2-kurs 321-guruh talabasi Raxmatova Fayoza Mavzu: ngs(Next-Generation Sequencing) sekvenirlash

Mashq Qilish Amaliyoti!

Ushbu amaliyot uchun biz 1000 genom loyihasida ommaviy ravishda mavjud bo'lgan Galaxy va NGS ma'lumotlaridan vositalar yordamida variantlarni chaqirishga harakat qilamiz. Shuni yodda tutingki, ushbu xom ma'lumotlar hg19 inson ma'lumotnomasidan foydalanadi, bu eng dolzarb ma'lumot yig'ish emas. Biroq, ko'rsatma berish uchun biz ko'rsatilganda bir xil mos yozuvlar genomini saqlashimiz kerak. Siz juftlashgan ketma-ketlik tajribasini ifodalovchi ikkita xom, FASTQ fayllaridan boshlaysiz. Oldinga o'qishda fayl nomi "_1"bilan tugaydi. Teskari o'qishda fayl nomi "_2"bilan tugaydi. Paste/Fetch Data opsiyasi va quyida berilgan FTP havolalari bilan ikkala faylni Galaxy-ga yuklang. Ma'lumot turini FASTQ va genomni hg19 ga o'rnatganingizga ishonch hosil qiling.
Birinchi ketma-ketlik kontseptsiyasi 1977 yilda Senger tomonidan taklif qilingan^[2]. Texnologiya "zanjirni uzish usuli"deb nomlangan. O'sha yili Maks va Gilbert "kimyoviy degradatsiya usuli^[en]" deb nomlangan muqobil usulni taklif qilishdi.bu DNK fragmentining bir uchida belgilangan qismini maxsus reagentlar ta'siri ostida bo'lishga asoslangan. Nukleotidlar ketma-ketligini aniqlash poliakrilamid gel elektroforezi usuli bilan, so'ngra avtoradiografiya yordamida amalga oshiriladi. Ommaviy, sifatli va tezkor ketma-ketlikka bo'lgan ehtiyoj ushbu usullarning ko'plab modifikatsiyalari va har xil yaxshilanishlarini rag'batlantirdi. Ushbu jarayonning deyarli barcha tarkibiy qismlari u yoki bu darajada o'zgargan. Texnologiyaning rivojlanishining burilish nuqtasi PCRNING paydo bo'lishi (1980-yillarning o'rtalari) va DNKni "o'qish" ning asosiy bosqichlarini avtomatlashtirish bo'lib, bu keyingi avlod sekvensiyasi usullarini keltirib chiqardi. Yangi avlod usullari uchun platformalar DNKni "o'qish" jarayonini parallellashtirishga asoslangan va shu bilan sekvenserning bitta ishlashi davomida genomning bir nechta qismlarining birlamchi tuzilmalarini aniqlash mumkin. Yangi avlod sekvenserlari avvalgilariga qaraganda ancha arzon va ancha samarali bo'ldi. Bugungi kunga kelib, ba'zi sekvenserlarning ishlashi yuzlab milliard tayanch juftliklari bilan o'lchanadi, bu esa, masalan, bunday qurilmalarga bir necha kun ichida individual inson genomini skanerlash imkonini beradi^[3].
Usullari
Quyida xronologik tartibda NGS usullari keltirilgan. Birinchi usullar, masalan, pirosekvenatsiya asosida, NGS rivojlanishiga sabab bo'ldi, ammo hozirgi vaqtda deyarli qo'llanilmaydi. Quyida muhokama qilingan boshqa usullar hozirgi vaqtda keng qo'llanilmoqda, har bir usul o'zining afzalliklari va o'ziga xos xususiyatlariga ega