193-guruh talabasi Ibragimov Asadbekning Bioinformatika fanidan

2.3. NCBI – molekulalarni modellashtirish bo’yicha ma’lumotlar bazalari.
NCBI yangiliklari. Yangi va yangilangan resurslar va NCBI tadqiqot va ishlanma loyihalari haqida ma'lumot beradi. Yangiliklar saytida xizmatlar, resurs funksiyalari va vositalarini yorituvchi maqolalar, shuningdek, foydalanuvchi hamjamiyatini qiziqtirgan asosiy maʼlumotlar toʻplami va xizmatlarga oid muhim eʼlonlarni tavsiflovchi tez-tez eʼlonlar mavjud. NCBIning ijtimoiy media saytlariga havolalar va mavjud RSS tasmalar ro'yxati va elektron pochta ro'yxatlari taqdim etiladi.
NCBI asboblar to'plami. NCBI tomonidan molekulyar biologiya uchun portativ, modulli dasturiy ta'minot ishlab chiqarish uchun foydalaniladigan dasturiy ta'minot va ma'lumotlar almashinuvi spetsifikatsiyalari to'plami. Asboblar to'plamidagi dasturiy ta'minot, birinchi navbatda, Xalqaro Standartlar Tashkiloti (ISO) ma'lumotlarini taqdim etish formati bo'lgan Abstract Syntax Notation 1 (ASN.1) formatidagi yozuvlarni o'qish uchun mo'ljallangan.
Ma'lumotlar bazalari.
Assambleya. Yig'ilgan genomlarning tuzilishi, yig'ilish nomlari va boshqa meta-ma'lumotlar, statistik hisobotlar va genomik ketma-ketlik ma'lumotlariga havolalar haqida ma'lumot beruvchi ma'lumotlar bazasi.
Bioto'plamlar. Madaniyat kollektsiyalari, muzeylar, gerbariyalar va boshqa tabiiy tarix kolleksiyalari uchun tanlangan metamaʼlumotlar toʻplami. Yozuvlarda yig'ish kodlari, to'plamlarning uy muassasalari haqidagi ma'lumotlar va NCBIdagi tegishli ma'lumotlarga havolalar ko'rsatilgan.
BioProject (sobiq Genom loyihasi). Genomika, funktsional genomika va genetika tadqiqotlari to'plami va ularning ma'lumotlar to'plamiga havolalar. Ushbu resurs loyiha doirasi, materiali va maqsadlarini tavsiflaydi va mos kelmaydigan izohlar, bir nechta mustaqil taqdimotlar va ko'pincha turli ma'lumotlar bazalarida saqlanadigan turli xil ma'lumotlar turlarining xilma-xilligi tufayli topish qiyin bo'lgan ma'lumotlar to'plamini olish mexanizmini taqdim etadi.
Bionamuna.BioSample ma'lumotlar bazasi eksperimental tahlillarda ishlatiladigan biologik manba materiallarining tavsiflarini o'z ichiga oladi.
Kitob javoni. To'g'ridan-to'g'ri yoki boshqa NCBI ma'lumotlar bazalaridagi bog'langan ma'lumotlardan qidirish mumkin bo'lgan biotibbiyot kitoblari to'plami. To'plam biotibbiyot darsliklarini, boshqa ilmiy nomlarni, GeneReviews kabi genetik resurslarni va NCBI yordam qo'llanmalarini o'z ichiga oladi.
ClinVar. Inson o'zgarishi va kuzatilgan salomatlik holati o'rtasidagi hisobot munosabatlarining ommaviy, kuzatilgan rekordini tasdiqlovchi dalillar bilan ta'minlash uchun resurs. NIH Genetic Testing Registry (GTR) , MedGen , Gene , OMIM , PubMed va boshqa manbalardagi tegishli maʼlumotlarga yozuvlardagi giperhavolalar orqali kirish mumkin.
ClinicalTrials.gov. Butun dunyo bo'ylab o'tkazilgan inson ishtirokchilarining davlat va xususiy tomonidan qo'llab-quvvatlanadigan klinik tadqiqotlari reestri va natijalari ma'lumotlar bazasi.
NCBI tuzilmasi guruhidan hisoblash manbalari. NCBI Hisoblash Biologiyasi Filialining (CBB) tuzilma guruhi tomonidan ishlab chiqilgan manbalarga kirish va havolalarni ta'minlaydigan markazlashtirilgan sahifa. Ushbu manbalar makromolekulyar tuzilmalarni, saqlanib qolgan domenlarni va oqsillar tasnifini, kichik molekulalar va ularning biologik faolligini, biologik yo'llar va tizimlarni o'rganishda yordam beradigan ma'lumotlar bazalari va vositalarini o'z ichiga oladi.
Konsensus CDS (CCDS). Doimiy izohlangan va yuqori sifatli inson va sichqoncha oqsillarini kodlash mintaqalarining asosiy to'plamini aniqlash bo'yicha hamkorlikdagi harakat.
