20- amaliy mashg‘ulot mavzu

AutoDock 
instrumentlari 
bilan 
tayyorgarlikni 
muvofiqlashtirish. 
Muvaffaqiyatli joylashtirish va virtual skrining qilish retseptorlar va ligandlar 
uchun ishlatiladigan koordinatalar sifatiga diqqat bilan e'tibor berishni talab 
qiladi. AutoDock ham, AutoDock Vina ham molekulalarning soddalashtirilgan 
tasviridan foydalanadi, ular PDBQT deb ataladigan o'zgartirilgan Protein 
ma'lumotlar banki (PDB) fayl formatiga kiritilgan: 

Birlashgan atom tasviri: Ikkala usul ham qutbli vodorod atomlarini o'z 
ichiga olgan koordinatalar to'plamini talab qiladi. AutoDock o'rnatish 
vaqtida qutbli vodorod koordinatalaridan foydalanadi; AutoDock Vina 
ulardan heteroatomlarning vodorod bog'lanish holatini belgilash uchun 
foydalanadi, lekin o'rnatish vaqtida aniq vodorodlardan foydalanmaydi. 

Atom tiplash: Ikkala usul ham atomlarni soddalashtirilgan tiplashni talab 
qiladi, jumladan aromatik va alifatik uglerod atomlarini aniqlash va 
geteroatomlarning vodorod bog'lanish holatini aniqlash. 

---


Atom zaryadlari: AutoDock elektrostatik o'zaro ta'sirlar va desolvatsiya 
energiyalarini hisoblash uchun Gasteiger-Marsili atom zaryadlaridan 
foydalanadi. AutoDock Vina atom zaryadlaridan foydalanmaydi. 

Ligandning 
moslashuvchanligi: Ikkala 
usul 
ham 
foydalanuvchidan 
moslashuvchan bo'lishi kerak bo'lgan ligand molekulalarida va har qanday 
retseptor yon zanjirlarida burilish erkinlik darajalarini belgilashni talab 
qiladi. 

Qidiruv maydoni: Ikkala usul ham foydalanuvchidan qidiriladigan retseptor 
atrofidagi bo'sh joyni qoplaydigan o'rnatish qutisini ko'rsatishni talab qiladi. 
AutoDockTools grafik foydalanuvchi interfeysi turli xil umumiy formatlardagi 
fayllardan 
mos 
koordinatali 
fayllarni 
yaratish 
usullarini 
taqdim 
etadi. Avtomatlashtirilgan skriptlar birikmalar kutubxonalarini ommaviy qayta 
ishlash uchun ham mavjud. 
AutoDock va AutoDock Vina-da qo'llaniladigan standart usullar odatdagi dori-
darmonlarga o'xshash ligandlar uchun juda samarali bo'lib, virtual skrining 25 kabi 
ilovalar uchun keng qo'llaniladi . Biroq, standart usullar bilan qiyinchiliklar 
tug'diradigan muammolarni hal qilish uchun bir nechta takomillashtirish ishlab 
chiqilgan. 
Ushbu dizayn parametrlaridan chetga chiqqan tizimlar o'zgaruvchan natijalar 
beradi va ehtiyotkorlik bilan yondashish kerak. Foydalanuvchilar ko'pincha ikkita 
muhim cheklovlarga duch kelishadi. Birinchidan, foydalanuvchilar ko'pincha 
dekapeptid kabi juda katta ligandlarni joylashtirishni xohlashadi. Ushbu ligandlar 
juda ko'p erkinlik darajasiga ega va joylashtirish usullari mavjud konformatsion 
makonni qidirishga qodir emas. Ko'pincha, bu muammoni kichik qismlarga 
ajratish orqali hal qilinadi. Ikkinchidan, oqsil maqsadlari ko'pincha AutoDock 
to'plamida modellashtirilmagan muhim konformatsion moslashuvchanlikni 
ko'rsatadi, bu Protokolni o'z ichiga olgan tanlangan yon zanjir harakatidan 
tashqari. Bu muammoni hal qilish, odatda, o'rnatishdan oldin boshqa usullar 
(masalan, molekulyar dinamika) bilan oqsilning konformatsiyasini yaratish orqali 
amalga oshiriladi. Ushbu protokol odatiy dori-darmonlarni kashf qilish loyihasi 
bilan bog'liq ko'plab bosqichlarni tavsiflaydi. Protokol uchun maqsad proto-
onkogen tirozin protein kinaz c-Ablning kinaz domenidir. Protein saraton 
kimyoterapiyasi, xususan, surunkali miyelogen leykemiya (CML) ni davolash 
uchun muhim maqsaddir. Ushbu misol tasdiqlangan Gleevec (Imantinib) preparati 
bilan muhim saraton nishonida protokoldan foydalanishni ko'rsatishi va 
maqsadning dori-darmonlarga chidamli mutatsiyalarining ta'sirini ko'rsatishi 
mumkinligi sababli tanlangan. Protokol quyidagilarni o'z ichiga oladi: 

---


AutoDock Vina va AutoDock-dan foydalangan holda, saratonga qarshi 
imatinib (PDB kirish 1iep 27 ) bilan c-Abl strukturasidan foydalangan holda 
tajribalarni qayta tiklash. 

C-Abl ga qarshi birikmalar kutubxonasining Raccoon2 bilan virtual 
skrining, PDB kirish 1iep dan oqsil koordinatalari yordamida. 

PDB kirish 1fpu 
28
 dan c-Abl koordinatalari bilan imatinibni o'zaro 
bog'lash, preparat bilan o'zaro ta'sir qiluvchi treonindagi moslashuvchanlikni 
modellashtirish. 

AutoLigand yordamida c-Abl uchun optimal ligandlarni bashorat qilish. 

Fragmentga asoslangan dori dizayni natijalarini yaxshilashi mumkin bo'lgan 
aniq suv molekulalari bilan ulash misoli.