Microsoft Word 60 2012 Белясова doc
Download 5.01 Kb. Pdf ko'rish
|
belyasova molekulyarnaya biotexnologiya
денность. Это означает, что одна аминокислота может кодироваться
более чем одним триплетом нуклеотидов. С другой стороны, код не является двусмысленным: каждый кодон кодирует только одну ами- нокислоту. Такая закономерность выражается в том, что если известна последовательность нуклеотидов в ДНК, то с ее помощью легко уз- нать последовательность аминокислот в белке; наоборот, известную последовательность аминокислот нельзя однозначно перевести в нук- леотидную последовательность ДНК. Вырожденность генетического 26 кода, как правило, приводит к тому, что у кодонов, определяющих од- ну и ту же аминокислоту, реально распознаются только первые два нуклеотида, а третий может не иметь значения. Полипептид строится от N-конца (свободная аминогруппа) к С-концу (свободная карбоксильная группа). Сдвиг рамки считывания приводит к изменению последовательности аминокислот в пептидной молекуле. Для объяснения этого феномена Ф. Крик предложил гипо- тезу «качания» (от англ. wobble), которая впоследствии подтвердилась и в настоящее время называется правилом неоднозначного соответ- ствия. Согласно этому правилу, соответствие третьего нуклеотида в кодоне мРНК первому нуклеотиду в антикодоне тРНК является не- строгим, поскольку часто первое положение в антикодоне тРНК зани- мает минорный нуклеотид, содержащий в качестве азотистого осно- вания инозин. Инозин может образовывать водородные связи с ураци- лом, цитозином или аденином, находящимися в кодоне в третьем положении. Существование такого механизма позволяет клетке иметь меньше 61 разной тРНК, поскольку многие тРНК способны узнавать до 3 кодонов. Генетический код универсален. Это свойство кода состоит в том, что любая молекула мРНК при трансляции в клетке любого организма приведет к синтезу полипептида с одинаковой последовательностью аминокислот. Данное правило, однако, имеет исключения, которые касаются генетического кода ДНК митохондрий. Большей частью и здесь используется основной «генетический словарь», но, например, в митохондриях млекопитающих кодон UGA в мРНК «читается» как триптофан, и в пептид в соответствующее положение включается триптофан, в то время как в ядерной мРНК данный кодон служит стоп-кодоном (рис. 1.7) и на нем заканчивается процесс трансляции. Наоборот, в митохондриях млекопитающих триплеты нуклеотидов AGA и AGG прочитываются как сигналы терминации, а в ядре они кодируют аминокислоту аргинин. В митохондриях других организмов могут встречаться иные отклонения от универсального для ядерной ДНК генетического кода. Структура триплетов нуклеотидов коррелирует с химическими свойствами кодируемых ими аминокислот. Так, все кодоны с ури- дилатом во втором положении кодируют аминокислоты с гидро- фобной боковой цепью (фенилаланин, лейцин, изолейцин, валин, метионин). Если исключить терминирующие кодоны, то наличие аденилата во втором положении определяет полярную, или заря- женную боковую цепь (тирозин, гистидин, глютамин, аспарагин, 27 лизин, глютаминовая и аспарагиновая кислоты). К тому же кодоны для большинства гидрофобных аминокислот различаются только одним нуклеотидом (рис. 1.7). Аналогичная ситуация наблюдается и для кодонов серина и треонина (их боковые группы содержат гид- роксил) или аланина и глицина (имеют наименее сложно устроен- ные боковые группы). Таким образом, генетический код устроен так, что при замене нуклеотидов даже в первой или второй позиции некоторых кодонов в полипептид включается структурно род- ственная аминокислота, тем самым сводятся к минимуму наруше- ния во вторичной структуре белка. Расшифровка генетического кода осуществлена М. Ниренбергом и Х. Кораной в начале 60-х гг. прошлого столетия. В ходе первых экс- периментов в бесклеточную систему для синтеза белка, содержащую все необходимые компоненты, в качестве мРНК вносили искусствен- но синтезированные гомополинуклеотиды (полиуридилат, полицити- дилат и др.). Синтезированные в таких условиях полипептиды подвер- гали аминокислотному анализу. В результате было установлено, что на мРНК, представляющей собой poly(U) (т. е. UUUUUU…), синтези- руется полифенилаланин, на poly(С) – полипролин и т. д. Таким обра- зом, можно было заключить, что триплет нуклеотидов UUU кодирует аминокислоту фенилаланин, а триплет ССС – пролин. Окончательную расшифровку всех 64 кодонов удалось осуществить с использованием в бесклеточных системах трансляции синтетических полирибонуклео- тидов с известными повторяющимися последовательностями. Эти ре- гулярные сополимеры удалось получить благодаря комбинированию методов органического и ферментативного синтеза. 