Kirish I bob. Oqsil strukturalarini va uning modellari

4-rasm. NEBda chiziqli ketma-ketlik
Qiziqish genida mavjud bo‘lmagan cheklash joylari oldinga va teskari primerlarga kiritiladi. Maqsadli genlar ketma-ketligini kesmaydigan fermentlarni tanlash uchun «0 to‘sar» ni bosing. Quyidagi rasmda ko‘rsatilgandek uzun ro‘yxat ko‘rsatiladi (5-rasm).

5-rasm. Ferment va ularning o‘ziga xosligi
Keyin ikkita cheklovchi fermentni tanlang va DoubleDigest Kalkulyator yordamida ularning ikkilamchi hazmini bajaring (6-rasm).
• DoubleDigest Kalkulyatori mumkin bo‘lgan fermentativ reaktsiya buferini, fermentlar kontsentratsiyasini, inkubatsiya shartlarini va qo‘sh hazm qilish reaktsiyamiz uchun zarur bo‘lgan qo‘shimchalarni qulay tarzda hisoblab chiqadi.

6-rasm. Cheklovchi fermentlarni ikki marta hazm qilish
A chart of Reaction Conditions for Restriction Enzymes are displayed.


2.3. Expasy, Shveytsariya bioinformatika resurs portali, uning foydalanuvchilari tomonidan ishlab chiqilishi

SIB Shveytsariya bioinformatika instituti (https://www.sib.swiss) biologik ma’lumotlarni saqlash, tahlil qilish va sharhlash uchun ishonchli va zamonaviy bioinformatika xizmatlari va resurslari portfelini yaratadi, yuritadi va tarqatadi. Expasy (https://www.expasy.org) orqali Shveytsariya bioinformatika resurs portali, butun dunyo bo‘ylab ilmiy hamjamiyat hayot haqidagi fan va biotibbiyot tadqiqot sohalarining keng doirasini qo‘llab-quvvatlovchi 160 dan ortiq SIB resurslariga erkin kirish huquqiga ega. 2020-yilda Expasy foydalanuvchiga yo‘naltirilgan yondashuv orqali qayta ishlab chiqilgan bo‘lib, u foydalanuvchiga asoslangan dizayn (UCD) deb nomlanadi, uning maqsadi foydalanish uchun qulay, samarali va mo‘ljallangan jamoaga qaratilgan foydalanuvchi interfeyslarini yaratishdir. Marketing, elektron tijorat va mobil ilovalar dizayni kabi boshqa sohalarda keng qo‘llaniladigan ushbu yondashuv bioinformatikada hali ham deyarli o‘rganilmagan. Hammasi bo‘lib 50 ga yaqin kishi, jumladan, ichki manfaatdor tomonlar va oxirgi foydalanuvchilar faol ishtirok etdi. Foydalanuvchilarning ehtiyojlari va umidlariga javob beradigan optimallashtirilgan interfeysga qo‘shimcha ravishda Expasy-ning yangi versiyasi standartlashtirilgan ontologiyaga asoslangan yuqori sifatli resurslarning dolzarb va aniq tavsifini taqdim etadi, bu esa funktsional jihatdan bog‘liq resurslarni ulash imkonini beradi (7-rasm).

7-rasm.Expasy-ning foydalanuvchiga yo‘naltirilgan yondashuvi orqali qayta dizayni tasviri: jarayonga hissa qo‘shgan barcha elementlar (piktogrammalar) va yangi amalga oshirishning asosiy kuchli tomonlari.

Ma’lumotlar bazalari, dasturiy vositalar va onlayn xizmatlar ko‘pchilik hayotshunos olimlarning kundalik ishlarida muhim manbalardir. Ular ilmiy ma’lumotlarning uzoq muddatli saqlanishi va hayot haqidagi fanlarning takrorlanishi uchun kalit hisoblanadi. Onlayn bioinformatikadan foydalanish tarqalishi va diversifikatsiya qilinishi natijasida yagona kirish nuqtalarini taklif qiluvchi portallar yaratildi va keyinchalik tuzilgan kataloglar taklif qilindi. Ushbu landshaftda ExpPASy portali kashshof bo‘ldi. U 1993-yilda yaratilgan bo‘lib, asosiy e’tibor oqsillarni bilishga qaratilgan «Mutaxassis oqsillarni tahlil qilish tizimi» deb nomlanadi. Bu hayot haqidagi birinchi veb-sayt edi - va dunyodagi 150 ta birinchi veb-saytlar orasida. O‘tgan 27-yil ichida portal rivojlandi. U bir necha marta qayta ishlab chiqilgan va oxirgi versiyasi 2011-yilda, bioinformatika resurslari katalogi bo‘lgan “ExPASy SIB Bioinformatika Resurs Portali”ga aylanganda chiqarilgan. SIB Shveytsariya bioinformatika instituti 800 ga yaqin olimlarni Shveytsariya bioinformatika hamjamiyatini birlashtiradi.Shu nuqtai nazardan, yuzlab ilg‘or resurslar ishlab chiqilib, hayot haqidagi fanlar hamjamiyatiga taqdim etiladi. Ular orasida SIB resurslari deb ataladigan o‘n ikkita asosiy manbalar Institutdan maxsus yordam oladi va UniProtKB/Swiss-Prot (UniProt konsorsiumining bir qismi) kabi maxsus bilim bazalaridan iborat SIB Resurs portfelini tashkil qiladi. neXtProt, STRING va Bgee, SWISS-MODEL va SwissDrugDesign kabi onlayn vositalarga.

Ushbu maqolada biz Expasy-ning so‘nggi versiyasini va uning foydalanuvchiga yo‘naltirilgan dizayni (UCD) qoidalariga tayangan qayta loyihalash jarayonini tasvirlaymiz. UCD “Maqsadli auditoriya kim?” degan savolga javob beradigan User Research (UR) va “Foydalanuvchi ilova bilan qanday munosabatda boʻladi?” degan savolga javob beruvchi User Experience (UX) bilan birlashtiradi. Kompyuter sanoatidan kelib chiqqan holda, UCD fanda paydo bo‘ladi, chunki uning qiymati e’tirof etilgan. Expasy SIBning yuqori sifatli ilmiy resurslariga kirishni ta’minlash va ularning har biri bo‘yicha eng so‘nggi va aniq ma’lumotlarni taqdim etish uchun yanada samaraliroq va foydalanish uchun qulayroq qidiruv tizimi bilan takomillashtirildi. Bundan tashqari, dastlabki qidiruv ko‘lamini kengaytirish va SIB resurslarining xilma-xilligini o‘rganish uchun manba tavsiflarining tarmoqli tashkil etilishi amalga oshirildi. Portalning so‘nggi yangi jihati - bu sifatli ma’lumotni kafolatlash yo‘lidagi hal qiluvchi qadam sifatida Expasy kontentini yangilashda resurs provayderlarini jalb qilishdir.Ushbu yondashuv bilan, yangi versiya oldingi nashrlardan farqli o‘laroq, SIB guruhlari tomonidan yoki ular bilan hamkorlikda ishlab chiqilgan resurslarga alohida e’tibor beradi.