193-guruh talabasi Ibragimov Asadbekning Bioinformatika fanidan

Omniome ma’lumotlar bazasi: Omniome ma‘lumotlar bazasi TIGR Genomik tadqiqotlar instituti tomonidan qo‘llab-quvvatlanadigan keng qamrovli mikrobial manbadir. U nafaqat har bir genom uchun o‘rganib chiqilgan ketmaketligi va izohiga ega, balki organizmlar, taksonlar DNK molekulalarining tuzilishi, tarkibi va DNK ketma-ketligidan bashorat qilingan boshqa protein tarkibi atributlari to‘g‘risidagi ma‘lumotlarga egadir. Ushbu ma‘lumotlar bazasiko‘p genomli izlanishlar va tahlillar ishlarini osonlashtiradi, masalan, turli xil genomlardagi oqsillar va genlarning joylashish holatini taqqoslash ishlarida qo‘llaniladi.
FlyBase ma ’lumotlar bazasi: Konsorsium D. Melanogaster meva pashshasi misolida va uning barcha genomini yuqori to‘liqlik va sifatga ko‘ra ajratib beradi.
ACEDB: Bu nafaqat ketma-ketlikni, balki genetik xaritalar, shuningdek, C. Elegans nematoda qurti haqidagi fenotipik ma‘lumotlarning ham omboridir.

2.1.1-rasm.Ma’lumot bazalari
2.2. NCBI - Genotika Milliy Biotexnologiya Markazi haqida ma’lumot.
NCBI―Biotexnologik Ma‘lumotlar Milliy Markazi‖ National Center Biotechnology Information, 1988 yilda AQSH da tashkil etilgan, Milliy tibbiyot kutubxonasining filiali sifatida- National Library of Medicine asosida yuzaga kelgan.
U AQShning Vifezda, Merilend shtatidagi Sog‘liqni Saqlash Milliy Institutida joylashgan. NCBIning asosiy maqsadi sog‘lom va kasal organizmda o‘tadigan molekulyar va genetik jarayonlarni keng tushunish uchun yangi informatsion texnologiyalarni ishlab chiqarishdan iborat. Maxsus maqsadlariga:biologik ma‘lumotlarni saqlash va tahlil qilish uchun avtomatlashtirilgan tizimlarni ishlab chiqish, ma‘lumotlarni mashinali qayta ishlash yuqori texnologiyalarini rivojlantirish, foydalanuvchilarga bazalar ma‘lumotiga va dasturiy ta‘minotga kirishini osonlashtirish, butun jahon bo‘yicha biotexnologik ma‘lumotlarni yig‘ish ishlarini olib borishdan iborat. Shuning uchun NCBI Genbank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) tarmog‘iga xizmat ko‘rsatadi. GenBank - bu nuklein kislotalar genetik ketma-ketligining ma‘lumotlar bazasi, asosan NCBI tomonidan boshqariladi, barcha ommaga ma‘lum bo‘lgan DNK ketma- ketliklarining sharhlangan to‘plamidir (Nuklein
kislotalar tadqiqotlari, 2013 yil yanvar; 41 (D1): D3642). GenBank Yaponiyaning DNK ma‘lumotbazasi (DDBJ), Yevropadagi nukleotidlar arxivi
(ENA) va NCBI-da GenBankni o‘z ichiga olgan Xalqaro nukleotidlar ketmaketligi ma‘lumotlar bazasi bilan hamkorlikning bir qismidir.
