Kurs ishi mavzu: Filogenetikaning asosiy tushunchalari

Filogenetik xulosalar leksikasi.
Filogenetik daraxtlarning ko'pchiligi ildizga ega, ya'ni bitta novda (odatda etiketlanmagan) daraxtga kiritilgan barcha turlarning umumiy ajdodiga to'g'ri keladi. Biroq, daraxtni har qanday yo'nalishda chizish mumkinligini unutmang. Masalan, 3-rasmda ildizi pastda va uchlari tepada joylashgan oddiy ildizli daraxt ko'rsatilgan.
Filogeniyaning "uchlari"dagi belgilar alohida organizmlarga, turlarga yoki turlar to'plamiga mos kelishi mumkin, chunki har bir uchi hayot daraxtida alohida novdani tashkil qiladi. Aslida, ma'lum kontekstlarda maslahatlar hatto individual genlarga mos kelishi mumkin. Qanday bo'lmasin, ushbu maslahatlar bilan ifodalangan narsalar uchun ba'zi umumiy atamalar "terminallar", "terminal taksonlar" yoki "taxa" ni o'z ichiga oladi; ko'proq matematik doiralarda ularni "barglar" deb ham atash mumkin. Maslahatlardan farqli o'laroq, daraxt ichidagi xulosa qilingan spetsifikatsiya hodisalariga mos keladigan shoxlanish nuqtalari tugunlar deb ataladi. Har bir tugun shu tugundan kelib chiqqan ikki naslning oxirgi umumiy ajdodini ifodalaydi. Ichki shoxlar yoki internodlar ikkita tugunni, tashqi shoxlar esa uchi va tugunni bog'laydi.

4-rasm.Filogenetik terminologiya. Ildiz - barcha boshqa turlar kelib chiqqan ajdodlar populyatsiyasi. Tugun ajdodlar populyatsiyasidan shoxlanish nuqtasini ifodalaydi. Terminallar har bir filialning eng yuqori qismida joylashgan bo'lib, ular ushbu filial tomonidan ifodalangan aholining taksonlari bilan belgilanadi.


Klad - bu ajdodlar avlodini va shu ajdodning barcha avlodlarini o'z ichiga olgan filogeniyaning bir qismi. Bu organizmlar guruhi monofiliya xususiyatiga ega (yunoncha "yagona urug'" degan ma'noni anglatadi), shuning uchun uni monofiletik guruh deb ham atash mumkin . Klad yoki monofiletik guruhni vizual tarzda aniqlash oson: bu shunchaki kattaroq daraxtning bir bo'lagi bo'lib, uni ildizdan bir kesma bilan kesish mumkin (4a-rasm). Shunga ko'ra, agar berilgan taksonlar to'plamini olish uchun daraxtni ikki joydan kesish kerak bo'lsa, u holda bu taksonlar monofil emas.
Clades - bu daraxtlarning tabiiy bo'laklari, chunki tarixning barcha a'zolari uchun umumiy bo'lgan va boshqa maslahatlarga ega bo'lmagan tarixning bir qismi (xususan, daraxtning qolgan qismiga novdani biriktiruvchi ichki novda) mavjud. Natijada, sinfga tegishli bo'lgan umumiy ajdod haqidagi bayonotlar har doim sinfdagi barcha maslahatlarga qo'llaniladi. Misol uchun, agar sizga sutemizuvchilarning akulalarga qaraganda kaltakesaklar bilan yaqinroq umumiy ajdodi borligi aytilsa va agar "sut emizuvchilar" turkumga tegishli bo'lsa, unda siz barcha sutemizuvchilar turlarining akulalarga qaraganda kaltakesaklar bilan yaqinroq umumiy ajdodi bo'lgan degan xulosaga kelishingiz mumkin.
Bu monofiletik bo'lmagan guruhlarga to'g'ri kelmaydi, buni an'anaviy (lekin noto'g'ri) "sudraluvchilar" tushunchasiga murojaat qilish orqali ko'rsatish mumkin, bu kaltakesaklar, ilonlar, timsohlar va toshbaqalarni o'z ichiga olgan, lekin qushlar emas. Chunki “sudraluvchilar” (shu ma’noda) monofiletik guruhga taalluqli emas, bu guruhdagi organizmlar haqida umumiy fikr bildirish qiyin. Bundan tashqari, tadqiqotchilar endi timsohlar kaltakesaklar, ilonlar yoki toshbaqalarga qaraganda qushlar bilan yaqinroq umumiy ajdodlari borligini bilishadi. Shunday qilib, "Reptilia" ning hozirgi tushunchalari odatda qushlarni ushbu guruhning a'zolari sifatida o'z ichiga oladi. Darhaqiqat, monofiletik bo'lmagan guruhlar bilan bog'liq bunday muammolar tufayli zamonaviy tasniflash tizimlari faqat monofiletik guruhlarga rasmiy nom berishga intiladi.