O’zbekiston respublikasi oliy va o’rta maxsus ta’lim vazirligi denov tadbirkorlik va pedagogika instituti biologiya fakulteti 3-bosqich talabasi Abdullayeva Dilshodaning Genetika va Genomika asoslari fanidan. Mustaqil ishi. Mavzu

Assambleyaga yaqinlashish. Assambleyani keng ma'noda ikkita yondashuvga bo'lish mumkin: de novo o'tmishda biron bir ketma-ketlikka o'xshash bo'lmagan genomlar uchun va yig'ilish paytida bir-biriga yaqin bo'lgan organizm mavjud bo'lgan ketma-ketlikni ishlatadigan taqqoslash assambleyasi. Qiyosiy majlisga nisbatan, de novo yig'ish hisoblash qiyin (Qattiq-qattiq), bu qisqa o'qiladigan NGS texnologiyalari uchun unchalik qulay emas. Ichida de novo montaj paradigmasi yig'ilish uchun ikkita asosiy strategiya, Evleriya yo'llari strategiyasi va bir-biriga mos kelish-kelishuv (OLC) strategiyalari mavjud. OLC strategiyalari oxir-oqibat NP-ning qiyin muammosi bo'lgan bir-biriga o'xshash grafik orqali Hamilton yo'lini yaratishga harakat qilmoqda. Eulerian yo'l strategiyalari hisoblash uchun ko'proq traktable, chunki ular DeBruijn grafigi orqali Eulerian yo'lini topishga harakat qilishadi.
Tugallangan genomlar har birini ifodalaydigan noaniqliklarsiz bitta qo'shni ketma-ketlikka ega deb ta'riflanadi replikon.
Genom izohi. Faqatgina DNK ketma-ketligi yig'ilishi qo'shimcha tahlillarsiz juda oz ahamiyatga ega. Genom izohi biologik ma'lumotni biriktirish jarayonidir ketma-ketliklarva uchta asosiy bosqichdan iborat:

1. 
   oqsillarni kodlamaydigan genomning qismlarini aniqlash
   
2. 
   elementlarini aniqlash genom, deb nomlangan jarayon genlarni bashorat qilish.
   
3. 
   biologik ma'lumotni ushbu elementlarga biriktirish.
   

Avtomatik izohlash vositalari ushbu amallarni bajarishga harakat qiladi silikonda, inson tajribasi va potentsial eksperimental tekshirishni o'z ichiga olgan qo'lda izohlashdan (a. a. kuratsiya) farqli o'laroq. Ideal holda, ushbu yondashuvlar bir xil izohda mavjud bo'lib, bir-birini to'ldiradi quvur liniyasi (shuningdek qarang quyida).
An'anaviy ravishda izohlashning asosiy darajasi foydalaniladi Portlash o'xshashliklarni topish uchun va keyin gomologlar asosida genomlarni izohlash uchun. Yaqinda annotatsiya platformasiga qo'shimcha ma'lumotlar qo'shildi. Qo'shimcha ma'lumotlar qo'lda izoh beruvchilarga bir xil izoh berilgan genlar o'rtasidagi kelishmovchiliklarni aniqlashtirishga imkon beradi. Ba'zi ma'lumotlar bazalarida genom izohlarini o'zlarining quyi tizimlari yondashuvi bilan ta'minlash uchun genom kontekst ma'lumotlari, o'xshashlik ballari, eksperimental ma'lumotlar va boshqa resurslarning integratsiyasidan foydalaniladi. Boshqa ma'lumotlar bazalari (masalan: Ansambl) o'zlarining avtomatlashtirilgan genom izohlash liniyasida har ikkala ma'lumot manbalariga va bir qator dasturiy vositalarga tayanishi kerak. Strukturaviy izoh birinchi navbatda, genomik elementlarni aniqlashdan iborat ORFlar va ularning lokalizatsiyasi yoki gen tuzilishi. Funktsional izoh biologik ma'lumotlarni genomik elementlarga biriktirishdan iborat. Genom loyihalari bilan bog'liq katta hajmdagi ma'lumotlarni takroriy takrorlash va samarali boshqarish zarurati shuni anglatadi hisoblash quvurlari genomikada muhim dasturlarga ega.
Funktsional genomika maydonidir molekulyar biologiya genomik loyihalar tomonidan ishlab chiqarilgan juda ko'p ma'lumotlardan foydalanishga urinishlar (masalan genomlarni tartiblashtirish bo'yicha loyihalar) tasvirlash gen (va oqsil) funktsiyalar va o'zaro ta'sirlar. Funktsional genomika gen kabi dinamik jihatlarga e'tibor beradi transkripsiya, tarjimava oqsil va oqsillarning o'zaro ta'sirikabi genomik ma'lumotlarning statik jihatlaridan farqli o'laroq DNK ketma-ketligi yoki inshootlar. Funktsional genomika genlar, RNK transkriptlari va oqsil moddalari darajasida DNKning faoliyati haqidagi savollarga javob berishga harakat qiladi. Funktsional genomika tadqiqotlarining asosiy xarakteristikasi ularning ushbu savollarga genomika bo'yicha yondoshishidir, odatda an'anaviy "genlar bo'yicha gen" ga emas, balki yuqori samaradorlik usullarini o'z ichiga oladi.
Genomikaning asosiy sohasi hali ham dolzarbdir ketma-ketlik turli xil organizmlarning genomlari, ammo to'liq genomlar haqidagi bilim maydon uchun imkoniyat yaratdi funktsional genomikaasosan naqshlari bilan bog'liq gen ekspressioni turli sharoitlarda. Bu erda eng muhim vositalar mikroarraylar va bioinformatika.