oqsilning ko‘rinishiga aylanadi. Protein tuzilishini gomologik modellashtirish va tishlash asosida bashorat qilish uchun ba’zi qo‘shimcha dasturiy vositalar 1-jadvalda keltirilgan (bu ro‘yxat to‘liq emas).
1-jadval.