20- amaliy mashg‘ulot mavzu
Download 322.61 Kb. Pdf ko'rish
|
20- AMALIY MASHG‘ULOT
|
RasMol ish stoli
Muammolarni bartaraf qilish; nosozliklarni tuzatish.Raccoon2-ni ishga tushiring va serverni sozlang. Raccoon Linux klasteri kabi katta hisoblash resursida virtual skriningni ishga tushirish uchun mo'ljallangan. Yangi server qo'shsangiz, ulanishni sozlashingiz va bir yoki bir nechta o'rnatish xizmatlarini o'rnatishingiz kerak. Raccoon2 ni ishga tushiring va ulanish menejerini ochish uchun uchta tishli belgini bosish orqali yangi server ulanishini yarating. Bir nechta variantlarni o'rnatish kerak: server nomi (resursni aniqlash uchun nom); manzil (xost nomi yoki serverning IP manzili); va foydalanuvchi nomi va parol. "Saqlash" tugmasini bosing va ulanish menejerini yoping. Ulanish menyusida serverni tanlash orqali docking xizmatini o'rnating. Serverni tayyorlash (“rakunlashtirish”) uchun rakun panjasi belgisini bosing. "Xizmat menejeri" belgisini (tayoqcha) bosing va ortiqcha belgisini bosish orqali yangi xizmatni qo'shing va unga o'zingiz tanlagan tavsiflovchi nom bering ("Vina docking xizmati"). "Serverga AutoDock Vina-ni o'rnatish" tugmasini bosing va bir nechta standart tanlovlarni qabul qiling. Saqlash tugmasini bosing va Xizmat menejerini yoping. Nihoyat, "Mavjud xizmatlar" panelidan "Vina docking xizmati" ni tanlang. Muammolarni bartaraf qilish; nosozliklarni tuzatish. Ligand kutubxonasini sozlang. Ushbu protokol ma'lum inhibitor imatinibni o'z ichiga olgan 500 ta birikmaning kichik kutubxonasi bilan C-Abl virtual skriningini tavsiflaydi. Ligand kutubxonalarini yaratish va qayta ishlash vositalari http://autodock.scripps.edu/resources/databases saytida mavjud. Ligand kutubxonalari serverda saqlanadi va ortiqcha ishlarni kamaytirish va tajribalarni kuzatish va takrorlash imkonini berish uchun docking ishlari uchun mavjud bo'ladi. LIGANDS yorlig'ida "AddLigand->ScanDirectory" ni tanlang va ligandlar kutubxonasi joylashgan katalogni ko'rib chiqing. Hisobot oynasini yoping va "Yuklash" ni tanlang, o'zingiz tanlagan tavsiflovchi kutubxona nomini kiriting va "Ishga tushirish" tugmasini bosing. Yuklash tugallangach, kutubxona menejerini yoping. Kerakli ligand kutubxonasini tanlash uchun o'ng tugmasini bosing. Qabul qiluvchilarning koordinatalarini o'rnating. RECEPTORLAR ko„rinishida “Qo„shish->ScanDirectory” ni tanlang, PDBQT retseptor faylini ko„rib chiqing (4-bosqichda yaratilgan) va “OK” tugmasini bosing. Hisobot oynasini yoping. AutoDock Vina docking parametrlarini sozlang. CONFIG yorlig'ida: Retseptorlar ro'yxatidagi fayllarni tanlash orqali 3D ko'ruvchiga retseptor strukturasini yuklang. Qidiruv maydonini aniqlash uchun "Markaz" va "O'lcham" tugmalaridan foydalaning yoki sichqoncha kursorini qutilar ustiga qo'ying va raqamli qiymatlarni kiriting. Agar xohlasangiz, o'rnatish parametrlarini o'zgartiring yoki 5(A)i da yaratilgan config.txt faylini yuklang. Peform the virtual screening calculation. In the JOB MANAGER tab, ensure that all “Cluster submission requirements” are green, then click “Submit.” Several options will need to be specified: set “Project” to “new” and type a descriptive name of your choice; set “Experiment” to “new” and type a descriptive name of your choice; and click “OK” to start the calculation. To follow the status of the docking, right click on the experiment name and select “update status.” When one or more jobs in the experiment are finished, download them individually by right- clicking on the job name, or together by right-clicking on the experiment and select “Download results.” Natijalarni filtrlang va tahlil qiling. Filtrlash va tanlashda yordam berish uchun Raccoon o'zaro ta'sir, ball va ligand samaradorligi kabi joylashtirish pozalarini hisoblab chiqadi. TAHLIL->MA'LUMOT MANBAI yorlig'ida "Natijalarni qo'shish->Yuklab olingan natijalarni tanlash" tugmasini bosing va natijalar katalogini ko'rib chiqing. Natijalarni qayta ishlash uchun ishlatiladigan retseptor faylini tanlang va tavsiflovchi jurnal fayli nomini kiriting yoki 5(A)i- bosqichda yaratilgan config.txt faylini tanlang. "Ma'lumotlar manbai" oynasida (yuqorida) virtual ekran natijalarini filtrlash uchun bir nechta variant mavjud. Bu erda ikkita shovqin filtri qo'llaniladi. "Visualizatsiya" oynasi (pastki) filtrlangan natijalarni vizuallashtirishga imkon beradi va eksport uchun kerakli birikmalarni tanlash uchun katakchalardan foydalanish mumkin. Natijalarni eksport qilish. Ligandlar to'plami filtrlangandan so'ng, Natijalar panelidagi tugmani bosish orqali qiziqarlilarini tanlang. Tanlangan nomzodlarni eksport qilish uchun EKSPORT yorlig„idan foydalaning. (F) Aniq suv bilan ulash - vaqt 60 min Bu usul hidratsiyaning barcha mumkin bo'lgan joylariga mos keladigan ligandga qo'g'irchoq atomlarni qo'shadi. O'rnatish vaqtida o'zgartirilgan AutoGrid xaritasi qo'llaniladi, bu suv yaxshi joylashtirilganda qulay ball beradi va agar u retseptor bilan bir-biriga to'g'ri kelsa, suvni o'tkazib yuboradi. Yakuniy skript o'rnatilgan natijalarni tahlil qiladi, faqat o'sha suvlarni tegishli pozitsiyalarda saqlaydi. Ushbu protokol ligand va retseptor standart AutoDock o'rnatish uchun tayyorlangan deb taxmin qiladi. Yuqoridagi misoldagi 1–4-bosqichlarda tasvirlanganlar bilan bir xil protokol yordamida yaratilgan ikkita koordinatali fayl, ligand.pdbqt va protein.pdbqt, ushbu protokol uchun kuch maydoni uchun oʻzgartirilgan parametr fayli bilan birga taqdim etilgan. o'zgartirilgan docking parametr fayli va har bir qadamni bajarish uchun bir nechta python skriptlari. Ligandga suv pozitsiyalarini qo'shish uchun buyruq satriga yozing: $ python wet.py -i ligand.pdbqt Ushbu skript ligand PDBQT fayliga "W" atomlarini qo'shib, uni "ligand_HYDRO.pdbqt" fayliga saqlaydi. Nazorat savollari: 1. Ligand nima? 2. Ligand retseptor ta‟sirlashuv nima? 3. Ligand retseptor ta‟sirlashuvni oldindan aytish qanday amalga oshadi? 4. AutoDock nima? 5. AutoDock dasturini qanday ishga tushirish mumkin? Download 322.61 Kb. Do'stlaringiz bilan baham: 
|