20- amaliy mashg‘ulot mavzu

1 blok 
Vina konfiguratsiya fayli 
retseptor = 1iep_receptorH.pdbqt
ligand = 1iep_ligandH.pdbqt
center_x = 15.19
center_y = 53.903
center_z = 16.917

---

size_x = 15.0
size_y = 17.25
size_z =
15_bt.dp out. 
“Grid->SetMapTypes->OpenLigand” ni tanlang, PDBQT ligand faylini 
tanlang va “Ochish” tugmasini bosing. “Grid->GridBox” qidiruv maydonining 
markazi va hajmini aniqlash uchun oynani ochadi. "Center->CenteronLigand" 
ligand asosida qutini belgilaydi. Boshqa variantlar mavjud yoki qiymatlar barmoq 
g'ildiraklari yordamida qo'lda o'zgartirilishi mumkin. Muhim: tugallangach, 
“Docking->Output->VinaConfig” oynasida “File->CloseSavingCurrent” bandini 
tanlang, “Saqlash” tugmasini bosish orqali konfiguratsiya faylini (standart nomi: 
config.txt) yozing. 
Bog'langan va apo konformasyonlarda imatinibni retseptoriga ulash natijalari 
a . Moslashuvchan imatinibni AutoDock (binafsha rang) va AutoDock Vina 
(yashil) yordamida qattiq Abl (PDB yozuvi 1iep) ga qayta joylashtirish. Rentgen 
kristallografik ligand holati kumush rangda. 
b . Moslashuvchan imatinibni AutoDock Vina (yashil) yordamida bitta 
moslashuvchan qoldiq yon zanjiri bilan Abl (PDB kirish 1fpu) ga oʻzaro 
oʻrnatish. E'tibor bering, Vina o'rnatish vaqtida vodorod atomi pozitsiyalarini 
saqlamaydi, shuning uchun treonin gidroksil vodorodi o'rnatilgan koordinatalar 
to'plamida tasodifiy holatda joylashtiriladi. 

---

Tahlil qilish-> Dockings->ShowInteractions” ligand va retseptor o'rtasidagi o'zaro 
ta'sirni ko'rsatadigan vizualizatsiyani ishga tushiradi. 
AutoDock uchun retseptor uchun PDBQT fayllarini va atomik yaqinlik 
xaritalarini 
yaratish 
parametrlarini 
belgilaydigan 
grid 
parametr 
faylini 
yarating. ADT-ni ishga tushiring va standart ishchi katalogni o'rnating (1-
bosqichga qarang). “Ligand->Input->Open” ni tanlang va ligand PDBQT faylini 
tanlang (1iep_ligandH.pdbqt). “Grid->Macromolecule->Open” ni tanlang va 
PDBQT retseptor faylini (1iep_receptorH.pdbqt) tanlang. “Grid->SetMapTypes-
>ChooseLigand” va ligand PDBQT faylini (1iep_ligandH.pdbqt) tanlash orqali 
xarita turlarini o„rnating. “Grid->GridBox” ni tanlab, qidiruv maydonini aniqlang, 
bu qidiruv maydonining markazi va hajmini belgilash uchun oynani 
ochadi. Minimal 
qutini 
aniqlash 
uchun 
"Center->CenteronLigand" 
dan 
foydalaning. Tugatgandan so'ng, "Fayl->CloseSavingCurrent" ni tanlang. Nihoyat, 
grid parametr faylini saqlash uchun “Output-> SaveGPF” ni tanlang, 
AutoGrid-ni ADT-dan yoki buyruq satridan ishga tushiring. ADT dan “Run-
>RunAutoGrid” ni tanlang va ochilgan oynada “Browse” tugmalaridan foydalanib, 
AutoGrid bajariladigan faylga yo„lni va grid parametr fayliga yo„lni 
belgilang. Grid parametr faylini ko'rsatganingizdan so'ng, ADT jurnal fayli uchun 
nom taklif qiladi. AutoGrid-ni ishga tushirish uchun "Ishga tushirish" tugmasini 
bosing. 
Shu bilan bir qatorda, buyruq satrida terminal oynasini oching va koordinata 
fayllari va grid parametr faylini o'z ichiga olgan katalogga o'ting. Keyin buyruqni 
bering: 
./autogrid4 -p 1iep.gpf -l 1iep.glg 
Bu buyruq AutoGrid bajariladigan autogrid4 ham xuddi shu katalogda 
joylashganligini nazarda tutadi.