193-guruh talabasi Ibragimov Asadbekning Bioinformatika fanidan

Mavzuning vazifalari: Nuklein kislotalari ketma-ketligini saqlaydigan va ommaga taqdim etadigan uchta asosiy ma‘lumotlar bazasi mavjud: GenBank, NCBI, EMBL, DDBJ. Ular nukleotidlarning ketma-ketlik bazalari deb nomlanadi, chunki ular barcha nuklein kislotalari ketma-ketligining omboridir. Nukleotid ma‘lumotlar bazasi GenBank, RefSeq, TPA va PDB kabi bir nechta bazalar to‘plamidir. Genom, gen va transkripsiya ketma-ketligi ma‘lumotlari biotibbiy tadqiqotlar va kashfiyot uchun asos bo‘lib xizmat qiladi.
GenBank AQShda joylashgan bo‘lib, NCBI portali orqali malaka oshiruvchilar foydalanishi mumkin.


I-bob. Adabiyotlar taxlili.
Biologiya sohasi tobora ma‘lumotlarga boy fanga aylanib borgan sari, katta ma‘lumotlar to‘plamlarini saqlash va ular bilan aloqa qilish zarurati tug‘iladi. Aniq misollarga - bu nukleotidlarning ketma-ketligi, oqsillar ketma-ketligi va rentgen kristallografiyasi, makromolekulyar NMR markazi tomonidan ishlab chiqarilgan oqsillarning 3D tarkibiy va tuzilish ma‘lumotlarini o‘z ichiga oladi. Nukleotidlar ketma-ketligidan tashkil topgan bunday ma‘lumotlar bazalari nuklein kislotalari ketma-ketligining bazalari deb nomlanadi.
Nuklein kislotalari ketma-ketligini saqlaydigan va ommaga taqdim etadigan uchta asosiy ma‘lumotlar bazasi mavjud: GenBank, NCBI, EMBL, DDBJ. Ular nukleotidlarning ketma-ketlik bazalari deb nomlanadi, chunki ular barcha nuklein kislotalari ketma-ketligining omboridir. Nukleotid ma‘lumotlar bazasi GenBank, RefSeq, TPA va PDB kabi bir nechta bazalar to‘plamidir.
Genom, gen va transkripsiya ketma-ketligi ma‘lumotlari biotibbiy tadqiqotlar va kashfiyot uchun asos bo‘lib xizmat qiladi.
GenBank AQShda joylashgan bo‘lib, NCBI portali orqali malaka oshiruvchilar foydalanishi mumkin. EMBL -Yevropa molekulyar biologiya laboratoriyasi Buyuk Britaniyada va DDJB -Yaponiyaning DNK ma‘lumotlar bazasi, Yaponiyada joylashgan. Uchalasi ham nukleotidlar ketma-ketliklarini qabul qilishadi, so‘ngra ular orasidagi optimal sinxronizatsiyaga erishish uchun har kuni yangi va yangilangan ma‘lumotlarni almashadilar. Ushbu uchta ma‘lumotlar bazasi asl ketma-ketlik ma‘lumotiga ega bo‘lganligi uchun birlamchi ma‘lumotlar bazasiga birikadi -INSDC va ular Sequence Read Archive -SRA bilan hamkorlik qiladi, u yuqori o‘tkazuvchanlikdagi ketmaketliklaridan olingan ma‘lumotlarni arxivlaydi. GenBankning ketma-ket ma‘lumotlar bazasi ochiq foydalanish, barcha ommaga ma‘lum bo‘lgan nukleotidlarning izohli to‘plami va ularning proteinli tarjimalaridan iborat.
Ushbu ma‘lumotlar bazasi nukleotidlarning ketma-ketligi bo‘yicha xalqaro ma‘lumotlar bazasi -INSDC bilan hamkorlik qilish doirasida Milliy biotexnologiya ma‘lumotlari markazi -NCBI tomonidan ishlab chiqiladi va saqlanadi. Dunyo bo‘ylab laboratoriyalarda 100000 dan ortiq alohida organizmlardan ishlab chiqariladigan ketma-ketliklarni jamlaydi. GenBank biologik sohalarda tadqiqotlar olib borish uchun muhim ma‘lumotlar bazasiga aylandi va so‘nggi 18 yilda har ikki oyda ikki baravar ko‘payib, geometrik progressiv o‘sdi. NCBI Bookshelfning bir qismi, Coffee Break so'nggi biotibbiyot kashfiyotlar haqidagi hisobotlarni NCBI vositalaridan foydalanish bilan birlashtiradi. Har bir hisobot tadqiqot jarayonining bir qismi sifatida NCBI bioinformatika vositalaridan qanday foydalanilishini ko'rsatadigan interaktiv qo'llanmalarni o'z ichiga oladi.
NCBI ning Entrez qidiruv xizmatidan 3 o'lchovli tuzilmalarni ko'rish uchun mustaqil dastur. Cn3D Windows, Macintosh va UNIX tizimlarida ishlaydi va uni eng mashhur veb-brauzerlardan ma'lumotlarni qabul qilish uchun sozlash mumkin. Cn3D bir vaqtning o'zida tuzilma, ketma-ketlik va hizalanishni ko'rsatadi va kuchli izoh va hizalanishni tahrirlash xususiyatlariga ega.