2-kurs 321-guruh talabasi Raxmatova Fayoza Mavzu: ngs(Next-Generation Sequencing) sekvenirlash

Sequence Assambleyasi

Tanlanmani ketma-ketlashtirishdan keyingi vazifa, agar u bitta zanjir bo'lsa ham, o'qishlarni to'liq xromosomalarga to'g'ri yig'ish vazifasidir. Nglar ko'plab kichik bo'laklarni parallel ravishda ketma-ket joylashtirishi, bir-birining ustiga chiqqan hududlardagi o'qlarni kontiglarga yig'ishi va kontiglarni to'liq xromosomalarga yig'ishi mumkin. Ko'pgina dasturlar fastq fayllari past sifatli Phred ballari bilan o'qishni yo'q qilish uchun FASTQ fayli kesilganidan keyin kirish sifatida FASTQ fayllari yordamida genomlarga fragmentlarni yig'ish uchun ishlab chiqilgan.

Muayyan turda birinchi marta tartiblangan genomlar uchun ushbu de novo yig'ilishini amalga oshiradigan dasturlar mavjud. Malumot genomi mavjud bo'lgandan so'ng, u kelajakda ketma-ket genomlar uchun qo'llanma bo'lib xizmat qiladi. Ma'lum darajada, yaqindan bog'liq bo'lgan organizmning mos yozuvlar genomlaridan foydalanish mumkin. Biroq, bu erda ogohlantirish evolyutsion ravishda u hali ham qo'llanilmasligi uchun etarlicha uzoq bo'lishi mumkin. Ushbu yondashuv prokaryotik turlar bilan biroz muvaffaqiyatli bo'ldi. Dastlabki genom yig'uvchilar ochko'z algoritmdan foydalanib, barcha bo'laklar orasida juftlik bilan hizalanishni amalga oshirdilar. Uzunroq ketma-ketliklarni yaratish uchun eng ko'p ketma-ketlikdagi bo'laklar birlashtiriladi. Bu jarayon kontiglar bo'lguncha takrorlanadi. Ushbu usuldan foydalanishning katta kamchiligi shundaki, takrorlanadigan hududlarni osonlikcha hal qilib bo'lmaydi.

Sekvensiya ikkita yondashuvni olishi mumkin: bitta yoki juftlashgan. Bitta uchli sekvensiya har bir fragmentning bir uchidan ikkinchisiga ketma-ketligiga ega. Juftlashgan sekvensiyada har bir fragmentning ikkala tomoni bir vaqtda sekvensiyalanadi. Garchi u yanada zerikarli va uzunroq bo'lsa-da, juftlashgan ketma-ketlik o'qishlar haqida qo'shimcha ma'lumot beradi, masalan, fragmentning asl uzunligi. Bu erda qaysi yondashuv ishlatilganligini bilish muhim, chunki o'qish dasturlarini to'g'ri yig'ish uchun ushbu ma'lumot kerak bo'ladi.