2-kurs 321-guruh talabasi Raxmatova Fayoza Mavzu: ngs(Next-Generation Sequencing) sekvenirlash

Yangi avlod sekvensiyasini qo'llash

Ilgari mavjud bo'lmagan NGS texnikasining tezligi va arzonligi genomik tadqiqot sanoatida bumni keltirib chiqardi. NGS tufayli ilgari texnik jihatdan erishib bo'lmaydigan tajribalar o'tkazish imkoniyati paydo bo'ldi^[28][29]. NGS qo'llanilishi genomik ketma-ketlikni aniqlash bilan cheklanmaydi, balki traskpritom, xromatin tuzilishi va molekulyar va hujayra biologiyasining boshqa sohalarini o'rganishga qadar davom etadi. Quyida NGS usullarini qo'llashning asosiy misollari keltirilgan ^[30].

ChiP-seq

Asosiy maqolalar: ChIP-seq, xromosoma konformatsiyasini aniqlash, DNase-Seq va ChIA-PET
NGS ning arzonlashishi va tarqalishi oqsillarni DNK bilan bog'lanish joylarini (ChIP-seq), DNKning o'zaro ta'sir qiluvchi qismlarini (xromosoma konformatsiyasini aniqlash) va genom bo'ylab ochiq xromatin hududlarini aniqlash va ENCODE va modENCODE loyihalarini amalga oshirish imkonini berdi^[31].
ChiP-seq DNK bilan bog'langan oqsillarni bog'lash joylarini xaritalash uchun ishlatiladi, bunga ilgari xromatin immunoprecipitatsiyasi va mikroarray^[en][32].

Genomik tahlil]

Mikroorganizmlardan odamlargacha bo'lgan turli xil murakkablikdagi tirik tizimlarning genomlari, shu jumladan sitogenetik jihatdan normal bo'lgan miyeloid leykemiya hujayralarining genomlari mavjud bo'ldi. O'qish uzunligining oshishi butun genomlarning yig'ilishini tezlashtirdi ^[33].

Genomlarning yo'naltirilgan kesishishi

Genomlardagi ma'lum mintaqalarning ketma-ketligi polimorfizmlarni (xususan, bitta nukleotidli polimorfizmlarni) va o'sma va boshqa kasalliklarning rivojlanishida ishtirok etadigan genlardagi mutatsiyalarni aniqlash uchun ishlatiladi. 1000 ta genom ^{loyihasi ana shunday keng ko'lamli ishlardan biriga misol bo'la oladi.}

Metagenomika]

Asosiy maqola: Metagenomika
NGS turli xil namunalardagi mikroorganizmlarning xilma-xilligini o'rganishda keng qo'llaniladi (masalan, okean va tuproqdagi mikrobial populyatsiyalar, transplantatsiya qilinadigan organlarda yangi viruslarni aniqlash, oshqozon-ichak traktiga xos mikroflorani tavsiflash va boshqalar)^[35].