Kurs ishi mavzu: Filogenetikaning asosiy tushunchalari

Mikroevolyutsiya.
Filogenetik daraxtlarni tasvirlashda ham muammolar mavjud mikroevolyutsion hodisalar, masalan, ma'lum bir turdagi mushkrat yoki baliq populyatsiyasining daryo tarmoqlari orasida geografik tarqalishi, chunki yo'q turlari populyatsiyalar o'rtasida gen oqimining oldini olish uchun chegara. Shuning uchun umumiy filogenetik tarmoq ushbu holatlarni yaxshiroq tasvirlaydi.
Tarmoqlar sinflari.
Hisoblash maqsadida, tadqiqotlar ko'pincha ularning e'tiborini tarmoqlar sinflariga cheklaydi: ma'lum xususiyatlarga ega bo'lgan barcha tarmoqlarning kichik to'plamlari. Hisoblash soddaligi asosiy maqsad bo'lsa-da, ushbu sinflarning aksariyati biologik asosga ega. Hozirgi kunda matematik filogenetik adabiyotda qo'llaniladigan ba'zi taniqli sinflar daraxt daraxtlari tarmoqlari, daraxtga asoslangan tarmoqlar va level-k tarmoqlari.
Filogenetik tarmoqlarni hisoblash dasturi.
PhyloNet, ILS, HGT va boshqalarni hisobga olgan holda filogenetik tarmoqlarni yaratadigan Java-ga asoslangan dasturiy ta'minot to'plami.
Filogeniya dasturlari, ularning ba'zilari filogenetik tarmoqlarni hisoblab chiqadi
Filogenetik tarmoqni rekonstruktsiya qilish, baholash, vizuallashtirish va hk.
SplitsTree
Dendroskop
T-REX serverida tarmoq xulosasi
TCS-DNK ketma-ketliklaridan filogenetik tarmoqlar yoki statistik parsimonlik yordamida nukleotid masofalari.
NetTest-Filogenetik tarmoqlarning xarakteristikasi.
Phangorn- Filogenetik qayta qurish va tahlil.
Evolyutsion daraja.
Evolyutsion daraja - bu birlashgan turlar guruhi morfologik yoki fiziologik xususiyatlar, bu ajdodlar holatidan katta farqlarga ega bo'lgan boshqa bir guruhni vujudga keltirdi va shu sababli ajdodlar guruhining bir qismi hisoblanmaydi, shu bilan birga biz ularni bir xil parda ostida to'plashimiz mumkin bo'lgan o'xshashliklarga ega. Ajdodlar guruhi filogenetik jihatdan to'liq bo'lmaydi (ya'ni a hosil qilmaydi qoplama), shuning uchun a parafiletik takson.
Evolyutsion darajalarni to'liq anglash uchun avvalo yaxshiroq tushunish kerak Filogenetik"deb belgilanganYilda biologiya, bu evolyutsion shaxslar yoki guruhlar o'rtasidagi tarix va munosabatlar organizmlar (masalan, turlari, yoki populyatsiyalar). Ushbu munosabatlar orqali aniqlanadi filogenetik xulosa kuzatilganlarni baholash usullari merosxo'r kabi xususiyatlar DNK ketma-ketliklar yoki morfologiya ushbu xususiyatlarning evolyutsiyasi modeli ostida "
Eng ko'p keltirilgan misol sudralib yuruvchilar. 19-asrning boshlarida frantsuz tabiatshunosi Latreil birinchi bo'lib bo'linib ketdi tetrapodlar amfibiyalar, sudralib yuruvchilar, qushlar va sutemizuvchilarning to'rtta tanish sinfiga. Ushbu tizimda sudralib yuruvchilar membranali yoki qobiqli tuxum qo'yishi, terisi yopiq bo'lishi kabi xususiyatlar bilan ajralib turadi tarozi yoki qichqiriqlarva "sovuqqonmetabolizm. Biroq, sutemizuvchilar va qushlarning ajdodlari ham shunday xususiyatlarga ega edilar, shuning uchun qushlar va sutemizuvchilar "sudralib yuruvchilardan kelib chiqqan", deb aytish mumkin, shuning uchun sudralib yuruvchilar bu xususiyatlar bilan belgilanadigan bo'lsa, ularni qoplama emas. Yilda mikrobiologiya, shu tariqa o'zlarining evolyutsion darajadagi ota-onalar guruhidan chiqarib tashlangan deb hisoblanadigan taksonlar deyiladi niqoblangan taksonlar.
Parafiletik taksonlar ko'pincha, lekin har doim ham evolyutsiya darajalarini aks ettiradi. Ba'zi hollarda parafiletik taksonlar boshqa biron bir guruhga kirmasliklari bilan birlashtirilib, deb atalmish vujudga keladi. savat taksilari bo'lishi mumkin polifetetik.