2-kurs 321-guruh talabasi Raxmatova Fayoza Mavzu: ngs(Next-Generation Sequencing) sekvenirlash

Ommaviy parallel identifikatsiya ketma-ketligi (MPSS)

Ommaviy-parallel identifikatsiya sekvensiyasi (ingl. massively parallel signature sequencing, MPSS) 1990-yillarda Lynx Therapeutics tomonidan mRNK transkriptlarini ketma-ketlashtirish va alohida hujayradagi mRNKning individual darajalariga asoslangan gen ekspressiyasini baholash uchun ishlab chiqilgan birinchi NGS texnologiyalaridan biridir^[12]. MPSS usulida transkriptlar DNK matritsasi bilan alohida mikrogranulalarda olinadi; mrnklar floresan yorlig'i bilan duragaylash orqali o'qiladi va keyin ketma-ket bir necha marta olib tashlanadi. Natijada uzunligi 17 dan 20 tagacha bo'lgan ketma-ketliklar hosil bo'ladi (p.o.). Ifoda darajasini ko'rsatadigan transkriptlar soni million molekuladagi transkriptlar soniga qarab belgilanadi. Ushbu usul tahlilni boshlashdan oldin genlarni aniqlashni talab qilmaydi va uning sezgirligi har bir hujayrada bir nechta mRNK molekulalaridir^[13].

NGS usullarini ishlab chiqish

Roche/454 Life Sciences

Pirosekvenatsiya
Tijorat maqsadlarida samarali foydalaniladigan birinchi NGS platformasi. 454 Life Sciences kompaniyasi 2000 yilda Jonatan Rotberg tomonidan tashkil etilgan (2005 yilda ishlab chiqarishga kiritilgan). Ushbu texnologiya emulsiya PCR va pirosekvensiyalash usullarining ketma-ket sintezidir^[14].
DNKni kuchaytirish yog ' emulsiyasida suv tomchilarida sodir bo'ladi. Har bir tomchi suvda munchoqdagi primer bilan bog'langan bitta zanjirli DNK shabloni mavjud. Keyinchalik, har bir boncuk optik tola bo'lgan chipga joylashtiriladi. U erda ketma-ketlik uchun zarur bo'lgan fermentlar ham joylashtirilgan: DNK polimeraza, lusiferaza, ATP sulfurilaza. Oxirgi yig'ilishda ketma-ketlik reaktsiyasi 3,4·10 ⁶ PL hajmdagi hujayralarda sodir bo'ladi, ularning devorlarida shovqinni tekislaydigan maxsus metall qoplama mavjud^[15].

Illumina/Solexa

Illumina/Solexa usuli
Usul mualliflari britaniyalik kimyogarlar Shankar Balasubramanian va Devid Klenerman. Ushbu ketma-ketlik usuli mikrosferalarga biriktirilgan bitta DNK molekulalaridan foydalanadi. 2006 yilda solexa Genome Analyzer 1g ishga tushirildi, bu genomning qisqa qismlarini ishlab chiqaradigan birinchi platforma. Illumina tomonidan sotib olingandan so'ng, Genome Analyzer oligonukleotidlar bog'langan 8 ta alohida sirtga ega (ba'zan kamroq: 4, 2 yoki hatto 1) optik shaffof hujayralardan foydalanadi. Pirosekvenatsiyadan farqli o'laroq, ketma-ketlikning uzayishi asta-sekin sodir bo'ladi, bu esa kamera yordamida bir vaqtning o'zida katta DNK chiplarini suratga olish imkonini beradi^[16].