NCBI bazasi quyidagi xizmat ko‘rsatish resurslarini taqdim etadi:
- Mahalliy ketma-ketliklarni qidiruv vositasi (BLAST)
- BioProject (ilgari inson Genomi loyihasi)
- BioSistemalar
- BLAST (yakka tartibda)
- Konservativ domenlar ma‘lumotlar bazasi (CDD)
- Bazada Saqlanadigan domenlarni qidirish xizmati (CD qidirish)
- Genomik tarkibiy o‘zgarishlarning ma‘lumotlar bazasi (dbVar)
- Genotiplar va fenotiplar to‘g‘risidagi ma‘lumotlar bazasi (dbGaP)
- Single nukleotid Polimorphism Ma‘lumotlar Bazasi (dbSNP)
- FTP: FASTA BLAST ma‘lumotlar bazasi
- FTP: Genom xaritasi ma‘lumotlari
- GenBank
- Genom BLAST
- Primer-BLAST
- PubMed
- Taksonomiya umumiy daraxti
- Vektorni tahrirlash vositasi (VAST)



2.2.1-rasm.NCBI ma ’lumotlar bazasining asosiy oynasi.
NCBI ma'lumotlar bazasida molekulyar ma'lumotlarga ega bo'lgan 160 000 dan ortiq organizmlarning nomlari va filogenetik nasllarini o'z ichiga oladi. Taksonomiya ma'lumotlar bazasiga yangi taksonlar qo'shiladi, chunki ular uchun ma'lumotlar saqlanadi.
Uchinchi tomon izohlari (TPA) ma'lumotlar bazasi. GenBankdagi mavjud asosiy ketma-ketlik ma'lumotlaridan tuzilgan ketma-ketliklarni o'z ichiga olgan ma'lumotlar bazasi. Ketma-ketliklar va tegishli izohlar eksperimental ravishda qo'llab-quvvatlanadi va ko'rib chiqiladigan ilmiy jurnalda nashr etilgan. TPA yozuvlari Nukleotidlar bazasi orqali olinadi.
Track arxivi. DNK ketma-ketligi xromatogrammalari (izlari), asosiy qo'ng'iroqlar va turli xil keng ko'lamli ketma-ketlik loyihalaridan bir martalik o'qishlar uchun sifat baholari ombori.
NCBI ma'lumotlarining texnik xususiyatlari. ASN.1 yoki DTD formatidagi NCBI maʼlumotlari uchun spetsifikatsiyalar Index of data_specs sahifasida mavjud. "NCBI_data_conversion.html" konversiya vositasiga havola qiladi.
Milliy tibbiyot kutubxonasi (NLM) DTDlari. Jurnal maqolalarini mualliflik qilish va arxivlash, shuningdek jurnal maqolalarini nashriyotlardan arxivga va arxivlar o'rtasida o'tkazish uchun teglar to'plami. To'rtta teglar to'plami mavjud: Arxivlash va almashish teglar to'plami - arxivga mavjud bosma va teglangan jurnal materiallarining ko'plab tarkibiy va semantik komponentlarini iloji boricha qulay tarzda yozib olish uchun yaratilgan; Jurnal nashriyot yorliqlari to'plami - ularning mazmunini tartibga solish va nazorat qilishni xohlaydigan arxivlar uchun optimallashtirilgan, ular biron bir nashriyot tomonidan taqdim etilgan ketma-ketlik va tartibni qabul qilmaydi; Maqola mualliflik teglari to'plami - yangi jurnal maqolalarini yaratish uchun mo'ljallangan; NCBI Book Tag Set - NCBI onlayn kutubxonalari uchun jildlarni tavsiflash uchun maxsus yozilgan.
Genomni qayta xaritalash xizmati. NCBI ning Remap vositasi foydalanuvchilarga annotatsiya ma'lumotlarini loyihalash va xususiyatlarning joylashuvini bir genomik yig'ilishdan boshqasiga yoki bazaviy tahlil orqali baza orqali RefSeqGene ketma-ketligiga aylantirish imkonini beradi. Remappingning qat'iyligini sozlash uchun variantlar taqdim etiladi va xulosalar veb-sahifada ko'rsatiladi. To'liq natijalarni NCBI's Genome Workbench grafik ko'rish dasturida ko'rish uchun yuklab olish mumkin va qayta ko'rsatilgan xususiyatlar uchun izoh ma'lumotlari, shuningdek, xulosa ma'lumotlarini yuklab olish mumkin
Genom ish stoli. Ketma-ket ma'lumotlarni ko'rish va tahlil qilish uchun integratsiyalangan dastur. Genome Workbench yordamida siz NCBI-da ommaviy mavjud ketma-ketlik ma'lumotlar bazalarida ma'lumotlarni ko'rishingiz va bu ma'lumotlarni o'zingizning ma'lumotlaringiz bilan aralashtirishingiz mumkin.
