193-guruh talabasi Ibragimov Asadbekning Bioinformatika fanidan

NCBI C++ asboblar to'plami uchun qo'llanma. NCBI C++ asboblar to'plami bo'yicha keng qamrovli qo'llanma, jumladan, uning dizayn va ishlab chiqish asoslari, C++ kutubxonasi ma'lumotnomasi, dasturiy ta'minot misollari va demolari, tez-tez so'raladigan savollar va nashr yozuvlari. Qo'llanmani Internetda qidirish mumkin va uni PDF hujjatlar qatori sifatida yuklab olish mumkin.
Nukleotidlar bazasi-GenBank, RefSeq, Third Party Annotation (TPA) ma'lumotlar bazasi va PDB kabi bir nechta manbalardan olingan nukleotidlar ketma-ketligi to'plami. Nukleotidlar ma'lumotlar bazasini qidirish uning har bir komponenti ma'lumotlar bazasidan mavjud natijalarni beradi.
Insonda onlayn Mendel merosi (OMIM)- Inson genlari va genetik kasalliklar ma'lumotlar bazasi. NCBI joriy tarkibni qo'llab-quvvatlaydi va uni qidirish va boshqa NCBI ma'lumotlar bazalari bilan integratsiyalashuvini qo'llab-quvvatlashda davom etmoqda. Biroq, OMIM endi omim.org saytida yangi uyga ega va foydalanuvchilar to'liq rekord ko'rsatish uchun ushbu saytga yo'naltiriladi.
PopSet- Qiyosiy tadqiqotlar natijasida kelib chiqadigan tegishli DNK ketma-ketliklarining ma'lumotlar bazasi: filogenetik, populyatsiya, atrof-muhit va kamroq darajada mutatsion. Ma'lumotlar bazasidagi har bir yozuv DNK ketma-ketliklari to'plamidir. Masalan, populyatsiyalar to'plami organizm ichidagi genetik o'zgaruvchanlik haqida ma'lumot beradi, filogenetik to'plam esa bir nechta qarindosh organizmlardan olingan bitta genning ketma-ketligini va ularning uyg'unligini o'z ichiga olishi mumkin.
Protein ma'lumotlar bazasi- GenPept, RefSeq, Swiss-Prot, PIR, PRF va PDB kabi turli manbalardan olingan protein ketma-ketligi yozuvlarini o'z ichiga olgan ma'lumotlar bazasi.
FTP: BLAST ma'lumotlar bazalari- Mustaqil BLAST dasturlari bilan foydalanish uchun ma'lumotlar bazalarini ketma-ket joylashtiring. Ushbu katalogdagi fayllar BLAST bilan foydalanishga tayyor bo'lgan oldindan formatlangan ma'lumotlar bazalaridir.
FTP: CDD- Ushbu sayt CDD uchun to'liq ma'lumotlar yozuvlarini, shuningdek, alohida Position Specific Scoring Matritsalari (PSSM), mFASTA ketma-ketliklari va har bir saqlangan domen uchun izoh ma'lumotlarini taqdim etadi. To'liq ma'lumot uchun README fayliga qarang.
FTP: ClinVar ma'lumotlari-Ushbu sayt XML formatida to'liq ma'lumotlarni olish va VCF formatida yig'ma ma'lumotlarni taqdim etadi. U ClinVar , MedGen va GTR da qo'llaniladigan standart atamalar haqida ma'lumotga ega fayllarni o'z ichiga oladi .
FTP: FASTA BLAST ma'lumotlar bazalari-Mustaqil BLAST dasturlari bilan foydalanish uchun ma'lumotlar bazalarini FASTA formatida ketma-ket joylashtiring. Ushbu ma'lumotlar bazalarini BLAST bilan ishlatishdan oldin formatdb yordamida formatlash kerak.
FTP: GenBank-Ushbu sayt standart tekis fayl formatida GenBankdagi barcha ketma-ketlik yozuvlari uchun fayllarni o'z ichiga oladi. Fayllar GenBank bo'limi tomonidan tashkil etilgan va to'liq tarkib README.genbank faylida tasvirlangan.
FTP: Gen- Ushbu saytda uchta katalog mavjud: DATA, GeneRIF va asboblar. DATA katalogi Gen yozuvlari uchun ASN.1 ma'lumotlarini o'z ichiga olgan kichik kataloglar bilan birga GeneID-larga bog'langan barcha ma'lumotlar ro'yxatini o'z ichiga oladi. GeneRIF (Gen References into Function) katalogida bitta gen funksiyasini yoki ikki gen mahsulotlari o‘rtasidagi o‘zaro ta’sirni tavsiflovchi maqolalar uchun PubMed identifikatorlari mavjud. Gen ma'lumotlarini manipulyatsiya qilish uchun dasturlarning namunalari asboblar katalogida keltirilgan.