Saqlangan domen ma'lumotlar bazasi (CDD). Molekulyar evolyutsiyada saqlanib qolgan oqsil domenlarini ifodalovchi ketma-ketliklarni tekislash va profillar to'plami. Shuningdek, u MMDB ma'lumotlar bazasida ma'lum 3 o'lchovli oqsil tuzilmalariga domenlarni moslashtirishni o'z ichiga oladi.
Genomik strukturaviy o'zgarishlar ma'lumotlar bazasi (dbVar). dbVar ma'lumotlar bazasi keng ko'lamli genomik o'zgarishlar, jumladan, katta kiritishlar, o'chirishlar, translokatsiyalar va inversiyalar bilan bog'liq ma'lumotlarni arxivlash uchun ishlab chiqilgan. Variantlarni arxivlashdan tashqari, dbVar fenotip ma'lumotlari bilan aniqlangan variantlarning assotsiatsiyasini ham saqlaydi.
Genotiplar va fenotiplar ma'lumotlar bazasi (dbGaP) Genotip va fenotipning o'zaro ta'sirini o'rganadigan tadqiqotlar tavsifi va natijalari uchun arxiv va tarqatish markazi. Ushbu tadqiqotlar genom bo'ylab assotsiatsiya (GWAS), tibbiy takrorlash, molekulyar diagnostika tahlillari, shuningdek, genotip va klinik bo'lmagan belgilar o'rtasidagi bog'lanishni o'z ichiga oladi.
Qisqa genetik o'zgarishlar ma'lumotlar bazasi (dbSNP). Yagona nukleotid o'zgarishlari, mikrosatellitlar va kichik o'lchamdagi kiritish va o'chirishni o'z ichiga oladi. dbSNP populyatsiyaga xos chastota va genotip ma'lumotlarini, eksperimental sharoitlarni, molekulyar kontekstni va neytral o'zgarishlar va klinik mutatsiyalar uchun xaritalash ma'lumotlarini o'z ichiga oladi.
NIH genetik ketma-ketlik ma'lumotlar bazasi, barcha ochiq DNK ketma-ketliklarining izohli to'plami. GenBank Yaponiya DNK ma'lumotlar banki (DDBJ), Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi (EMBL) va NCBIdagi GenBankni o'z ichiga olgan Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi hamkorligining bir qismidir. Ushbu uchta tashkilot har kuni ma'lumot almashadi. GenBank bir nechta bo'limlardan iborat bo'lib, ularning aksariyatiga Nukleotidlar bazasi orqali kirish mumkin. Istisnolar EST va GSS bo'linmalari bo'lib, ularga mos ravishda Nukleotid EST va Nukleotid GSS ma'lumotlar bazalari orqali kirish mumkin.
Gene Expression Omnibus (GEO) ma'lumotlar bazasi. MIAME-ga mos keladigan ma'lumotlarni taqdim etishni qo'llab-quvvatlaydigan ommaviy funktsional genomik ma'lumotlar ombori. Massiv va ketma-ketlikka asoslangan ma'lumotlar qabul qilinadi va foydalanuvchilarga eksperimentlar va tanlangan gen ifodasi profillarini so'rash va yuklab olishda yordam beradigan vositalar taqdim etiladi.
GeneReviews. Mutaxassislar tomonidan yozilgan, NCBI Bookshelfdagi o'zaro ko'rib chiqilgan kasalliklar tavsiflari to'plami, ularda genetik testlar o'ziga xos irsiy sharoitlari bo'lgan bemorlar va oilalarning tashxisi, boshqaruvi va genetik maslahati uchun qo'llaniladi.
Glikanlar. Glikoinformatika va glikobiologiya bilan bog'liq manbalarga kirish va havolalarni ta'minlaydigan markazlashtirilgan sahifa.
NCBI ma'lumotlar bazalaridagi jurnallar. NCBI ma'lumotlar bazasi yozuvlarida havola qilingan jurnallar, shu jumladan PubMed tezislari haqida ma'lumot beruvchi NLM Catalog ma'lumotlar bazasi to'plami. Ushbu kichik to'plamni jurnal nomi, MEDLINE yoki ISO qisqartmasi, ISSN yoki NLM Katalog identifikatori yordamida qidirish mumkin.
MeSH ma'lumotlar bazasi. MeSH (Tibbiy mavzular sarlavhalari) - MEDLINE/PubMed uchun maqolalarni indekslash uchun AQSh Milliy Tibbiyot kutubxonasining boshqariladigan lug'ati. MeSH terminologiyasi bir xil tushunchalar uchun turli terminologiyadan foydalanishi mumkin bo'lgan ma'lumotlarni olishning izchil usulini ta'minlaydi.
MedGen. Tibbiy genetika haqidagi ma'lumotlar portali. MedGen bir nechta manbalardan atamalar ro'yxatini o'z ichiga oladi va ularni kontseptsiya guruhlari va ierarxiyalariga ajratadi. Shuningdek, havolalar NIH Genetic Testing Registry (GTR) , ClinVar , Gene , OMIM , PubMed va boshqa manbalarda ushbu tushunchalar bilan bog'liq ma'lumotlarga taqdim etiladi .