Kurs ishi mavzu: Filogenetikaning asosiy tushunchalari

2.2. Filogenetik daraxt.
Filogenetik daraxt organizmlar oʻrtasidagi evolyutsion aloqalarni ifodalovchi diagrammadir. Filogenetik daraxtlar aniq faktlar emas, balki farazlardir. Filogenetik daraxtdagi shoxlanish qonuniyati turlar yoki boshqa guruhlarning umumiy ajdoddan qanday kelib chiqqanligini koʻrsatadi. Filogenetik daraxtdagi turlarning umumiy ajdodi qanchalik yaqin boʻlsa, ular shunchalik yaqin qarindosh, umumiy ajdodi qanchalik uzoq boʻlsa, ular shunchalik uzoq qarindosh boʻladi. Filogenetik daraxtlar ekvivalent boʻlgan bir necha usullarda tuzilishi mumkin. Daraxt shoxlarini shoxlanish joyidan oʻzgartirish undagi maʼlumotlarni oʻzgartirmaydi.
Odamlar narsalarni tartibga keltirish boʻyicha katta qobiliyatga ega. Faqat kiyim javoni yoki xonalarnigina emas (shaxsan oʻzim bu ikki narsa boʻyicha maqtana olmayman). Odamlar borliqdagi narsalarni guruhlarga jamlash va tartib bilan joylashni yoqtiradi. Qadimgi yunon faylasufi Aristoteldan boshlab insoniyat tomonidan Yer yuzidagi xilma-xil tirik jonzotlar tasniflab chiqilgan.
Eng soʻnggi qilingan tasniflarning katta qismi organizmlar orasidagi evolyutsion aloqalar, yaʼni ularning filogeniyasiga asoslangan. Bunday filogeniyaga asoslangan tasniflash tizimlarini tuzish tur yoki boshqa guruhlarning umumiy ajdoddan qanday qilib rivojlanib chiqqanligi haqidagi tushunchalarimizni aks ettiradi.
Ushbu maqolada organizmlar orasidagi evolyutsion aloqalarni ifodalovchi diagrammalar, yaʼni filogenetik daraxtlar bilan tanishib chiqamiz. Ulardan aynan nimani oʻrganish (yoki oʻrganib boʻlmasligi) mumkinligi haqida bilib olamiz. Bundan tashqari, organizmlarning qarindoshlik darajasi bu daraxtlarda qanday ifodalanishi haqida ham oʻrganamiz.
Filogenetik daraxtning tuzilishi
Filogenetik daraxtni tuzishda biz turlar yoki organizmlar boshqa guruhlarning umumiy ajdodidan qanday rivojlangani toʻgʻrisidagi eng soʻnggi gipotezalarimizga asoslanamiz. Ushbu gipotezalar bizni qiziqtirgan turlarning jismoniy belgilari yoki genlarining DNK ketma-ketliklari kabi toʻplagan maʼlumotlarimiz asosida yaratiladi. Siz bu haqda filogenetik daraxtlarni tuzish nomli maqolada yanada koʻproq maʼlumot bilib olishingiz mumkin.
Filogenetik daraxtda bizni qiziqtirgan turlar yoki guruhlar daraxt shoxlari uchida joylashadi. Misol uchun, quyidagi filogenetik daraxt beshta tur: A, B, C, D va E turlar orasidagi aloqalarni koʻrsatib, ular daraxt shoxlarining uchida joylashtirilgan.

Robert Bear va boshqalar, CC BY 4.0ʼga tegishli Taxonomy and phylogeny: Figure 2 (Taksonomiya va filogeniya: 2-rasm) nomli grafik material oʻzgartirib olindi.
Filogenetik daraxt shoxlarining qanday joylashgani bizning berilgan turlarning umumiy ajdoddan qanday kelib chiqqanligi haqidagi tushunchalarimizni ifodalaydi. Har bir shoxlanish nuqtasi (ichki tugun deb ham ataladi) divergensiya hodisasi yoki bitta ajdodning ikki yoki undan ortiq turlarga ajralishini koʻrsatadi.
Har bir shoxlanish nuqtasida ushbu shoxlar uchida joylashgan barcha turlarning eng soʻnggi umumiy ajdodi joylashgan. Misol uchun, A va B turlar ajralib chiqqan shoxlanish nuqtasida ushbu turlarning eng soʻnggi umumiy ajdodi keltirilgan. Daraxtning pastki qismi yoki ildizi tepasidagi birinchi shoxlanish nuqtasida barcha turlarning (A, B, C, D, E) umumiy ajdodi keltirilgan. 

Robert Bear va boshqalar, CC BY 4.0ʼga tegishli Taxonomy and phylogeny: Figure 2 (Taksonomiya va filogeniya: 2-rasm) nomli grafik material oʻzgartirib olindi.
Ushbu daraxtdagi har bir gorizontal chiziq hozir yashayotgan turga olib keluvchi ajdodlar qatorini anglatadi. Misol uchun, E turga olib keluvchi chiziq uning boshqa turlardan ajralib chiqqandan beri yashagan ajdodlarini anglatadi. Shu tartibda daraxt ildizi ushbu daraxtda keltirilgan barcha turlarning soʻnggi umumiy ajdodiga olib keluvchi organizmlar qatorini koʻrsatadi.