Kirish I bob. Oqsil strukturalarini va uning modellari

Umumiy ko‘rsatma
Expasy kengaytiriladigan va integratsiyalashgan portal bo‘lib, SIB guruhlari tomonidan ishlab chiqilgan 160 dan ortiq ma’lumotlar bazasi va dasturiy vositalarni o‘z ichiga oladi. U genomika, proteomika, tizimli biologiya, evolyutsiya, filogeniya, tizim biologiyasi va dorivor kimyoni qamrab olgan hayot fanlari va biotibbiyot tadqiqotlarining keng doirasini qamrab oladi. Expasy bioinformatikani kashf etishga qiziqqan yangi boshlanuvchilardan tortib, aniq biologik javoblarni izlayotgan ilg‘or olimlargacha bo‘lgan ko‘plab foydalanuvchilar uchun muhim vositadir. 2-jadvalda portalning odatiy foydalanuvchilarining uchta misoli (personallar deb ataladi, pastga qarang) va ulardan foydalanish holatlari ko‘rsatilgan. Hayotiy fanlar hamjamiyatiga foydaliligini hisobga olgan holda, Expasy 2020-yilda katta taʼmirdan oʻtkazildi. Yangi foydalanuvchi interfeysi foydalanuvchilar bilan ularning ehtiyojlari va umidlarini qondirish uchun olib borilgan chuqur ish natijasidir. Uning mazmuni resurs provayderlari hamjamiyatining har bir resursni to‘g‘ri va standartlashtirilgan tarzda tasvirlash bo‘yicha uzoq muddatli majburiyatidir.
8-rasmda yangi Expasy portalining bosh sahifasi, shu jumladan uning yangi logotipi ko‘rsatilgan. Qidiruv satriga to‘g‘ridan-to‘g‘ri har bir sahifaning yuqori qismidan kirish mumkin. Sahifaning chap tomonida filtr paneli taklif etiladi. U resurslarni filtrlash uchun belgilangan toifalarni aks ettiradi (quyida ta’rifga qarang). Barcha resurslar resurs nomi, qisqacha tavsifi, turi (ma’lumotlar bazasi va/yoki vosita) va toifalari ko‘rsatilgan kartalar sifatida keltirilgan.

8-rasm. Expasy bosh sahifasidagi elementlar: 1. Yuqoridagi yagona qidiruv paneli; 2. Chapdagi filtr paneli va 3. Sahifaning asosiy qismida kartalar sifatida berilgan va tasodifiy tartiblangan manbalar.


Qidiruv va natijalar sahifasi
Portal bir vaqtning o‘zida ikkita turdagi qidiruvni amalga oshirishga imkon beruvchi yagona qidiruv panelini taqdim etadi: «muntazam qidiruv» va «resurslararo qidiruv». Natijalar bitta sahifada birgalikda ko‘rsatiladi.
Doimiy qidiruv: resurslarni ko‘rib chiqish
Expasy foydalanuvchilarga manbalarni nom, kalit so‘z, toifa yoki tavsif bo‘yicha qidirish imkonini beradi. Agar foydalanuvchi, masalan, qidiruv satriga «virus» so‘zini yozsa, bu V-pipe, ViralZone, OpenFlu yoki COVID kabi virus bilan bog‘liq ma’lumotlar bazalari va dasturiy vositalar ro‘yxatiga olib keladi. Ushbu turdagi qidiruvni belgilash uchun maqolaning qolgan qismida «muntazam qidiruv» ga murojaat qilamiz. Resursga tegishli barcha ma’lumotlar relyatsion ma’lumotlar bazasida saqlanadi va Elastik qidiruv (https://www.elastic.co/elasticsearch/) yordamida so‘raladi, loyqa qidiruv yoki taxminiy satrga mos keladigan qidiruv yoqilgan. Resurslar ontologiyaga asoslangan atamalar orqali bir-biri bilan bog‘lanadi. Natijada ular uzluksiz bog‘langan resurslar tarmog‘ini tashkil qiladi.