LinkOut. Uchinchi tomonlarga PubMed va boshqa Entrez ma'lumotlar bazasi yozuvlaridan Entrez tizimidan tashqarida tegishli veb-sahifalarga kirish mumkin bo'lgan manbalarga to'g'ridan-to'g'ri ulanish imkonini beruvchi xizmat. LinkOut resurslariga misol sifatida toʻliq matnli nashrlar, biologik maʼlumotlar bazalari, isteʼmolchilar salomatligi haqidagi maʼlumotlar va tadqiqot vositalari kiradi.
Xaritani ko'ruvchi. Bir nechta organizmlar uchun xaritalar va yig'ilgan ketma-ketliklarni ko'rishning maxsus imkoniyatlarini taqdim etadi. Siz organizmning toʻliq genomini koʻrishingiz va qidirishingiz, xaritalarni koʻrsatishingiz va qiziqish mintaqasi boʻyicha ketma-ketlik maʼlumotlarigacha borgan sari kattaroq darajadagi tafsilotlarni kattalashtirishingiz mumkin.
Bir nechta ketma-ketlikni moslashtirishni ko'rish vositasi. Foydalanuvchilarga ma'lumotlar bazasi qidiruv natijalari yoki boshqa dasturiy ta'minot ilovalari tomonidan yaratilgan bir nechta hizalanishlarni ko'rish imkonini beruvchi interaktiv veb-ilova. MSA Viewer foydalanuvchilarga tekislashni yuklash va asosiy ketma-ketlikni o'rnatish hamda masshtablash va rangni o'zgartirish kabi xususiyatlardan foydalangan holda ma'lumotlarni o'rganish imkonini beradi.
NCBI ma'lumotlar bazalari va dasturiy ta'minot haqida keng maqolalar to'plami. Ajam foydalanuvchi uchun mo'ljallangan, har bir maqola resurs va uning dizaynining umumiy ko'rinishini, shuningdek mavjud tahlil vositalarini qidirish va ishlatish bo'yicha maslahatlarni taqdim etadi. Barcha maqolalarni onlayn qidirish va PDF formatida yuklab olish mumkin; qo'llanmaga NCBI Bookshelf orqali kirish mumkin.
NCBI yordam qo'llanma. NCBI Bookshelf orqali kirilgan Yordam qoʻllanmasi koʻplab NCBI resurslari, jumladan PubMed, PubMed Central, Entrez tizimi, Gene, SNP va LinkOut uchun hujjatlarni oʻz ichiga oladi. Barcha bo'limlarni PDF formatida yuklab olish mumkin.
NCBI patogenlarini aniqlash loyihasi oziq-ovqat, atrof-muhit va bemor izolyatsiyalaridan kelib chiqadigan bakterial patogen genomik ketma-ketliklarni to'plash va tahlil qilishni o'z ichiga olgan loyiha. Hozirgi vaqtda avtomatlashtirilgan quvur liniyasi oziq-ovqat orqali yuqadigan kasalliklarning tarqalishini tekshirishda yordam berish va oziq-ovqat bilan ifloslanishning potentsial manbalarini aniqlash uchun birinchi navbatda sog'liqni saqlash laboratoriyalari tomonidan ta'minlangan ketma-ketlikni aniqlaydi. NCBI ta'lim sahifasi oʻquv qoʻllanmalari va oʻquv materiallariga, jumladan PowerPoint slaydlari va tarqatma materiallarga havolalar beradi. NCBI lug'ati NCBI qo'llanmasining bir qismi bo'lgan ushbu lug'atda NCBI vositalari va qisqartmalar, bioinformatika atamalari va ma'lumotlarni taqdim etish formatlari tavsiflari mavjud.