193-guruh talabasi Ibragimov Asadbekning Bioinformatika fanidan

II bob. Asosiy qism
2.1. Zamonaviy bioinformatik ma’lumotlar bazalari.
Biologik ma‘lumotlar bazasi - bu tizimda saqlanadigan ma‘lumotlarning tarkibiy qismlarini yangilash, so‘rash va yuklab olish uchun mo‘ljallangan, kompyuterlashtirilgan dasturiy ta‘minot bilan bog‘langan jarayon hisoblanadi. Oddiy ma‘lumotlar bazasi har xil ma‘lumot to‘plamini o‘z ichiga olgan bitta fayl bo‘lishi mumkin.
Biologik ma ’lumotlar bazalarining turlari. Ularning tarkibiga qarab biologik ma‘lumotlar bazalarini taxminan ikki toifaga bo‘lish mumkin:
1. Birlamchi ma‘lumotlar bazalari: Birlamchi ma‘lumotlar bazalari arxivlashgan ma‘lumotlar bazasi deb ham ataladi. Ular nukleotidlar ketmaketligi, oqsillar ketma-ketligi yoki makromolekulyar tuzilish kabi eksperimental ravishda olingan ma‘lumotlar kabilar bilan to‘ldirilgan. Eksperimental tadqiqot natijalari tadqiqotchilar tomonidan to‘g‘ridan-to‘g‘ri ma‘lumotlar bazasiga topshiriladi va bu ma‘lumotlar arxivlanib boradi. Ma‘lumotlar quyidagi bazalarga taqdim etiladi:

• 
  EMBL, GenBank NCBI va DDBJ-nukleotidlar ketma-ketligi,
  
• 
  Array Express Archive va GEO-funktsional genomik ma‘lumotlar,
  
• 
  Protein ma‘lumotlari banki -PDB; uch o‘lchovli makromolekulyar tuzilmalar koordinatalari.
  

2. Ikkilamchi ma‘lumotlar bazalari: Ikkilamchi ma‘lumotlar bazalari dastlabki ma‘lumotlarni tahlil qilish natijasida olingan ma‘lumotlarni o‘zichiga oladi. Ikkilamchi ma‘lumotlar bazalari ko‘pincha ko‘plab manbalardan olingan ma‘lumotlarga, shu jumladan boshqa ma‘lumotlar bazalariga boshlang‘ich va ikkinchi darajali ma‘lumotlar bazalariga asoslanadi.
Ushbu bazalarga quyidagilar misol bo‘ladi:

• 
  InterPro- oqsil oilalari, motivlari va domenlari,
  
• 
  UniProt ma‘lumotlar bazasi- oqsillar to‘g‘risidagi ketma-ketlik va funktsional ma‘lumotlar,
  

• 
  Ensembl-genlar o‘zgaruvchanligi, funktsiyasi, boshqarish funksiyalari to‘g‘risidagi ma‘lumotlar.
  

Bundan tashqari ko‘pgina ma‘lumotlar manbalari ham birlamchi, ham ikkilamchi xususiyatlarga ega. Masalan, UniProt peptidlarni sekvenirlash tajribalarida olingan birlamchi ketma-ketlikni qabul qiladi. Shu bilan birga, UniProt peptidlar ketma-ketligini genom ma‘lumotidan TrEMBL va SwissProt ma‘lumotlar bazasidan oladi va tahlil qiladi. Tarmoqlarda maxsus ma‘lumotlar bazalari ham mavjud bo‘lib, ular ma‘lum tadqiqotlarga qiziqish uyg‘otadi. Masalan, Flybase, OIVning ketmaketliklari ma‘lumotlar bazasi va ribosomal ma‘lumotlar bazasi loyihasi ma‘lum bir organizmda yoki ma‘lum bir turdagi ma‘lumotlarga ixtisoslashgan ma‘lumotlar bazalari hisoblanadi. Ma’lumotlar bazalarining ahamiyati ilm fanning rivojlanishidagi o‘rni juda ham muhim.

• 
  Ma‘lumotlar bazalari ma‘lumotlar ombori vazifasini bajaradi.
  
• 
  Ma‘lumotlar bazasi ma‘lumotlarni saqlash va boshqarish uchun turli xil qidirish mezonlari orqali ma‘lumotni osongina olish va foydalanish imkonini beradi.
  
• 
  Ikkilamchi ma‘lumotlar bazalari so‘nggi o‘n yil ichida biologiya sohalarining ma‘lumotlar kutubxonasiga aylandi va tadqiqotchilar tomonidan o‘rganilgan har qanday gen yoki gen mahsuloti to‘g‘risida juda ko‘p ma‘lumot olish imkonini beradi.
  
• 
  Ko‘plab foydalanuvchilarning bir xil ma‘lumotlarda ishonchlilik darajasini oshirish va murakkab muammolar yechimini topishga yordam beradi.
  
• 
  Ma‘lumotlarni indekslash, identifikatsiyalashga imkon beradi.
  
• 
  Xilma-xil ma‘lumotlarning ko‘payishini oldini olishga yordam beradi.
  

Biologiya sohasi tobora ma‘lumotlarga boy fanga aylanib borgan sari, katta ma‘lumotlar to‘plamlarini saqlash va ular bilan aloqa qilish zarurati tug‘iladi. Aniq misollarga - bu nukleotidlarning ketma-ketligi, oqsillar ketma-ketligi va rentgen kristallografiyasi, makromolekulyar NMR markazi tomonidan ishlab chiqarilgan oqsillarning 3D tarkibiy va tuzilish ma‘lumotlarini o‘z ichiga oladi. Nukleotidlar ketma-ketligidan tashkil topgan bunday ma‘lumotlar bazalari nuklein kislotalari ketma-ketligining bazalari deb nomlanadi.Nuklein kislotalari ketma-ketligini saqlaydigan va ommaga taqdim etadigan uchta asosiy ma‘lumotlar bazasi mavjud: GenBank, NCBI, EMBL, DDBJ. Ular nukleotidlarning ketma-ketlik bazalari deb nomlanadi, chunki ular barcha nuklein kislotalari ketma-ketligining omboridir. Nukleotid ma‘lumotlar bazasi GenBank, RefSeq, TPA va PDB kabi bir nechta bazalar to‘plamidir. Genom, gen va transkripsiya ketma-ketligi ma‘lumotlari biotibbiy tadqiqotlar va kashfiyot uchun asos bo‘lib xizmat qiladi.