2-kurs 321-guruh talabasi Raxmatova Fayoza Mavzu: ngs(Next-Generation Sequencing) sekvenirlash

Phred sifat Ballari va FASTQ fayl formati

Bir ko'rib turganingizdek, ketliklar ishlab chiqarish mumkin ko'p platformalar bor. Biroq, endi savol shundaki, ketma-ketliklar qanchalik "yaxshi" ishlab chiqariladi? Har bir platformada platforma turiga xos kodlash sxemasi qo'llaniladi. Ushbu kodlash sxemalari o'qishdagi pozitsiyani talab qiladigan nukleotidning sifatini aniqlash uchun Phred sifat ko'rsatkichlaridan foydalanadi. Phred ballari inson genomi loyihasidan chaqirilgan va bir-birining ustiga chiqadigan ketma-ketliklar bilan kelishmovchiliklarni hal qilish uchun ishlatilgan nukleotidlarga ishonchni aniqlash vositasi sifatida o'sdi. Afsuski, inson genomi loyihasidagi asl nusxalarning aksariyati mavjud emas. Sequence Read Archive (SRA) - bu ncbi, EMBL va DDBJ ishtirokidagi xalqaro loyiha bo'lib, asl ma'lumotlarni saqlab qolish umidida asl, xom ketma-ket ma'lumotlarni arxivlashni maqsad qilgan. Sra ma'lumotlar bazasida foydalanish uchun asl formatdagi ommaviy mavjud ketma-ketliklar mavjud. Afsuski, turli xil kodlash sxemalari hali ham sifat ballari qanday kodlanganligi uchun nomuvofiqliklarni keltirib chiqaradi. Shunga qaramay, Phred sifat ko'rsatkichlarini aniqlash va tahlil qilish bugungi kunda ham NGS tahlil quvurining muhim tarkibiy qismi sifatida keng qo'llanilmoqda.

Sequencers tomonidan ishlab chiqarilgan ma'lumotlar A FASTQ har bir nukleotidni bitta belgi sifatida o'z ichiga olgan formatdagi fayl turi phred sifat ko'rsatkichi bilan ifodalangan ASCII o'qishdagi nukleotid holatiga nisbatan joylashtirilgan matn kodlari. Bu erda "o'qish" sekvenserdan kelib chiqadigan va butun genomning kichik bo'laklari ekanligini unutmang. FASTQ formati ketma-ket o'qish yoki sifat ballari uchun ma'lumotni ko'rsatadigan sarlavha satrlari bilan boshlanadi va o'qish chizig'i va sifat ballari chizig'i uchun ketma-ket tartibda ketadi. "@"Belgisi o'qishlar uchun sarlavha va" + " belgisi sifat ballari satrining sarlavhasi. FASTQ fayli ichida to'plam har bir o'qish uchun to'rtta sarlavha satrini o'z ichiga oladi: o'qish uchun sarlavha chizig'i, o'qish ketma-ketligi, sifat ballari chizig'i uchun sarlavha chizig'i va sifat ballari chizig'i.

NGS juda ta'sir qilgan tadqiqot sohalaridan biri bu metagenomika sohasi bo'lib, u atrof-muhit namunalaridan olingan genetik materialni o'rganish sifatida keng ta'riflanadi. Ketma-ketliklarni potentsial mos yozuvlar genomiga moslashtirish asl ekologik namunada organizm mavjudligini ko'rsatishi mumkin. Bu odatda sanoatda kiruvchi patogen bakteriyalar mavjudligini tezda aniqlash uchun ishlatiladi.