1.2. Репликация нуклеиновых кислот Основной функцией ДНК является ее способность к самоудвое- нию (репликации). Репликация – очень точный механизм, практиче- ски не допускающий ошибок. В самой ДНК (у некоторых вирусов – в РНК) закодирована информация о структуре ферментов, осуществ- ляющих удвоение нуклеиновых кислот, синтез новых нуклеотидов – строительной базы репликации, исправление ошибок репликации, а также репарацию повреждений ДНК, вызванных разными факторами. Наконец, сама структура ДНК, а именно наличие двух цепей в ее со- ставе, является условием, облегчающим процесс копирования, по- скольку в таком случае каждая из цепочек может выполнять роль матрицы при синтезе новых молекул ДНК. Подобное предположение 28 высказали Джеймс Уотсон и Фрэнсис Крик еще в 1953 г., и оно полу- чило экспериментальное подтверждение. Такой механизм копирования ДНК, когда каждая из цепей выполняет функцию шаблона, а вновь синтезированные молекулы являются гибридными (состоят из одной старой и одной новой цепей), называется полуконсервативным. Кроме полуконсервативной, были предложены еще две модели репликации – консервативная и дисперсивная. Особенности этих моделей репликации ДНК состоят в следующем. Согласно диспер- сивной модели, родительская спираль ДНК при удвоении разрывается на каждом полуобороте путем множественной фрагментации, а синтез новых цепей происходит на фрагментах (рис. 1.9). По консервативной модели раскручивания спирали ДНК не происходит вовсе, и она служит матрицей для двух новых цепей, в результате чего роди- тельская спираль целиком состоит из старого, а дочерняя – из нового материала. Доказательство реальности полуконсервативного меха- низма репликации ДНК предоставили М. Месельсон и Ф. Сталь в 1958 г. в экспериментах с ультрацентрифугированием меченой бактериальной ДНК. Рис. 1.9. Предполагаемые модели репликации дуплексной ДНК (сплошными линиями изображены исходные («тяжелые», содержащие 15 N) цепи ДНК, а прерывистыми линиями показаны полученные в результате репликации новые («легкие», содержащие 14 N) цепочки ДНК) 29 Суть этих экспериментов состояла в следующем. ДНК клеток E. coli метили радиоактивным изотопом 15 N, а затем давали осуще- ствиться одному раунду репликации ДНК, выращивая клетки в тече- ние примерно 50 мин на питательной среде, содержащей нормальный изотоп азота – 14 N. Выделенную из клеток ДНК подвергали ультра- центрифугированию в градиенте плотности хлористого цезия. При таком центрифугировании молекулы CsCl создают в пробирке гради- ент плотности, и молекулы других веществ распределяются в этом градиенте в соответствии со своей плотностью. ДНК клеток E. coli, выращенных на среде, содержащей 15 N, имеет плотность 1,724 г/см 3 , тогда как ДНК клеток, выращенных на обычной среде с изотопом 14 N, характеризуется плотностью 1,710 г/см 3 . Таким образом, смесь этих двух типов ДНК легко разделяется по плотности при центрифугиро- вании. Локализацию ДНК в пробирке с градиентом CsCl можно опре- делить по поглощению ультрафиолетовых лучей (ДНК поглощает из- лучение с длиной волны 260 нм). Таким образом, ДНК в пробирке вы- является в виде «полос»: «легкая» – у верхнего края пробирки, «тяжелая» – ближе ко дну. В данном эксперименте в пробирке с гра- диентом хлористого цезия образовалась всего одна, средняя по «тяже- сти» полоса, положение которой соответствовало гибридной ДНК, включающей оба изотопа азота – 15 N и 14 N. Это обстоятельство ис- ключало возможность реализации только одной модели репликации ДНК – консервативной. Для выбора между оставшимися двумя моде- лями репликации М. Месельсон и Ф. Сталь позволили бактериям, ДНК которых содержала оба изотопа, совершить еще одно деление на среде с 14 N. Затем их ДНК снова подвергли ультрацентрифугирова- нию. На этот раз в пробирке сформировались две полосы ДНК – «лег- кая» и «средняя по тяжести», что подтверждает справедливость полу- консервативного механизма репликации ДНК. Итак, все изученные к настоящему времени способы репликации нуклеиновых кислот сводятся к полуконсервативному механизму, со- гласно которому после каждого раунда репликации одна нить в каж- дой из двух дочерних молекул является родительской, т. е. консерва- тивной, а другая – синтезированной заново. Репликация одно- и двухцепочечных нуклеиновых кислот, пред- ставляющих геномы разных организмов, осуществляется с соблюдением определенных закономерностей при реализации разных механизмов, рассмотренных ниже. Общим для всех этих процессов является: 1) участие сложного комплекса ферментов, которые осуществля- ют репликацию; 30 2) наличие трех основных стадий процесса – инициации, элонга- Download 5.01 Kb. Do'stlaringiz bilan baham: |
Ma'lumotlar bazasi mualliflik huquqi bilan himoyalangan ©fayllar.org 2024
ma'muriyatiga murojaat qiling
ma'muriyatiga murojaat qiling