Kurs ishi mavzu: Filogenetikaning asosiy tushunchalari

Filogenetik daraxtlarning ahamiyati.
Biologiya fanlari bo'ylab filogeniyalarning tobora ko'payib borayotganini hisobga olgan holda, endi biologiya talabalari daraxt diagrammalari nima bilan bog'liqligini (va yo'qligini) bilishlari juda muhimdir. “Daraxtda fikrlash” ko‘nikmalarini rivojlantirishning boshqa afzalliklari ham bor. Eng muhimi, daraxtlar biologik xilma-xillik haqidagi bilimlarni tashkil qilish uchun samarali tuzilmani ta'minlaydi va evolyutsiya tarixining to'g'ri, progressiv bo'lmagan kontseptsiyasini ishlab chiqishga imkon beradi. Shuning uchun barcha izlanayotgan biologlar uchun filogenetik daraxtlarni va ularning zamonaviy evolyutsiya nazariyasidagi o'rnini tushunish uchun zarur bo'lgan ko'nikma va bilimlarni rivojlantirish muhimdir.

8-rasm: Daraxtlar faqat tugunlar ildizdan bir xil yo'lda bo'lganda (ya'ni, bir tugun boshqasining avlodi bo'lsa) tugunlarning nisbiy vaqti haqida ma'lumotni o'z ichiga oladi.
Bu daraxtda x va y tugunlari bir yo'lda emas, shuning uchun biz x tugunidagi ajdod organizmlari y tugunidagilardan oldin yoki keyin yashaganligini ayta olmaymiz.
2.4. Filogenetik tarmoq va evolyutsion daraja.
Filogenetik tarmoq har qanday grafik evolyutsion munosabatlarni tasavvur qilish uchun ishlatiladi (ham) mavhum ravishda yoki aniq) o'rtasida nukleotidlar ketma-ketligi, genlar, xromosomalar, genomlar, yoki turlari. Kabi retikulyatsiya hodisalari yuz berganda ular ishlaydi duragaylash, gorizontal genlarning uzatilishi, rekombinatsiya, yoki genlarning takrorlanishi va yo'qotish bilan bog'liq deb hisoblashadi. Ular farq qiladi filogenetik daraxtlar boy bog'langan tarmoqlarni aniq modellashtirish yo'li bilan, faqat daraxt tugunlari o'rniga gibrid tugunlarni (ikkita ota-onali tugunlarni) qo'shish orqali (har birida faqat bitta ota-ona bo'lgan tugunlar iyerarxiyasi). Filogenetik daraxtlar ning bir qismidir filogenetik tarmoqlar. Filogenetik tarmoqlar haqida dasturiy ta'minot bilan xulosa chiqarish va ingl SplitsTree, R-to'plami, fangornva yaqinda, Dendroskop. Filogenetik tarmoqlarni namoyish qilishning standart formati bu variant Newick formati daraxtlar bilan bir qatorda qo'llab-quvvatlash tarmoqlari uchun kengaytirilgan.
Filogenetik tarmoqlarning ko'p turlari va subklasslari ular ko'rsatadigan biologik hodisa yoki qaysi ma'lumotlardan tuzilganligi asosida aniqlandi (hibridizatsiya tarmoqlari, odatda ildiz otgan daraxtlardan qurilgan, ikkilik ketma-ketlikdagi rekombinatsiya tarmoqlari, o'rtacha tarmoqlar to'plamidan bo'linishlar, a dan maqbul realizatsiya va retikulogrammalar masofa matritsasi) yoki hisoblash yo'li bilan olib boriladigan muammolarni (cheklangan daraxtlar va ularni umumlashtirish darajasi-k filogenetik tarmoqlar, daraxt bolasi yoki birodar filogenetik tarmoqlari) olish uchun cheklovlar.