Kirish I bob. Oqsil strukturalarini va uning modellari

Shablonga asoslangan modellashtirish (TBM) va bepul modellashtirish (FM) dasturiy vositalarining (ab initio modellash deb ham ataladi) baʼzi bir namunali namunalari keltirilgan.

Strukturaviy protein ma’lumotlar bazasiga kirish nuqtasi PDB veb-saytidir: “Tegishli veb-saytlar” bo‘limida taqdim etilgan veb-sayt. Qiziqarli protein tuzilishini qidirishni PDB bosh sahifasida 4 harfli PDB identifikatsiya kodini kiritish orqali boshlash mumkin (Sussman va boshq., 1998). Shu bilan bir qatorda, PDBni kalit so‘zlar yordamida qidirish mumkin. PDB va boshqa ko‘plab ma’lumotlar bazalariga qulay kirish NCBI (Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, “Tegishli veb-saytlar” bo‘limiga qarang) ning Entrez integratsiyalashgan qidiruv va qidirish tizimi tomonidan yoqilgan. Strukturaviy ma’lumotlar bazasidagi tuzilmalarni oqsil yoki organizm nomi kabi maxsus kalit so‘zlar yoki domenlar, burmalar, substratlar va boshqalar nomlari kabi boshqa identifikatsiya qiluvchi xususiyatlar yordamida qidirish orqali aniqlash mumkin (Baxevanis, 2006). Kalit so‘zlardan PDB ma’lumotlar sarlavhasidagi eng muhim sohalarda ma’lumot qidirish uchun foydalanish mumkin. NCBI orqali kirishning afzalligi BLAST (Asosiy Local Alignment Search Tool) kabi jamoat mulki vositalarining mavjudligi bo‘lib, u foydalanuvchiga tavsiflanmagan oqsillar ketma-ketligini butun ketma-ketlik ma’lumotlar bazasi bilan solishtirish imkonini beradi (Altschul va boshq., 1990, 1997).


2.2. Proteinli bioinformatik resurslar

Ketma-ketlik ma’lumotlarini olish va undan oqsillarning turli fizik-kimyoviy xususiyatlarini hisoblashda foydalanish uchun eng ko‘p foydalaniladigan saytlardan biri bu ExPASy (Expert Protein Analysis Software) veb-saytining ProtParam xususiyatidir (http://www.expasy.org/tools/protparam). ProtParam MW, nazariy pI, aminokislotalar tarkibi, atom tarkibi, so‘nish koeffitsienti, taxminiy yarim umr, beqarorlik indeksi, alifatik indeks va gidropatiklikning umumiy o‘rtacha qiymatini o‘z ichiga olgan ko‘plab oqsil parametrlarini hisoblab chiqadi (Gasteiger va boshq., 2005).

Buni ishlatish juda oddiy. ProtParam vositalariga o‘ting, Swiss-Prot/TrEMBL qo‘shilish raqamini (AC) yoki ketma-ketlik identifikatorini (ID) kiriting yoki siz o‘zingizning ketma-ketlikni qutiga qo‘yishingiz mumkin, “hisoblash parametrlari” degan tugmani bosing va natijalarni chop eting. .
DNASTAR (http://www.dnastar.com)orqali mavjud bo‘lgan bitta tijorat paketi Lasergene deb nomlangan, 8.0 versiyasida oqsillar ketma-ketligini tahlil qilish bo‘yicha “Protein” deb nomlangan bo‘lim mavjud. Bu ProtParamga o‘xshash ketma-ketlikni tahlil qilish imkonini beradi va qo‘shimcha ravishda antigenlik, sirt ehtimolini bashorat qiladi, proteolitik hazm qilish joylarini xaritalaydi va juda chiroyli grafik displeylarga ega.