FTP: genom-Ushbu sayt genom ketma-ketligi va Entrez Genomidagi organizmlar uchun xaritalash ma'lumotlarini o'z ichiga oladi. Ma'lumotlar alohida turlar yoki turlar guruhlari uchun ma'lumotnomalarda tuzilgan. Xaritalash ma'lumotlari MapView katalogida to'planadi va turlar bo'yicha tartibga solinadi.
FTP: NCBI taksonomiyasi- Ushbu sayt taksonomiya identifikatorlari bilan nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligi yozuvlarini bog'laydigan fayllar bilan birga to'liq taksonomiya ma'lumotlar bazasini o'z ichiga oladi. Qo'shimcha ma'lumot uchun taxdump_readme.txt va gi_taxid.readme fayllariga qarang.
FTP: PubChem- Ushbu sayt ftp orqali yuklab olish uchun PubChem Substance, Compound va Bioassay ma'lumotlar bazalaridan ma'lumotlarni taqdim etadi. Ma'lumotlar bazalarining to'liq yuklab olishlari Substance va Compound uchun kunlik, haftalik va oylik yangilanishlar bilan birga mavjud. Substansiya va Murakkab ma'lumotlar ASN.1, SDF va XML formatlarida taqdim etiladi.
FTP: RefSeq- Ushbu sayt Referent Sequence (RefSeq) to'plamidagi barcha nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligi yozuvlarini o'z ichiga oladi. ""Release"" katalogi to'liq to'plamning eng so'nggi nashrini o'z ichiga oladi, shu bilan birga tanlangan organizmlar (odam, sichqon va kalamush kabi) ma'lumotlari alohida kataloglarda mavjud. Ma'lumotlar FASTA va tekis fayl formatlarida mavjud.
FTP: ketma-ket o'qish arxivi (SRA) yuklab olish vositasi- Ushbu sayt taqdim etilgan ketma-ketlik loyihasi tomonidan tashkil etilgan keyingi avlod ketma-ketlik ma'lumotlarini o'z ichiga oladi.
FTP: sayt- NCBI ma'lumotlar bazalari, asboblari va yordamchi dasturlari uchun FTP yuklab olish sayti.

Xulosa.
1. Nuklein kislotalari ketma-ketligini saqlaydigan va ommaga taqdim etadigan uchta asosiy ma‘lumotlar bazasi mavjud: GenBank, NCBI, EMBL, DDBJ. GenBank AQShda joylashgan bo‘lib, NCBI portali orqali malaka oshiruvchilar foydalanishi mumkin.
2. NCBI―Biotexnologik Ma‘lumotlar Milliy Markazi‖ National Center
Biotechnology Information, 1988 yilda AQSH da tashkil etilgan, Milliy tibbiyot
kutubxonasining filiali sifatida- National Library of Medicine asosida yuzaga
kelgan.
3. NCBI ma'lumotlar bazasida molekulyar ma'lumotlarga ega bo'lgan 160 000 dan ortiq organizmlarning nomlari va filogenetik nasllarini o'z ichiga oladi.
4. NCBI ning Remap vositasi foydalanuvchilarga annotatsiya ma'lumotlarini loyihalash va xususiyatlarning joylashuvini bir genomik yig'ilishdan boshqasiga yoki bazaviy tahlil orqali baza orqali RefSeqGene ketma-ketligiga aylantirish imkonini beradi.
5. NCBI Hisoblash Biologiyasi Filialining (CBB) tuzilma guruhi tomonidan ishlab chiqilgan manbalarga kirish va havolalarni ta'minlaydigan markazlashtirilgan sahifa. Ushbu manbalar makromolekulyar tuzilmalarni, saqlanib qolgan domenlarni va oqsillar tasnifini, kichik molekulalar va ularning biologik faolligini, biologik yo'llar va tizimlarni o'rganishda yordam beradigan ma'lumotlar bazalari va vositalarini o'z ichiga oladi.
6. NCBIning asosiy maqsadi sog‘lom va kasal organizmda o‘tadigan molekulyar va genetik jarayonlarni keng tushunish uchun yangi informatsion texnologiyalarni ishlab chiqarishdan iborat.